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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8145 | |||||||||
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タイトル | Faustovirus inner capsid shell | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus / inner shell / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
生物種 | Faustovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Klose T / Rossmann MG | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Structure of faustovirus, a large dsDNA virus. 著者: Thomas Klose / Dorine G Reteno / Samia Benamar / Adam Hollerbach / Philippe Colson / Bernard La Scola / Michael G Rossmann / 要旨: Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that ...Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that has been found to use two protein shells to encapsidate and protect its genome. The crystal structure of the major capsid protein, in combination with cryo-electron microscopy structures of two different maturation stages of the virus, shows that the outer virus shell is composed of a double jelly-roll protein that can be found in many double-stranded DNA viruses. The structure of the repeating hexameric unit of the inner shell is different from all other known capsid proteins. In addition to the unique architecture, the region of the genome that encodes the major capsid protein stretches over 17,000 bp and contains a large number of introns and exons. This complexity might help the virus to rapidly adapt to new environments or hosts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8145.map.gz | 61.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8145-v30.xml emd-8145.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8145_fsc.xml | 14.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8145.png | 275.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8145 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8145_validation.pdf.gz | 717.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8145_full_validation.pdf.gz | 716.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8145_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8145_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8145 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Faustovirus
全体 | 名称: Faustovirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Faustovirus
超分子 | 名称: Faustovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Virus was isolated from Vermamoeba vermiformis and the inner shell was purified using density centrifugation. NCBI-ID: 1477405 / 生物種: Faustovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Vermamoeba vermiformis (真核生物) / 株: CDC 19 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: inner capsid shell / 直径: 1900.0 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |