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万見
- EMDB-9664: Tra1 subunit from Saccharomyces cerevisiae SAGA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9664
タイトルTra1 subunit from Saccharomyces cerevisiae SAGA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Tra1 / ScTra1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein 1
キーワードEpigenetics / Acetyltransferase / Transcription / Co-activator
機能・相同性
機能・相同性情報


SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / : / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain ...Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / : / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Zheng XD / Liu GC
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019
タイトル: Architecture of SAGA complex.
著者: Gaochao Liu / Xiangdong Zheng / Haipeng Guan / Yong Cao / Hongyuan Qu / Junqing Kang / Xiangle Ren / Jianlin Lei / Meng-Qiu Dong / Xueming Li / Haitao Li /
履歴
登録2018年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月15日-
マップ公開2019年5月15日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ig9
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9664.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9664.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 360 pix.
= 504.36 Å		1.4 Å/pix.
x 360 pix.
= 504.36 Å		1.4 Å/pix.
x 360 pix.
= 504.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.401 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.052679177 - 0.122503795
平均 (標準偏差)0.00017765604 (±0.0025359453)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 504.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4011.4011.401
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.360504.360504.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0530.1230.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9664_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_9664_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_9664_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_9664_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tra1 / ScTra1

全体名称: Tra1 / ScTra1
要素
  • 複合体: Tra1 / ScTra1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein 1

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超分子 #1: Tra1 / ScTra1

超分子名称: Tra1 / ScTra1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: One of the major part from SAGA (Spt-Ada-Gcn5-Acetyltransferase) complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: Transcription-associated protein 1

