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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8471 | |||||||||
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タイトル | Cryo-Electron microscopy structure of species-D human adenovirus 26 | |||||||||
![]() | species-D human adenovirus 26 | |||||||||
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![]() | human adenovirus 26 / hexon / penton base / minor proteins / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell / viral capsid / host cell ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell / viral capsid / host cell / host cell cytoplasm / cell adhesion / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Reddy V / Yu X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of human adenovirus D26 reveals the conservation of structural organization among human adenoviruses. 著者: Xiaodi Yu / David Veesler / Melody G Campbell / Mary E Barry / Francisco J Asturias / Michael A Barry / Vijay S Reddy / ![]() 要旨: Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 ...Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 (HAdV-C5), human adenovirus D26 (HAdV-D26) belongs to species-D HAdVs, which target different cellular receptors, and is differentially recognized by immune surveillance mechanisms. HAdV-D26 is being championed as a lower seroprevalent vaccine and oncolytic vector in preclinical and human clinical studies. To understand the molecular basis for their distinct biological properties and independently validate the structures of minor proteins, we determined the first structure of species-D HAdV at 3.7 Å resolution by cryo-electron microscopy. All the hexon hypervariable regions (HVRs), including HVR1, have been identified and exhibit a distinct organization compared to those of HAdV-C5. Despite the differences in the arrangement of helices in the coiled-coil structures, protein IX molecules form a continuous hexagonal network on the capsid exterior. In addition to the structurally conserved region (3 to 300) of IIIa, we identified an extra helical domain comprising residues 314 to 390 that further stabilizes the vertex region. Multiple (two to three) copies of the cleaved amino-terminal fragment of protein VI (pVIn) are observed in each hexon cavity, suggesting that there could be ≥480 copies of VI present in HAdV-D26. In addition, a localized asymmetric reconstruction of the vertex region provides new details of the three-pronged "claw hold" of the trimeric fiber and its interactions with the penton base. These observations resolve the previous conflicting assignments of the minor proteins and suggest the likely conservation of their organization across different HAdVs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.9 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 250.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | species-D human adenovirus 26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus 26
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human adenovirus 26
超分子 | 名称: Human adenovirus 26 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10 / NCBI-ID: 46928 / 生物種: Human adenovirus 26 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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分子量 | 理論値: 150 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Adenovirus / 直径: 950.0 Å / T番号(三角分割数): 25 |
-分子 #1: Hexon protein
分子 | 名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 107.218703 KDa |
配列 | 文字列: MATPSMMPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREATTYLY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNPSQWETKE KQGTTGGVQQ EKDVTKTFGV A ATGGINIT ...文字列: MATPSMMPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREATTYLY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNPSQWETKE KQGTTGGVQQ EKDVTKTFGV A ATGGINIT NQGLLLGTDE TAENGKKDIY ADKTFQPEPQ VGEENWQENE AFYGGRALKK DTKMKPCYGS FARPTNEKGG QA KFKPVNE GEQPKDLDID FAYFDVPGGS PPAGGSGEEY KADIILYTEN VNLETPDTHV VYKPGTSDNS SEINLVQQSM PNR PNYIGF RDNFVGLMYY NSTGNMGVLA GQASQLNAVV DLQDRNTELS YQLLLDSLGD RTRYFSMWNS AVDSYDPDVR IIEN HGVED ELPNYCFPLN GTGTNSTYQG VKITNGNDGA EESEWEKDDA ISRQNQICKG NVYAMEINLQ ANLWKSFLYS NVALY LPDS YKYTPANVKL PANTNTYEYM NGRVVAPSLV DAYINIGARW SLDPMDNVNP FNHPRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMIL QSSLGNDLRV DGASVRFDSV NLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTHD QS FNDYLSAANM LYPIPAKATN VPISIPSRNW AAFRGWSFTR LKTKETPSLG SGFDPYFVYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V SIMFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML SHYNIGYQGF HVPEGYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDEIN YKDYKAVTLP FQHNNSGFTG YLAPTMRQGQ PYPANFPYPL IGQTAVPSVT QKKFLCDRVM WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNMLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYLL FEVFDVVRVH QPHRGVIEAV YLRTPFSAGN ATT UniProtKB: Hexon protein |
-分子 #2: Penton
分子 | 名称: Penton / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 56.312039 KDa |
配列 | 文字列: LEVPFVPPRY MAPTEGRNSI RYSELAPQYD TTRVYLVDNK SADIASLNYQ NDHSNFLTTV VQNNDFTPAE ASTQTINFDE RSRWGGDLK TILHTNMPNV NEYMFTSKFK ARVMVSRKHP EGVVETDLSQ DKLEYEWFEF TLPEGNFSET MTIDLMNNAI L ENYLQVGR ...文字列: LEVPFVPPRY MAPTEGRNSI RYSELAPQYD TTRVYLVDNK SADIASLNYQ NDHSNFLTTV VQNNDFTPAE ASTQTINFDE RSRWGGDLK TILHTNMPNV NEYMFTSKFK ARVMVSRKHP EGVVETDLSQ DKLEYEWFEF TLPEGNFSET MTIDLMNNAI L ENYLQVGR QNGVLESDIG VKFDSRNFKL GWDPVTKLVM PGVYTYEAFH PDVVLLPGCG VDFTESRLSN LLGIRKKQPF QE GFRIMYE DLEGGNIPAL LDVPKYLESK KKVEDETKNA AAATADTTTR GDTFATPAQE TAADKKVEVL PIEKDESGRS YNL IQGTHD TLYRSWYLSY TYGDPEKGVQ SWTLLTTPDV TCGAEQVYWS LPDLMQDPVT FRSTQQVSNY PVVGAELMPF RAKS FYNDL AVYSQLIRSY TSLTHVFNRF PDNQILCRPP APTITTVSEN VPALTDHGTL PLRSSIRGVQ RVTVTDARRR TCPYV YKAL GIVAPRVLSS RTF UniProtKB: Penton protein |
-分子 #3: Fiber
分子 | 名称: Fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.276526 KDa |
配列 | 文字列: AKRLRVEDDF NPVYPYGYA UniProtKB: Fiber |
-分子 #4: PIIIa
分子 | 名称: PIIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 43.148438 KDa |
配列 | 文字列: QQAPDPAIRA ALQSQPSGLA SDDWEAAMQR IMALTTRNPE SFRQQPQANR LSAILEAVVP SRTNPTHEKV LAIVNALAEN KAIRPDEAG LVYNALLERV GRYNSTNVQS NLDRLVTDVR EAVAQRERFK NEGLGSLVAL NAFLATQPAN VPRGQDDYTN F ISALRLMV ...文字列: QQAPDPAIRA ALQSQPSGLA SDDWEAAMQR IMALTTRNPE SFRQQPQANR LSAILEAVVP SRTNPTHEKV LAIVNALAEN KAIRPDEAG LVYNALLERV GRYNSTNVQS NLDRLVTDVR EAVAQRERFK NEGLGSLVAL NAFLATQPAN VPRGQDDYTN F ISALRLMV TEVPQSEVYQ SGPDYFFQTS RQGLQTVNLS QAFKNLRGLW GVQAPVGDRS TVSSLLTPNS RLLLLLIAPF TD SGSVNRN SYLGHLLTLY REAIGQAQVD EQTFQEITSV SRALGQNDTD SLRATLNFLL TNRQQKIPAQ YALSAEEERI LRY VQQSVG LFLMQEGATP SAALDMTARN MEPSMYAANR PFINKLMDYL HRAAAMNTDY FTNAILNPHW LP UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa |
-分子 #5: PIX
分子 | 名称: PIX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.800377 KDa |
配列 | 文字列: MNGTGGAFEG GLFSPYLTTR LPGWAGVRQN VMGSTVDGRP VLPANSSTMT YATVGNSSLD STAAAAAAAA AMTATRLASS YMPSSGSSP SVPSSIIAEE KLLALLAELE ALSRQLAALT QQVSELREQQ QQQNK UniProtKB: Hexon-interlacing protein |
-分子 #6: PVIII
分子 | 名称: PVIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.633643 KDa |
配列 | 文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRSH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY ...文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRSH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY LTLQSSSSEP RSGGIGTLQF VEEFVPSVYF NPFSGSPGLY PDEFIPNFDA VREAVDGYD UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII |
-分子 #7: PVI
分子 | 名称: PVI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.348683 KDa |
配列 | 文字列: DINFASLAPR HGTRPFMGTW NEIGTSQLNG G UniProtKB: Pre-protein VI |
-分子 #8: Unknown
分子 | 名称: Unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 869.063 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.1 / 詳細: 40 mM Tris, pH 8.1, 300 mM NaCl, 10 mM CaCl2 |
グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 詳細: 20mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
詳細 | Virus particles |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2000 / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 1.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-5tx1: |