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万見
- EMDB-9297: Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9297
タイトルCryo-EM structure of phosphodiesterase 6
マップデータCryo-EM structure of phosphodiesterase 6, primary map
試料
  • 複合体: Phosphodiesterase 6
    • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE
キーワードGAF domain / phosphohydrolase / G protein-coupled receptor signaling / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / photoreceptor outer segment membrane / entrainment of circadian clock by photoperiod / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity ...3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / photoreceptor outer segment membrane / entrainment of circadian clock by photoperiod / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / visual perception / photoreceptor disc membrane / retina development in camera-type eye / molecular adaptor activity / positive regulation of MAPK cascade / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / GAF-like domain superfamily / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha / Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Gulati S / Palczewski K / Kovacik L / Stahlberg H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)EY009339 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)EY027283 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)EY024864 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6 reveals insights into the allosteric regulation of type I phosphodiesterases.
著者: Sahil Gulati / Krzysztof Palczewski / Andreas Engel / Henning Stahlberg / Lubomir Kovacik /
要旨: Cyclic nucleotide phosphodiesterases (PDEs) work in conjunction with adenylate/guanylate cyclases to regulate the key second messengers of G protein-coupled receptor signaling. Previous attempts to ...Cyclic nucleotide phosphodiesterases (PDEs) work in conjunction with adenylate/guanylate cyclases to regulate the key second messengers of G protein-coupled receptor signaling. Previous attempts to determine the full-length structure of PDE family members at high-resolution have been hindered by structural flexibility, especially in their linker regions and N- and C-terminal ends. Therefore, most structure-activity relationship studies have so far focused on truncated and conserved catalytic domains rather than the regulatory domains that allosterically govern the activity of most PDEs. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of the full-length PDE6αβ2γ complex. The final density map resolved at 3.4 Å reveals several previously unseen structural features, including a coiled N-terminal domain and the interface of PDE6γ subunits with the PDE6αβ heterodimer. Comparison of the PDE6αβ2γ complex with the closed state of PDE2A sheds light on the conformational changes associated with the allosteric activation of type I PDEs.
履歴
登録2018年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月6日-
マップ公開2019年3月6日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mzb
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9297.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6, primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 203.136 Å		1.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 203.136 Å		1.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 203.136 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-0.5842323 - 32.156455999999999
平均 (標準偏差)0.15703212 (±1.3413881)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin848484
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 203.13599 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0581.0581.058
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z203.136203.136203.136
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS848484
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.58432.1560.157

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9297_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phosphodiesterase 6

全体名称: Phosphodiesterase 6
要素
  • 複合体: Phosphodiesterase 6
    • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: Phosphodiesterase 6

超分子名称: Phosphodiesterase 6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta

分子名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 98.449648 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MSLSEGQVHR FLDQNPGFAD QYFGRKLSPE DVANACEDGC PEGCTSFREL CQVEESAALF ELVQDMQENV NMERVVFKIL RRLCSILHA DRCSLFMYRQ RNGVAELATR LFSVQPDSVL EDCLVPPDSE IVFPLDIGVV GHVAQTKKMV NVQDVMECPH F SSFADELT ...文字列:
MSLSEGQVHR FLDQNPGFAD QYFGRKLSPE DVANACEDGC PEGCTSFREL CQVEESAALF ELVQDMQENV NMERVVFKIL RRLCSILHA DRCSLFMYRQ RNGVAELATR LFSVQPDSVL EDCLVPPDSE IVFPLDIGVV GHVAQTKKMV NVQDVMECPH F SSFADELT DYVTRNILAT PIMNGKDVVA VIMAVNKLDG PCFTSEDEDV FLKYLNFGTL NLKIYHLSYL HNCETRRGQV LL WSANKVF EELTDIERQF HKAFYTVRAY LNCDRYSVGL LDMTKEKEFF DVWPVLMGEA QAYSGPRTPD GREILFYKVI DYI LHGKED IKVIPSPPAD HWALASGLPT YVAESGFICN IMNAPADEMF NFQEGPLDDS GWIVKNVLSM PIVNKKEEIV GVAT FYNRK DGKPFDEQDE VLMESLTQFL GWSVLNTDTY DKMNKLENRK DIAQDMVLYH VRCDREEIQL ILPTRERLGK EPADC EEDE LGKILKEVLP GPAKFDIYEF HFSDLECTEL ELVKCGIQMY YELGVVRKFQ IPQEVLVRFL FSVSKGYRRI TYHNWR HGF NVAQTMFTLL MTGKLKSYYT DLEAFAMVTA GLCHDIDHRG TNNLYQMKSQ NPLAKLHGSS ILERHHLEFG KFLLSEE TL NIYQNLNRRQ HEHVIHLMDI AIIATDLALY FKKRTMFQKI VDESKNYEDR KSWVEYLSLE TTRKEIVMAM MMTACDLS A ITKPWEVQSK VALLVAAEFW EQGDLERTVL DQQPIPMMDR NKAAELPKLQ VGFIDFVCTF VYKEFSRFHE EILPMFDRL QNNRKEWKAL ADEYEAKVKA LEEDQKKETT AKKVGTEICN GGPAPRSSTC RIL

UniProtKB: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta

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分子 #2: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha

分子名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 99.461789 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MGEVTAEEVE KFLDSNVSFA KQYYNLRYRA KVISDLLGPR EAAVDFSNYH ALNSVEESEI IFDLLRDFQD NLQAEKCVFN VMKKLCFLL QADRMSLFMY RARNGIAELA TRLFNVHKDA VLEECLVAPD SEIVFPLDMG VVGHVALSKK IVNVPNTEED E HFCDFVDT ...文字列:
MGEVTAEEVE KFLDSNVSFA KQYYNLRYRA KVISDLLGPR EAAVDFSNYH ALNSVEESEI IFDLLRDFQD NLQAEKCVFN VMKKLCFLL QADRMSLFMY RARNGIAELA TRLFNVHKDA VLEECLVAPD SEIVFPLDMG VVGHVALSKK IVNVPNTEED E HFCDFVDT LTEYQTKNIL ASPIMNGKDV VAIIMVVNKV DGPHFTENDE EILLKYLNFA NLIMKVFHLS YLHNCETRRG QI LLWSGSK VFEELTDIER QFHKALYTVR AFLNCDRYSV GLLDMTKQKE FFDVWPVLMG EAPPYAGPRT PDGREINFYK VID YILHGK EDIKVIPNPP PDHWALVSGL PTYVAQNGLI CNIMNAPSED FFAFQKEPLD ESGWMIKNVL SMPIVNKKEE IVGV ATFYN RKDGKPFDEM DETLMESLTQ FLGWSVLNPD TYELMNKLEN RKDIFQDMVK YHVKCDNEEI QTILKTREVY GKEPW ECEE EELAEILQGE LPDADKYEIN KFHFSDLPLT ELELVKCGIQ MYYELKVVDK FHIPQEALVR FMYSLSKGYR RITYHN WRH GFNVGQTMFS LLVTGKLKRY FTDLEALAMV TAAFCHDIDH RGTNNLYQMK SQNPLAKLHG SSILERHHLE FGKTLLR DE SLNIFQNLNR RQHEHAIHMM DIAIIATDLA LYFKKRTMFQ KIVDQSKTYE TQQEWTQYMM LDQTRKEIVM AMMMTACD L SAITKPWEVQ SKVALLVAAE FWEQGDLERT VLQQNPIPMM DRNKADELPK LQVGFIDFVC TFVYKEFSRF HEEITPMLD GITNNRKEWK ALADEYETKM KGLEEEKQKQ QAANQAAAGS QHGGKQPGGG PASKSCCVQ

UniProtKB: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha

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分子 #3: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiestera...

分子名称: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 9.684229 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MNLEPPKAEI RSATRVMGGP VTPRKGPPKF KQRQTRQFKS KPPKKGVQGF GDDIPGMEGL GTDITVICPW EAFNHLELHE LAQYGII

UniProtKB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: 35G
分子量理論値: 345.205 Da
Chemical component information

ChemComp-35G:
GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / cGMP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43597
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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