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- EMDB-8976: CARD9 CARD helical filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8976
タイトルCARD9 CARD helical filament
マップデータNegative-stain electron microscopy reconstruction of helical filaments of the CARD9 CARD
試料
  • 複合体: Helical filament of the CARD9 CARD
    • タンパク質・ペプチド: CARD9 CARD
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Holliday MJ / Estevez A / Rohou A / Dueber EC / Fairbrother WJ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018
タイトル: Picomolar zinc binding modulates formation of Bcl10-nucleating assemblies of the caspase recruitment domain (CARD) of CARD9.
著者: Michael J Holliday / Ryan Ferrao / Gladys de Leon Boenig / Alberto Estevez / Elizabeth Helgason / Alexis Rohou / Erin C Dueber / Wayne J Fairbrother /
要旨: The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse ...The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse pathogens. This signaling pathway requires a critical caspase recruitment domain (CARD)-CARD interaction between CARD9 and Bcl10 that promotes downstream activation of factors, including NF-κB and the mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38. Despite these insights, CARD9 remains structurally uncharacterized, and little mechanistic understanding of its regulation exists. We unexpectedly found here that the CARD in CARD9 binds to Zn with picomolar affinity-a concentration comparable with the levels of readily accessible Zn in the cytosol. NMR solution structures of the CARD9-CARD in the apo and Zn-bound states revealed that Zn has little effect on the ground-state structure of the CARD; yet the stability of the domain increased considerably upon Zn binding, with a concomitant reduction in conformational flexibility. Moreover, Zn binding inhibited polymerization of the CARD9-CARD into helical assemblies. Here, we also present a 20-Å resolution negative-stain EM (NS-EM) structure of these filamentous assemblies and show that they adopt a similar helical symmetry as reported previously for filaments of the Bcl10 CARD. Using both bulk assays and direct NS-EM visualization, we further show that the CARD9-CARD assemblies can directly template and thereby nucleate Bcl10 polymerization, a capacity considered critical to propagation of the CARD9-Bcl10 signaling cascade. Our findings indicate that CARD9 is a potential target of Zn-mediated signaling that affects Bcl10 polymerization in innate immune responses.
履歴
登録2018年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2018年11月7日-
現状2018年11月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8976.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative-stain electron microscopy reconstruction of helical filaments of the CARD9 CARD
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.01 Å/pix.
x 200 pix.
= 401.2 Å		2.01 Å/pix.
x 60 pix.
= 120.36 Å		2.01 Å/pix.
x 60 pix.
= 120.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.006 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.13292108 - 1.4829998
平均 (標準偏差)0.106759265 (±0.2958757)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-30-30-100
サイズ6060200
Spacing6060200
セルA: 120.36 Å / B: 120.36 Å / C: 401.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0062.0062.006
M x/y/z6060200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z120.360120.360401.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-30-30-100
NC/NR/NS6060200
D min/max/mean-0.1331.4830.107

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helical filament of the CARD9 CARD

全体名称: Helical filament of the CARD9 CARD
要素
  • 複合体: Helical filament of the CARD9 CARD
    • タンパク質・ペプチド: CARD9 CARD

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超分子 #1: Helical filament of the CARD9 CARD

超分子名称: Helical filament of the CARD9 CARD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Generated by stripping Zn from 0.2 mM 1:1 CARD:Zn with 0.25 mM EDTA, followed by shaking for 90 minutes at 25C
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)
分子量実験値: 22.4 kDa/nm

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分子 #1: CARD9 CARD

分子名称: CARD9 CARD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSDYENDDEC WSVLEGFRVT LTSVIDPSRI TPYLRQCKVL NPDDEEQVLS DPNLVIRKRK VGVLLDILQ RTGHKGYVAF LESLELYYPQ LYKKVTGK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2.2 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.0
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 73000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -102 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPRING
ソフトウェア - 詳細: Using SPRING routine Segmentrefine3D.
詳細: Approximate resolution estimated by comparison to other NS helical reconstructions
使用した粒子像数: 11226
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPRING
ソフトウェア - 詳細: Using SPRING routine Micctfdetermine.
Segment selection選択した数: 1086 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.2)
ソフトウェア - 詳細: Segments were manually picked in e2helixboxer
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 100 A cylinder generated by SPRING.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPRING
ソフトウェア - 詳細: Using SPRING routine Segmentrefine3D.

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原子モデル構築 1

詳細No fitting was performed.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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