[日本語] English
万見
- EMDB-9572: Structure of the large subunit of the chloro-ribosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9572
タイトルStructure of the large subunit of the chloro-ribosome
マップデータChloro-ribosome LSU (50S)
試料
  • 複合体: Chloro-ribosome 50S
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly ...plastid translation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. ...Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c ...Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Spinach (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ahmed T / Yin Z / Bhushan S
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
著者: Tofayel Ahmed / Zhan Yin / Shashi Bhushan /
要旨: Protein synthesis in the chloroplast is mediated by the chloroplast ribosome (chloro-ribosome). Overall architecture of the chloro-ribosome is considerably similar to the Escherichia coli (E. coli) ...Protein synthesis in the chloroplast is mediated by the chloroplast ribosome (chloro-ribosome). Overall architecture of the chloro-ribosome is considerably similar to the Escherichia coli (E. coli) ribosome but certain differences are evident. The chloro-ribosome proteins are generally larger because of the presence of chloroplast-specific extensions in their N- and C-termini. The chloro-ribosome harbours six plastid-specific ribosomal proteins (PSRPs); four in the small subunit and two in the large subunit. Deletions and insertions occur throughout the rRNA sequence of the chloro-ribosome (except for the conserved peptidyl transferase center region) but the overall length of the rRNAs do not change significantly, compared to the E. coli. Although, recent advancements in cryo-electron microscopy (cryo-EM) have provided detailed high-resolution structures of ribosomes from many different sources, a high-resolution structure of the chloro-ribosome is still lacking. Here, we present a cryo-EM structure of the large subunit of the chloro-ribosome from spinach (Spinacia oleracea) at an average resolution of 3.5 Å. High-resolution map enabled us to localize and model chloro-ribosome proteins, chloroplast-specific protein extensions, two PSRPs (PSRP5 and 6) and three rRNA molecules present in the chloro-ribosome. Although comparable to E. coli, the polypeptide tunnel and the tunnel exit site show chloroplast-specific features.
履歴
登録2016年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月1日-
マップ公開2017年2月1日-
更新2018年6月6日-
現状2018年6月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h1s
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9572.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chloro-ribosome LSU (50S)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.28 Å/pix.
x 312 pix.
= 399.36 Å		1.28 Å/pix.
x 312 pix.
= 399.36 Å		1.28 Å/pix.
x 312 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.132 / ムービー #1: 0.132
最小 - 最大-0.584668 - 0.92817754
平均 (標準偏差)0.0021987308 (±0.027552119)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.281.281.28
M x/y/z312312312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.360399.360399.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS312312312
D min/max/mean-0.5850.9280.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Chloro-ribosome 50S

全体名称: Chloro-ribosome 50S
要素
  • 複合体: Chloro-ribosome 50S
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: Spinach chloroplast 4.5S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic

+
超分子 #1: Chloro-ribosome 50S

超分子名称: Chloro-ribosome 50S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 1.7 MDa

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 911.34425 KDa
配列文字列: UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC ...文字列:
UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC CUGGCGAACU GAAACAUCUU AGUAGCCAGA GGAAAAGAAA GCAAAAGCGA UUCCCGUAGU AGCGGCGAGC GA AAUGGGA GCAGCCUAAA CCGUGAAAAC GGGGUUGUGG GAGAGCAAUA CAAGCGUCGU GCUGCUAGGC GAAUCAGUGG AGU GCGGAA CCCUAGAUGG UGAAAGUCCA GUAGCCGAAA GCAUCACUAG CUUAUGCUCU GACCCGAGUA GCAUGGGGCA CGUG GAAUC CCGUGUGAAU CAGCAAGGAC CACCUUGCAA GGCUAAAUAC UCCUGGGUGA CCGAUAGCGA AGUAGUACCG UGAGG GAAG GGUGAAAAGA ACCCCCAUCG GGGAGUGAAA UAGAACAUGA AACCGUAAGC UCUCAAGCAG UGGGAGGGGG ACCAGA CCC UGACCGCGUG CCUGUUGAAG AAUGAGCCGG CGACUCAUAG GCAGUGGCUU GGUUAAGGGA ACCCACCGGA GCCGUAG CG AAAGCGAGUC UUCAUAGGGC AAUUGUCACU GCUUAUGGAC CCGAACCUGG GUGAUCUAUC CAUGACCAGG AUGAAGCU U GGGUGAAACU AAGUGGAGGU CCGAACCGAC UGAUGUUGAA GAAUCAGCGG AUGAGUUGUG GUUAGGGGUG AAAUGCCAC UCGAACCCAG AGCUAGCUGG UUCUCCCCGA AAUGCGUUGA GGCGCAGCAG UUGACUGGAC AUCUAGGGGU AAAGCACUGU UUCGGUGCG GGCCGCGAGA GCGGUACCAA AUCGAGGCAA ACUCUGAAUA CUAGAUAUGA CCUCCAAAUA ACAGGGGUCA A GGUCGGCC AGUGAGACGA UGGGGGAUAA GCUUCAUCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCGGA UCACCAGCUA AGGCCCCUAA AU GACCGCU CAGUGAUAAA GGAGGUAGGG GUGCAGAGAC AGCCAGGAGG UUUGCCUAGA AGCAGCCACC CUUGAAAGAG UGC GUAAUA GCUCACUGAU CGAGCGCUCU UGCGCCGAAG AUGAACGGGG CUAAGCGGUC UGCCGAAGCU GUGGGAUGUA AAAA AACAU CGGUAGGGGA GCGUUCCGUG UUAGGGAGAA ACGCGUGCGU GAGCCGCGUU GGACGAAGCG GAAGCGAGAA UGUCG GCUU GAGUAACGCA AACAUUGGUG AGAAUCCAAU GCCCCGAAAA CCUAAGGGUU CCUCCGCAAG GUUCGUCCAC GGAGGG UGA GUCAGGGCCU AAGAUCAGGC CGAAAGGCGU AGUCGAUGGA CAACAGGUGA AUAUUCCUGU ACUACCCCUU GUUGGUC CC GAGGGACGGA GGAGGCUAGG UUAGCCGAAA GAUGGUUAUC GGUUCAAGGA CGCAAGGUGA CCCUGUUUUU CAGGGUAA G AAGGGGUAGA GAAAAUGCCU CGAGCCAAUG UUCGAGUACC AGGCGCUACG GCGCUGAAGU AACCGAUGCC AUACUCCCA GGAAAAGCUC GAACGACCUU CAACAAAAGG GUACCUGUAC CCGAAACCGA CACAGGUAGG UAGGUAGAGA AUACCUAGGG GCGCGAGAC AACUCUCUCU AAGGAACUCG GCAAAAUAGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCCCCCU CACAAAGGGG G UCGAAGUG ACCAGGCCCG GGCGACUGUU UACCAAAAAC ACAGGUCUCC GCAAAGUCGU AAGACCAUGU AUGGGGGCUG AC GCCUGCC CAGUGCCGGA AGGUCAAGGA AGUUGGUGAC CUGAUGACAG GGGAGCCGGC GACCGAAGCC CCGGUGAACG GCG GCCGUA ACUAUAACGG UCCUAAGGUA GCGAAAUUCC UUGUCGGGUA AGUUCCGACC CGCACGAAAG GCGUAACGAU CUGG GCACU GUCUCGGAGA GAGGCUCGGU GAAAUAGACA UGUCUGUGAA GAUGCGGACU ACCUGCACCU GGACAGAAAG ACCCU AUGA AGCUUUACUG UUCCCUGGGA UUGGCUUUGG GCUUUUCCUG CGCAGCUUAG GUGGAAGGCG AAGAAGGCCC CCUUCC GGG GGGGCCCGAG CCAUCAGUGA GAUACCACUC UGGAAGAGCU AGAAUUCUAA CCUUGUGUCA GGACCUACGG GCCAAGG GA CAUUCUCAGG UAGACAGUUU CUAUGGGGCG UAGGCCUCCC AAAAGGUAAC GGAGGCGUGC AAAGGUUUCC UCGGGCCG G ACGGAGAUUG GCCCUCGAGU GCAAAGGCAG AAGGGAGCUU GACUGCAAGA CCCACCCGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGG CCUUAGUGAU CCGACGGUGC CGAGUGGAAG GGCCGUCGCU CAACGGAUAA AAGUUACUCU AGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGAAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC UUCGCCACCU GGGGCUGUAG UAUGUUCCAA G GGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGUGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC AUAUCCGGUG UG GGCGUUA GAGCAUUGAG AGGACCUUUC CCUAGUACGA GAGGACCGGG AAGGACGCAC CUCUGGUGUA CCAGUUAUCG UGC CCACGG UAAACGCUGG GUAGCCAAGU GCGGAGCGGA UAACUGCUGA AAGCAUCUAA GUAGUAAGCC CACCCCAAGA UGAG UGCUC UCCUA

+
分子 #2: Spinach chloroplast 4.5S rRNA

分子名称: Spinach chloroplast 4.5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 34.334488 KDa
配列文字列:
AGAGAAGGUC ACGGCGAGAC GAGCCGUUUA UCAUUACGAU AGGUGUCAAG UGGAAGUGCA GUGAUGUAUG CAGCUGAGGC AUCCUAACA GACCCACAGA CUUGAAC

+
分子 #3: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 39.014184 KDa
配列文字列:
UAUUCUGGUG UCCUAGGCGU AGAGGAACCA CACCAAUCCA UCCCGAACUU GGUGGUUAAA CUCUACUGCG GUGACGAUAC UGUAGGGGA GGUCCUGCGG AAAAAUAGCU CGACGCCAGG AU

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.123639 KDa
配列文字列: EWRQLKEAVK KEFAIPHVPL DQRWMFTLEE ATGPDIWNTT WYPKSADHVP TDKKWYVVDA TDLILGRMAS TIAIHIRGKN LASYTPSVD MGAFVIVVNA DKVAVSGKKR TQKLYRRHSG RPGGLKEETF DQLQKRIPER IIEHAVRGML PKGRLGRYLF N HLKVYKGA ...文字列:
EWRQLKEAVK KEFAIPHVPL DQRWMFTLEE ATGPDIWNTT WYPKSADHVP TDKKWYVVDA TDLILGRMAS TIAIHIRGKN LASYTPSVD MGAFVIVVNA DKVAVSGKKR TQKLYRRHSG RPGGLKEETF DQLQKRIPER IIEHAVRGML PKGRLGRYLF N HLKVYKGA EHPHQAQQPI DLPLRDKRIR VEK

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.484741 KDa
配列文字列:
MIQPQTHLNV ADNSGARELM CIRIIGASNR RYARIGDVIV AVIKEAIPNT PLERSEVIRA VVVRTCKELK RDNGMIIRYD DNAAVIIDQ EGNPKGTRIF GAIARELRQK FAKIVSLAPE VL

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.680062 KDa
配列文字列: FRLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP INLRDIEVA GFKEGEEVSL ESLKAKGIIN PSGRERRLPL KILGEGELST KLQIKARAFS GSAKEKLEAA GCSVTVLPGR K KYIKESVR ...文字列:
FRLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP INLRDIEVA GFKEGEEVSL ESLKAKGIIN PSGRERRLPL KILGEGELST KLQIKARAFS GSAKEKLEAA GCSVTVLPGR K KYIKESVR KNLARADEYF AKKRAASASE AESA

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.328068 KDa
配列文字列:
MLSPKRTRFR KQHRGRMKGI SYRGNRICFG RYALQALEPA WITSRQIEAG RRAMTRNARR GGKIWVRIFP DKPVTVRPAE TRMGSGKGS PEYWVAVVKP GRILYEISGV AENIARRAVA IAASKMPIRT QFIISG

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.466902 KDa
配列文字列:
MKHGRKIHRL SRPADQRRAL LRGLTTQLLK HGRIKTTRAK ASAMRKYVDK MITLAKEGSL HKRRQALGFI YEKQIVHALF AEVPERYGD RNGGYTRIIR TLPRRGDNAP MAYIELV

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.801939 KDa
配列文字列:
AKAHTRREDR TARHVRIRKK VEGTPERPRL CVFRSNKHLY VQVIDDTKMH TLAAASTMQK AISENIDYSA GPTVEVAQKI GEMIAKSCL EKGITKVAFD RGGYPYHGRV KALADAAREH GLVF

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.597373 KDa
配列文字列:
SEAEDSSDAP AESVAVVAEE ELPVESEAEA EERPPRQQRV KLGDIMGILN KKAVHAAEEL RPVPGIRTGD IVQIRLEVPE NKRRLSVYK GIVISRQNAG IHTTIRIRRI IAGVGVEIVF PLYSPNIKEI KVVSHRKVRK ARLYYLRDKL PRLSTFK

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.594491 KDa
配列文字列:
TRVKRGYIAR RRRKKIRFFA SSFRGAHSRL TRTIAQQKIR ALVSAHRDRD RQKRDFRRLW ITRINAAIRE RGVYYNYSKF IHDLYKRQL LLNRKILAQI AILNPNCIYM IYNEIIKKED CKKYLEII

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.793986 KDa
配列文字列: AKRRRFQEIP EELKAEFEEF QRPPNQKPQL SDVLPDDFQA PEPGTPEYND IINQFLPKKG PPPPREEIFA VVVIGSRQYI VIPGRWIYT QRLKGATVND KIVLNKVLLV GTKASTYIGT PIVTNAAVHA VVEEQLLDDK VIVFKYKKKK NYRRNIGHRQ P ITRIKITG ...文字列:
AKRRRFQEIP EELKAEFEEF QRPPNQKPQL SDVLPDDFQA PEPGTPEYND IINQFLPKKG PPPPREEIFA VVVIGSRQYI VIPGRWIYT QRLKGATVND KIVLNKVLLV GTKASTYIGT PIVTNAAVHA VVEEQLLDDK VIVFKYKKKK NYRRNIGHRQ P ITRIKITG ITGYEDYPAS TLEAEVEAKE EAEAEAEAEA VPV

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.292676 KDa
配列文字列: MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR ...文字列:
MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR RRELLCGRFR ENHKIKSFLY KIALFKRYEV M

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.575806 KDa
配列文字列:
ATEAVAPTTE EAATSQPKTS KKAKKLKYPR RILDVYQILQ SPIITEAAIK NIADENSLLF TVDVRADKKM IREAISNFFG VKVRKVNTL IRPDGTKKAY IMLNKEYNAS ELAKKIGIFP GGN

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.552316 KDa
配列文字列:
RIKRWERKDC KPNSLPKLHK RHVKVGDTVK VISGGEKGKI GEISKIHKHN STVIIKDLNF KTKHVKSKEE GEQGQIIKIE AAIHSSNVM LILKEQEVAD RVGHKILEDV RKVRYLIKTG EIVDTPDRWK EIQNKKESET AVAVAA

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.326538 KDa
配列文字列:
AHKKGAGSTK NGRDSKGQRL GVKIYGDQVA KPGAIIIRQR GTKFHPGKNV GIGKDHTIFA LIDGLVKFEK YGPDKKKVSV YPREIQPEN PNSYRARKRE NFRLQREKKK ARREGYSFQP QLILASAATD NADESAVC

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 9.016668 KDa
配列文字列:
RRICPFTGKK SNKANRVSHS NHKTKRLQFV NLQYKRVWWE AGKRFVKLRL STKALKTIEK NGLDAVAKKA GIDLRKE

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.903116 KDa
配列文字列:
KKEDELKELR TKTNEQLNEE ILQLKGELFM LRLQRSAREN FKPSDFGRMR KRVARMLTVK REREIEQGVG KRLSRKLDKA WKRSIVVRP PPSLKKLQEK ATAEAEAEKA

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.722424 KDa
配列文字列: AIHLYKTSTS STRNGAVQVK SNPRNNLISG QRRCGKGRNA RGIITARHRG GGHKRLYRKI DFRRNEKDIY GKIVTIEYDP NRNAYICLI HYGDGEKRYI LHPRGAIIGD TIVSGTEVPI KMGNALPLTD MPLGTAIHNI EITLGRGGQL ARAAGAVAKL I AKEGKSAT ...文字列:
AIHLYKTSTS STRNGAVQVK SNPRNNLISG QRRCGKGRNA RGIITARHRG GGHKRLYRKI DFRRNEKDIY GKIVTIEYDP NRNAYICLI HYGDGEKRYI LHPRGAIIGD TIVSGTEVPI KMGNALPLTD MPLGTAIHNI EITLGRGGQL ARAAGAVAKL I AKEGKSAT LKLPSGEVRL ISKNCSATVG QVGNVGVNQK RLGRAGSKRW LGKRPVVRGV VMNPVDHPHG GGEGRAPIGR KS PTTPWGY PALGRRSRKR NKYSDNFIIR RRSK

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.519773 KDa
配列文字列:
AVPKKRTSIY KKRIRKNIWK KKGYWAALKA FSLAKSLSTG NSKSFFVRKI SNQTLE

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.536926 KDa
配列文字列:
AKGKDVRVKV ILECTGCVRK SVNKGSRGVS RYITQKNRHN TPSRLELRKF CPYCYKHTIH GEIKK

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.692029 KDa
配列文字列:
GKAALCLTKR SRSRKSLART HGFRLRMSTT SGRALLKRRR AKGRKILCTK TNPSSGKRAS

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 8.459163 KDa
配列文字列:
AKGYKMKTHK ASAKRFRVTG KGKIVRRRAG KQHLLAKKNT KRKNRLSKLI QVDRSDYDNV IGALPYLKVN RKV

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.414462 KDa
配列文字列:
MKIRASVRPI CEKCRLIRRR GRIIVICSNP KHKQRQG

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.117328 KDa
配列文字列: SVDAGIGVMG TKLGMMSFFE EDGTVVPVTV IGFKEGNIVT QVKTESTDGY NAVQVGYERL RDRKLTMPER GHLNKAGVIP MRHLQEFRL VSVDDFTPSQ KLLFEELFKE GDMVDISGTT IGKGFQGGIK RHNFKRGLMT HGSKSHRALG SIGAGTTPGH V YKGKKMPG ...文字列:
SVDAGIGVMG TKLGMMSFFE EDGTVVPVTV IGFKEGNIVT QVKTESTDGY NAVQVGYERL RDRKLTMPER GHLNKAGVIP MRHLQEFRL VSVDDFTPSQ KLLFEELFKE GDMVDISGTT IGKGFQGGIK RHNFKRGLMT HGSKSHRALG SIGAGTTPGH V YKGKKMPG RMGGTKTKIR KLKIMKIDTD LRVVMIKGAV PGKPGNLLRL APAKIVGKNI PKN

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.202697 KDa
配列文字列: ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPPEKA RAVVHRGLIT HLQNKRRGTA STLTRAEVRG GGRKPYPQKK TGRARRGSQG SPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL ALSTAIASAV GNSFVVEEFA ENFEKPKTKD FIAAMQRWGL DPAEKSLFFL M DLVENVEK ...文字列:
ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPPEKA RAVVHRGLIT HLQNKRRGTA STLTRAEVRG GGRKPYPQKK TGRARRGSQG SPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL ALSTAIASAV GNSFVVEEFA ENFEKPKTKD FIAAMQRWGL DPAEKSLFFL M DLVENVEK SGRNIRTLKL LTPRSLNLFD VLNAEKLVFT EGTIQYLNQR YGVDTLEDED EEEEEEEEGE EVDDGVEDGT PE PAE

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.248189 KDa
配列文字列: AAGTAVFVDK AEAETINRLK TNYIEKMVPL LKEEFSYSNI LEVPKVVKIV VNCGIGDASQ NAKGLDAAIN ELALITGQRP VKTKAKTSI AGFKVREGMT LGIAVTLRGN LMYSFLDRLI NLALPRTRDF QGVNPNSFDG HGNYSVGFRE QSVFPEIKPE I VGKARGMD ...文字列:
AAGTAVFVDK AEAETINRLK TNYIEKMVPL LKEEFSYSNI LEVPKVVKIV VNCGIGDASQ NAKGLDAAIN ELALITGQRP VKTKAKTSI AGFKVREGMT LGIAVTLRGN LMYSFLDRLI NLALPRTRDF QGVNPNSFDG HGNYSVGFRE QSVFPEIKPE I VGKARGMD VCITTTAKTD KEAYKLLSLM GMPFREGSGP STLVRKKKLK SHHFDAKKGR RY

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.263604 KDa
配列文字列:
KESRIGKQPI TVPANVAIAM EGQDLKVKGP LGELSITYPR EVLVEKQESG FLRVRKAVET RRANQMHGLF RTLTDNMVVG VSKGFEKKL QLVGVGYRAT VEGKDLILSL GFSHPVRMAI PDELQVKVEE NTKVTVSGRD KSVVGQFAAT IRSWRPPEPY K GKGVRYVD EVVRRKEGKA GKKK

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.669951 KDa
配列文字列:
QKKVKKIRKI ILKEDIPDLG KKGQLLDVRA GFLRNFLLPL GKAEVVTPLL LKEMKMEDER IEAEKKRVKE EAQQLARMFE TVGAFKVKR KGGKGKQIFG SVTAQDLVDI IKAQLQRDVD KKVVFLPDIR ETGEYIAELK LHPDVTAQVR VTVFAN

+
分子 #30: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.351212 KDa
配列文字列:
MALLSPLLSL SSVPPITSIA VSSSSFPIKL QNVSVALLPS FGQRLVAHGP VIAQKRGTVV AMVSAAAEET AGEDGDQSKV EEANISVQN LPLESKLQLK LEQKIKMKMA KKIRLRRTGL CAKESLRKRG AWPPSKMKKL KNV

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.801521 KDa
配列文字列:
RKSDIHPEFR EDAKVYCNGE LVMTTGGTQK DYTVEVWSGN HPFYLGNRSA LLLDADQVEK FRKKYGELTQ IMEIPVLKGE IILPPKKKS KAKKK

+
分子 #32: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.080688 KDa
配列文字列:
MSVSAIFGAR VVTIPSVLRT SSVDGRTVKL QPSTGGSCGG GVITIECSSR PQKKGTAHHM KTRPKKTARW DIKRGPAVYP PLPPLPAEW TIVSSAVDEA DSSSSTTSSS AEIAQSA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris HCl, pH 7.6, 100 mM KCl, 10 mM MgOAc, 100 mM sucrose, 7 mM 2-mercaptoethanol, 1 unit/ml RNase inhibitor, 0.1% protease inhibitor
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1590 / 平均電子線量: 26.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.2 µm / 倍率（補正後）: 109375 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 338305
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
最終 再構成使用したクラス数: 20 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 174949
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る