分子名称: Transcription-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BYL4741
分子量理論値: 433.677281 KDa
配列文字列: MSLTEQIEQF ASRFRDDDAT LQSRYSTLSE LYDIMELLNS PEDYHFFLQA VIPLLLNQLK EVPISYDAHS PEQKLRNSML DIFNRCLMN QTFQPYAMEV LEFLLSVLPK ENEENGILCM KVLTTLFKSF KSILQDKLDS FIRIIIQIYK NTPNLINQTF Y EAGKAEQG ...文字列:
MSLTEQIEQF ASRFRDDDAT LQSRYSTLSE LYDIMELLNS PEDYHFFLQA VIPLLLNQLK EVPISYDAHS PEQKLRNSML DIFNRCLMN QTFQPYAMEV LEFLLSVLPK ENEENGILCM KVLTTLFKSF KSILQDKLDS FIRIIIQIYK NTPNLINQTF Y EAGKAEQG DLDSPKEPQA DELLDEFSKN DEEKDFPSKQ SSTEPRFENS TSSNGLRSSM FSFKILSECP ITMVTLYSSY KQ LTSTSLP EFTPLIMNLL NIQIKQQQEA REQAESRGEH FTSISTEIIN RPAYCDFILA QIKATSFLAY VFIRGYAPEF LQD YVNFVP DLIIRLLQDC PSELSSARKE LLHATRHILS TNYKKLFLPK LDYLFDERIL IGNGFTMHET LRPLAYSTVA DFIH NIRSE LQLSEIEKTI KIYTGYLLDE SLALTVQIMS AKLLLNLVER ILKLGKENPQ EAPRAKKLLM IIIDSYMNRF KTLNR QYDT IMKYYGRYET HKKEKAEKLK NSIQDNDKES EEFMRKVLEP SDDDHLMPQP KKEDINDSPD VEMTESDKVV KNDVEM FDI KNYAPILLLP TPTNDPIKDA FYLYRTLMSF LKTIIHDLKV FNPPPNEYTV ANPKLWASVS RVFSYEEVIV FKDLFHE CI IGLKFFKDHN EKLSPETTKK HFDISMPSLP VSATKDAREL MDYLAFMFMQ MDNATFNEII EQELPFVYER MLEDSGLL H VAQSFLTSEI TSPNFAGILL RFLKGKLKDL GNVDFNTSNV LIRLFKLSFM SVNLFPNINE VVLLPHLNDL ILNSLKYST TAEEPLVYFY LIRTLFRSIG GGRFENLYRS IKPILQVLLQ SLNQMILTAR LPHERELYVE LCITVPVRLS VLAPYLPFLM KPLVFALQQ YPDLVSQGLR TLELCIDNLT AEYFDPIIEP VIDDVSKALF NLLQPQPFNH AISHNVVRIL GKLGGRNRQF L KPPTDLTE KTELDIDAIA DFKINGMPED VPLSVTPGIQ SALNILQSYK SDIHYRKSAY KYLTCVLLLM TKSSAEFPTN YT ELLKTAV NSIKLERIGI EKNFDLEPTV NKRDYSNQEN LFLRLLESVF YATSIKELKD DAMDLLNNLL DHFCLLQVNT TLL NKRNYN GTFNIDLKNP NFMLDSSLIL DAIPFALSYY IPEVREVGVL AYKRIYEKSC LIYGEELALS HSFIPELAKQ FIHL CYDET YYNKRGGVLG IKVLIDNVKS SSVFLKKYQY NLANGLLFVL KDTQSEAPSA ITDSAEKLLI DLLSITFADV KEEDL GNKV LENTLTDIVC ELSNANPKVR NACQKSLHTI SNLTGIPIVK LMDHSKQFLL SPIFAKPLRA LPFTMQIGNV DAITFC LSL PNTFLTFNEE LFRLLQESIV LADAEDESLS TNIQKTTEYS TSEQLVQLRI ACIKLLAIAL KNEEFATAQQ GNIRIRI LA VFFKTMLKTS PEIINTTYEA LKGSLAENSK LPKELLQNGL KPLLMNLSDH QKLTVPGLDA LSKLLELLIA YFKVEIGR K LLDHLTAWCR VEVLDTLFGQ DLAEQMPTKI IVSIINIFHL LPPQADMFLN DLLLKVMLLE RKLRLQLDSP FRTPLARYL NRFHNPVTEY FKKNMTLRQL VLFMCNIVQR PEAKELAEDF EKELDNFYDF YISNIPKNQV RVVSFFTNMV DLFNTMVITN GDEWLKKKG NMILKLKDML NLTLKTIKEN SFYIDHLQLN QSIAKFQALY LRFTELSERD QNPLLLDFID FSFSNGIKAS Y SLKKFIFH NIIASSNKEK QNNFINDATL FVLSDKCLDA RIFVLKNVIN STLIYEVATS GSLKSYLVED KKPKWLELLH NK IWKNSNA ILAYDVLDHH DLFRFELLQL SAIFIKADPE IIAEIKKDII KFCWNFIKLE DTLIKQSAYL VTSYFISKFD FPI KVVTQV FVALLRSSHV EARYLVKQSL DVLTPVLHER MNAAGTPDTW INWVKRVMVE NSSSQNNILY QFLISHPDLF FNSR DLFIS NIIHHMNKIT FMSNSNSDSH TLAIDLASLI LYWENKTLEI TNVNNTKTDS DGDVVMSDSK SDINPVEADT TAIIV DANN NSPISLHLRE ACTAFLIRYV CASNHRAIET ELGLRAINIL SELISDKHWT NVNVKLVYFE KFLIFQDLDS ENILYY CMN ALDVLYVFFK NKTKEWIMEN LPTIQNLLEK CIKSDHHDVQ EALQKVLQVI MKAIKAQGVS VIIEEESPGK TFIQMLT SV ITQDLQETSS VTAGVTLAWV LFMNFPDNIV PLLTPLMKTF SKLCKDHLSI SQPKDAMALE EARITTKLLE KVLYILSL K VSLLGDSRRP FLSTVALLID HSMDQNFLRK IVNMSRSWIF NTEIFPTVKE KAAILTKMLA FEIRGEPSLS KLFYEIVLK LFDQEHFNNT EITVRMEQPF LVGTRVEDIG IRKRFMTILD NSLERDIKER LYYVIRDQNW EFIADYPWLN QALQLLYGSF NREKELSLK NIYCLSPPSI LQEYLPENAE MVTEVNDLEL SNFVKGHIAS MQGLCRIISS DFIDSLIEIF YQDPKAIHRA W VTLFPQVY KSIPKNEKYG FVRSIITLLS KPYHTRQISS RTNVINMLLD SISKIESLEL PPHLVKYLAI SYNAWYQSIN IL ESIQSNT SIDNTKIIEA NEDALLELYV NLQEEDMFYG LWRRRAKYTE TNIGLSYEQI GLWDKAQQLY EVAQVKARSG ALP YSQSEY ALWEDNWIQC AEKLQHWDVL TELAKHEGFT DLLLECGWRV ADWNSDRDAL EQSVKSVMDV PTPRRQMFKT FLAL QNFAE SRKGDQEVRK LCDEGIQLSL IKWVSLPIRY TPAHKWLLHG FQQYMEFLEA TQIYANLHTT TVQNLDSKAQ EIKRI LQAW RDRLPNTWDD VNMWNDLVTW RQHAFQVINN AYLPLIPALQ QSNSNSNINT HAYRGYHEIA WVINRFAHVA RKHNMP DVC ISQLARIYTL PNIEIQEAFL KLREQAKCHY QNMNELTTGL DVISNTNLVY FGTVQKAEFF TLKGMFLSKL RAYEEAN QA FATAVQIDLN LAKAWAQWGF FNDRRLSEEP NNISFASNAI SCYLQAAGLY KNSKIRELLC RILWLISIDD ASGMLTNA F DSFRGEIPVW YWITFIPQLL TSLSHKEANM VRHILIRIAK SYPQALHFQL RTTKEDFAVI QRQTMAVMGD KPDTNDRNG RRQPWEYLQE LNNILKTAYP LLALSLESLV AQINDRFKST TDEDLFRLIN VLLIDGTLNY NRLPFPRKNP KLPENTEKNL VKFSTTLLA PYIRPKFNAD FIDNKPDYET YIKRLRYWRR RLENKLDRAS KKENLEVLCP HLSNFHHQKF EDIEIPGQYL L NKDNNVHF IKIARFLPTV DFVRGTHSSY RRLMIRGHDG SVHSFAVQYP AVRHSRREER MFQLYRLFNK SLSKNVETRR RS IQFNLPI AIPLSPQVRI MNDSVSFTTL HEIHNEFCKK KGFDPDDIQD FMADKLNAAH DDALPAPDMT ILKVEIFNSI QTM FVPSNV LKDHFTSLFT QFEDFWLFRK QFASQYSSFV FMSYMMMINN RTPHKIHVDK TSGNVFTLEM LPSRFPYERV KPLL KNHDL SLPPDSPIFH NNEPVPFRLT PNIQSLIGDS ALEGIFAVNL FTISRALIEP DNELNTYLAL FIRDEIISWF SNLHR PIIE NPQLREMVQT NVDLIIRKVA QLGHLNSTPT VTTQFILDCI GSAVSPRNLA RTDVNFMPWF

UniProtKB: Transcription-associated protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
/ 詳細: 20mM HEPES pH 8.5 150mM Nacl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
詳細: The grid was coated with a home-made thin continuous carbon film.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 4 seconds and wait for 30 seconds before plunging.
詳細We extracted it from the overall SAGA complex structure.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系球面収差補正装置: With a Cs-corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-30 / 実像数: 8526 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 5.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1350000 / 詳細: GPU accelerated
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: We use cryoSPARC software to generate in silicon automatically.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: GPU accelerated / 詳細: GPU accelerated / 使用した粒子像数: 176464
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1.6) / ソフトウェア - 詳細: GPU accelerated
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: GPU accelerated / 詳細: GPU accelerated
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: GPU accelerated / 詳細: GPU accelerated
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ojs


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6ig9:
Tra1 subunit from Saccharomyces cerevisiae SAGA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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