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万見
- EMDB-7858: Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC6... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7858
タイトルEctodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab
マップデータEctodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab
試料
  • 複合体: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex with PGT151 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / Glycoprotein / Env / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / apoptotic process / host cell plasma membrane ...immunoglobulin complex / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Ig-like domain-containing protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Berndsens ZB / Rantalainen KR / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)UM1 AI100663 米国
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Co-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design.
著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / ...著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / James C Paulson / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at serial time points during infection provide a basis for understanding the co-evolutionary contest between HIV and the humoral immune system. Here, we describe the structural characterization of an apex-targeting antibody lineage and autologous clade A viral Env from a donor in the Protocol C cohort. Comparison of Ab-Env complexes at early and late time points reveals that, within the antibody lineage, the CDRH3 loop rigidifies, the bnAb angle of approach steepens, and surface charges are mutated to accommodate glycan changes. Additionally, we observed differences in site-specific glycosylation between soluble and full-length Env constructs, which may be important for tuning optimal immunogenicity in soluble Env trimers. These studies therefore provide important guideposts for design of immunogens that prime and mature nAb responses to the Env V2-apex.
履歴
登録2018年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月27日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6dcq
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6dcq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7858.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0583 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.14663479 - 0.30068433
平均 (標準偏差)-0.00029263593 (±0.008385066)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.600329.600329.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1470.301-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7858_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein...

ファイルemd_7858_half_map_1.map
注釈Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein...

ファイルemd_7858_half_map_2.map
注釈Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex wit...

全体名称: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex with PGT151 Fab
要素
  • 複合体: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex with PGT151 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex wit...

超分子名称: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex with PGT151 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Full length HIV-1 Envelope glycoprotein clone C043 collected 18 months post infection from donor 64 of Protocol C cohort study. Expressed as recombinant protein in HEK293F cell line.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 389 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.392359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SAANNLWVTV YYGVPVWRDA ETTLFCASDA KAYDTEVHNV WATHACVPTD PSPQEIHLAN VTEKFDMWKN SMVEQMHTDI ISLWDESLK PCVKLTPLCI TLNCTNITRN VTGGNLTEEG KEELKNCSFN ATTELRDKIQ KVHSLFYRLD LVELNEGNSS D SNTSMYRL ...文字列:
SAANNLWVTV YYGVPVWRDA ETTLFCASDA KAYDTEVHNV WATHACVPTD PSPQEIHLAN VTEKFDMWKN SMVEQMHTDI ISLWDESLK PCVKLTPLCI TLNCTNITRN VTGGNLTEEG KEELKNCSFN ATTELRDKIQ KVHSLFYRLD LVELNEGNSS D SNTSMYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCREKEF NGTGPCKKVS TVQCTHGIKP VVSTQLLLNG SL AEGKVKI RCENISNNAK TILVQLTTPV RINCTRPSNN TRTSIRIGPG QSFYATGDII GDIRKAYCNV SESEWKEALG KVV EQLRNH FNKTITFASS SGGDLEITTH SFNCGGEFFY CNTSSLFNST WDGNSATNST QVPNGTITLP CRIKQIINMW QRTG QAMYA PPIPGKIRCD SNITGLILIR DGGNNNNESE TFRPGGGDMR NNWRSELYKY KVVKIDPLGV APTGAKRRVV EREKR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 40.020207 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVGIGAVLFG FLGAAGSTMG AASLTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAIEA QQHLLRLTVW GIKQLQARVL AVERYLSDQQ LLGIWGCSG KLICTTNVPW NSSWSNKSQD EIWNNMTWLQ WDKEISNYTD TIYYLIEKSQ NQQEVNEKDL LALDKWTNLW N WFGISNWL ...文字列:
AVGIGAVLFG FLGAAGSTMG AASLTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAIEA QQHLLRLTVW GIKQLQARVL AVERYLSDQQ LLGIWGCSG KLICTTNVPW NSSWSNKSQD EIWNNMTWLQ WDKEISNYTD TIYYLIEKSQ NQQEVNEKDL LALDKWTNLW N WFGISNWL WYIRIFIMIV GGLIGLRIIF AVLSVINRVR QGYSPVSFQT LTPNPRELDR PGGIEEGDGE LGKTRSIRLV GG FLALFWD DLRSLCLFSY HRLRDFILIA ARILELLGHN SLKGLRLGWE GLKYLGNLLL YWGRELKNSA VNLVDTIAIV VAG WTDRVI EVLQGIGRAF LHIPRRIRQG FERALL

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.087438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF ...文字列:
RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DK

UniProtKB: IgG H chain

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分子 #4: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.057809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

UniProtKB: Ig-like domain-containing protein

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分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HclTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
150.0 mMNaClsodium chloride
0.1 %DDMn-Dodecyl-beta-Maltoside
0.03 %DeoxycholateSodium deoxycholate monohydrate

詳細: Detergent removed with Biobeads prior to grid freezing
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 0 Blot time 5 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4039 / 平均電子線量: 1.885 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3309

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - バージョン: Relion / 使用した粒子像数: 236179
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - バージョン: Relion
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - バージョン: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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