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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9707 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) full VLP | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of MrNV full VLP | |||||||||
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機能・相同性 | Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Wang CH / Lin HH / Wu YY / Chang WH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) full VLP 著者: Wang CH / Lin HH / Wu YY / Chang WH | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 314.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 362.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of MrNV full VLP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.026 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Viruses
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Viruses
超分子 | 名称: Viruses / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10239 / 生物種: Viruses / Sci species strain: Taiwan / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
Host system | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.452 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 名称: Capsid protein [Macrobrachium rosenbergii nodavirus] 直径: 400.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Capsid protein of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergi...
分子 | 名称: Capsid protein of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: Taiwan |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MARGKQNSNQ IQNNSNANGK RRKRNRRNRN PQTVPNFNPI VAKPTVAPLQ TNIRSARSDV NAITVLNGSD FLTTVKVRGS NNLIDSKSRI LVKQPISASS FLGTRISGLS QFWERYRWHK AAVRYVPAVP NTLACQLIGY IDTDPLDDPN VILDVDQLLR QATSQVGARQ ...文字列: MARGKQNSNQ IQNNSNANGK RRKRNRRNRN PQTVPNFNPI VAKPTVAPLQ TNIRSARSDV NAITVLNGSD FLTTVKVRGS NNLIDSKSRI LVKQPISASS FLGTRISGLS QFWERYRWHK AAVRYVPAVP NTLACQLIGY IDTDPLDDPN VILDVDQLLR QATSQVGARQ WNFSDTTTIP LIVRRDDQLY YTGQDKENVR FSQQGVFYLL QVTTLLNISG EAITNDLISG SLYLDWVCGF SMPQINPSPV EVSQLTYNAD TIGNWVPPTE LKQTYTQDIT GLKPNSKFII IPYMDRVSSE VLQKCTITCN EVDAVGSISY SDTSAIKCDG YILFQANSIG EATFTLVTDY QGAVDPKPYQ YRIIRAIVGN N |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 270 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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温度 | 最低: 93.0 K / 最高: 103.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 1353 / 平均電子線量: 37.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode with 30 frames within 3 second |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.37 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.33 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |