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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9138 | |||||||||
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タイトル | HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 | |||||||||
マップデータ | HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Cottrell CA / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Slow Delivery Immunization Enhances HIV Neutralizing Antibody and Germinal Center Responses via Modulation of Immunodominance. 著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine ...著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine Nakao / Matthias G Pauthner / Samantha Reiss / Christopher A Cottrell / Melissa L Smith / Raiza Bastidas / William Gibson / Amber N Wolabaugh / Mariane B Melo / Benjamin Cossette / Venkatesh Kumar / Nirav B Patel / Talar Tokatlian / Sergey Menis / Daniel W Kulp / Dennis R Burton / Ben Murrell / William R Schief / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / Corey T Watson / Guido Silvestri / Darrell J Irvine / Shane Crotty / 要旨: Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the ...Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the immunological hurdles posed, including B cell immunodominance and germinal center (GC) quantity and quality. We found that two independent methods of slow delivery immunization of rhesus monkeys (RMs) resulted in more robust T follicular helper (T) cell responses and GC B cells with improved Env-binding, tracked by longitudinal fine needle aspirates. Improved GCs correlated with the development of >20-fold higher titers of autologous nAbs. Using a new RM genomic immunoglobulin locus reference, we identified differential IgV gene use between immunization modalities. Ab mapping demonstrated targeting of immunodominant non-neutralizing epitopes by conventional bolus-immunized animals, whereas slow delivery-immunized animals targeted a more diverse set of epitopes. Thus, alternative immunization strategies can enhance nAb development by altering GCs and modulating the immunodominance of non-neutralizing epitopes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9138.map.gz | 20.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9138-v30.xml emd-9138.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9138.png | 25.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9138 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9138_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9138_full_validation.pdf.gz | 76.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9138_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9138 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9138 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0569C 0570C 0571C 0572C 0573C 0574C 0575C 0576C 0577C 0578C 0579C 0580C 0581C 0582C 9175C 9176C 9177C 9178C 9179C 9180C 9181C 9182C 9183C 9184C 9185C 9186C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trime...
全体 | 名称: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trime...
超分子 | 名称: HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: SOSIP trimer
超分子 | 名称: SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-超分子 #3: BDA1 Fab
超分子 | 名称: BDA1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: BG505 SOSIPv5.2 gp120
分子 | 名称: BG505 SOSIPv5.2 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETKKHNVWA THCCVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE YRLINCNTSA ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETKKHNVWA THCCVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNNITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE YRLINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV MIRSENITNN AKNILVQFNT PVQINCTRPN NNTRKSIRIG PGQWFYATGD IIGDIRQAHC NVSKATWNET LGKVVKQLRK HFGNNTIIRF ANSSGGDLEV TTHSFNCGGE FFYCNTSGLF NSTWISNTSV QGSNSTGSND SITLPCRIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRDNWRSE LYKYKVVKIE PLGVAPTRCK RRVVGRRRRR R |
-分子 #2: BG505 SOSIPv5.2 gp41
分子 | 名称: BG505 SOSIPv5.2 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEC QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSGK LICCTNVPWN SSWSNRNLSE IWDNMTWLQW DKEISNYTQI IYGLLEESQN QQEKNEQDLL ALD |
-分子 #3: BDA1 Fab heavy chain
分子 | 名称: BDA1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGASIS IYWWGWIRQP PGKGLEWIGE IIGSSGSTNS NPSFKSRVTI SKDASKNQFS LNLNSVTAAD TAVYYCVRVG AAISLPFDYW GQGVLVTVSS |
-分子 #4: BDA1 Fab light chain
分子 | 名称: BDA1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDALPKK YAYWFQQKPG QSPVLIIYED NKRPSGIPER FSGSSSGTVA TLTISGAQVE DEGDYYCYSR HSSGNHGLFG GGTRLTVL |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |