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万見
- EMDB-8248: Subtomogram-averaged surface glycoprotein spike density of rubell... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8248
タイトルSubtomogram-averaged surface glycoprotein spike density of rubella virus
マップデータSub-tomogram averaged surface glycoprotein spike density of rubella virus
試料
  • 複合体: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
キーワードRubella virus / surface glycoprotein spike / E1-E2 heterodimer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella capsid domain superfamily / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rubella virus (風疹ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.1 Å
データ登録者Mangala Prasad V / Klose T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095366 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Assembly, maturation and three-dimensional helical structure of the teratogenic rubella virus.
著者: Vidya Mangala Prasad / Thomas Klose / Michael G Rossmann /
要旨: Viral infections during pregnancy are a significant cause of infant morbidity and mortality. Of these, rubella virus infection is a well-substantiated example that leads to miscarriages or severe ...Viral infections during pregnancy are a significant cause of infant morbidity and mortality. Of these, rubella virus infection is a well-substantiated example that leads to miscarriages or severe fetal defects. However, structural information about the rubella virus has been lacking due to the pleomorphic nature of the virions. Here we report a helical structure of rubella virions using cryo-electron tomography. Sub-tomogram averaging of the surface spikes established the relative positions of the viral glycoproteins, which differed from the earlier icosahedral models of the virus. Tomographic analyses of in vitro assembled nucleocapsids and virions provide a template for viral assembly. Comparisons of immature and mature virions show large rearrangements in the glycoproteins that may be essential for forming the infectious virions. These results present the first known example of a helical membrane-enveloped virus, while also providing a structural basis for its assembly and maturation pathway.
履歴
登録2016年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月13日-
マップ公開2017年5月10日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5khc
  • 表面レベル: 3.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 605.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram averaged surface glycoprotein spike density of rubella virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.64 Å/pix.
x 44 pix.
= 116.16 Å		2.64 Å/pix.
x 80 pix.
= 211.2 Å		2.64 Å/pix.
x 44 pix.
= 116.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.15 / ムービー #1: 3.15
最小 - 最大-6.344344 - 13.240289000000001
平均 (標準偏差)0.00000000166492 (±2.0180662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ804444
Spacing448044
セルA: 116.16 Å / B: 211.20001 Å / C: 116.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.642.642.64
M x/y/z448044
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z116.160211.200116.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448044
D min/max/mean-6.34413.2400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike

全体名称: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike
要素
  • 複合体: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein

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超分子 #1: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike

超分子名称: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 85 KDa

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分子 #1: E1 glycoprotein

分子名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rubella virus (風疹ウイルス)
分子量理論値: 50.573352 KDa
組換発現生物種: Cercopithecus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: EEAFTYLCTA PGCATQTPVP VRLAGVRFES KIVDGGCFAP WDLEATGACI CEIPTDVSCE GLGAWVPTAP CARIWNGTQR ACTFWAVNA YSSGGYAQLA SYFNPGGSYY KQYHPTACEV EPAFGHSDAA CWGFPTDTVM SVFALASYVQ HPHKTVRVKF H TETRTVWQ ...文字列:
EEAFTYLCTA PGCATQTPVP VRLAGVRFES KIVDGGCFAP WDLEATGACI CEIPTDVSCE GLGAWVPTAP CARIWNGTQR ACTFWAVNA YSSGGYAQLA SYFNPGGSYY KQYHPTACEV EPAFGHSDAA CWGFPTDTVM SVFALASYVQ HPHKTVRVKF H TETRTVWQ LSVAGVSCNV TTEHPFCNTP HGQLEVQVPP DPGDLVEYIM NYTGNQQSRW GLGSPNCHGP DWASPVCQRH SP DCSRLVG ATPERPRLRL VDADDPLLRT APGPGEVWVT PVIGSQARKC GLHIRAGPYG HATVEMPEWI HAHTTSDPWH PPG PLGLKF KTVRPVALPR ALAPPRNVRV TGCYQCGTPA LVEGLAPGGG NCHLTVNGED VGAFPPGKFV TAALLNTPPP YQVS CGGES DRASARVIDP AAQSFTGVVY GTHTTAVSET RFEDDDDKAG WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK

UniProtKB: Structural polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.02 MC4H11NO3Tris
0.12 MNaClsodium chloride
0.001 MC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Rubella virus was purified from Vero cells. Glycoprotein spike volumes were extracted from the surface of virus tomograms.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 90.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 11000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0) / 使用したサブトモグラム数: 7290
抽出トモグラム数: 15 / 使用した粒子像数: 7500 / 手法: manual picking / ソフトウェア - 名称: IMOD/PEET (ver. 4.8.40/1.11.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4adg


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-421 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: sumf
得られたモデル

PDB-5khc:
Structure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into sub-tomogram averaged surface spike density of rubella virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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