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- EMDB-9138: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trime... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9138
タイトルHIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
マップデータHIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
試料
  • 複合体: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
    • 複合体: SOSIP trimer
      • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIPv5.2 gp120
      • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIPv5.2 gp41
    • 複合体: BDA1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: BDA1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BDA1 Fab light chain
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Cottrell CA / Ward AB
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Slow Delivery Immunization Enhances HIV Neutralizing Antibody and Germinal Center Responses via Modulation of Immunodominance.
著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine ...著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine Nakao / Matthias G Pauthner / Samantha Reiss / Christopher A Cottrell / Melissa L Smith / Raiza Bastidas / William Gibson / Amber N Wolabaugh / Mariane B Melo / Benjamin Cossette / Venkatesh Kumar / Nirav B Patel / Talar Tokatlian / Sergey Menis / Daniel W Kulp / Dennis R Burton / Ben Murrell / William R Schief / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / Corey T Watson / Guido Silvestri / Darrell J Irvine / Shane Crotty /
要旨: Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the ...Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the immunological hurdles posed, including B cell immunodominance and germinal center (GC) quantity and quality. We found that two independent methods of slow delivery immunization of rhesus monkeys (RMs) resulted in more robust T follicular helper (T) cell responses and GC B cells with improved Env-binding, tracked by longitudinal fine needle aspirates. Improved GCs correlated with the development of >20-fold higher titers of autologous nAbs. Using a new RM genomic immunoglobulin locus reference, we identified differential IgV gene use between immunization modalities. Ab mapping demonstrated targeting of immunodominant non-neutralizing epitopes by conventional bolus-immunized animals, whereas slow delivery-immunized animals targeted a more diverse set of epitopes. Thus, alternative immunization strategies can enhance nAb development by altering GCs and modulating the immunodominance of non-neutralizing epitopes.
履歴
登録2018年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2019年5月29日-
更新2019年5月29日-
現状2019年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01669377
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01669377
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9138.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.0166938
最小 - 最大-0.04054257 - 0.14626986
平均 (標準偏差)-0.00003215719 (±0.004640977)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 380.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.981.981.98
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.160380.160380.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0410.146-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trime...

全体名称: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
要素
  • 複合体: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
    • 複合体: SOSIP trimer
      • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIPv5.2 gp120
      • タンパク質・ペプチド: BG505 SOSIPv5.2 gp41
    • 複合体: BDA1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: BDA1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BDA1 Fab light chain

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超分子 #1: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trime...

超分子名称: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: SOSIP trimer

超分子名称: SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: BDA1 Fab

超分子名称: BDA1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: BG505 SOSIPv5.2 gp120

分子名称: BG505 SOSIPv5.2 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETKKHNVWA THCCVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE YRLINCNTSA ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETKKHNVWA THCCVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE YRLINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV MIRSENITNN AKNILVQFNT PVQINCTRPN NNTRKSIRIG PGQWFYATGD IIGDIRQAHC NVSKATWNET LGKVVKQLRK HFGNNTIIRF ANSSGGDLEV TTHSFNCGGE FFYCNTSGLF NSTWISNTSV QGSNSTGSND SITLPCRIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRDNWRSE LYKYKVVKIE PLGVAPTRCK RRVVGRRRRR R

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分子 #2: BG505 SOSIPv5.2 gp41

分子名称: BG505 SOSIPv5.2 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEC QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSGK LICCTNVPWN SSWSNRNLSE IWDNMTWLQW DKEISNYTQI IYGLLEESQN QQEKNEQDLL ALD

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分子 #3: BDA1 Fab heavy chain

分子名称: BDA1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGASIS IYWWGWIRQP PGKGLEWIGE IIGSSGSTNS NPSFKSRVTI SKDASKNQFS LNLNSVTAAD TAVYYCVRVG AAISLPFDYW GQGVLVTVSS

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分子 #4: BDA1 Fab light chain

分子名称: BDA1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SYELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDALPKK YAYWFQQKPG QSPVLIIYED NKRPSGIPER FSGSSSGTVA TLTISGAQVE DEGDYYCYSR HSSGNHGLFG GGTRLTVL

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 122593
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b0) / 使用した粒子像数: 15024
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 15000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0b0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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