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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7792 | |||||||||
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タイトル | Influenza hemagglutinin trimer plunged with a spot-to-plunge time of 100 ms | |||||||||
![]() | CryoSPARC auto-generated full map from the last refinement iteration. | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å | |||||||||
![]() | Noble AJ / Wei H / Dandey VP / Zhang Z / Potter CS / Carragher B | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Reducing effects of particle adsorption to the air-water interface in cryo-EM. 著者: Alex J Noble / Hui Wei / Venkata P Dandey / Zhening Zhang / Yong Zi Tan / Clinton S Potter / Bridget Carragher / ![]() 要旨: Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt ...Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt preferred orientations. By using a rapid plunge-freezing robot and nanowire grids, we were able to reduce some of the deleterious effects of the air-water interface by decreasing the dwell time of particles in thin liquid films. We demonstrated this by using single-particle cryo-EM and cryo-electron tomography (cryo-ET) to examine hemagglutinin, insulin receptor complex, and apoferritin. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7623C ![]() 7624C ![]() 7625C ![]() 7627C ![]() 7628C ![]() 7629C ![]() 7630C ![]() 7788C ![]() 7791C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 288.3 Data #1: Full Leginon data collection, including all magnification images and aligned micrographs with and without dose weighting [micrographs - single frame]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoSPARC auto-generated full map from the last refinement iteration. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8549 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoSPARC auto-generated half map from the last refinement iteration.
ファイル | emd_7792_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoSPARC auto-generated half map from the last refinement iteration. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoSPARC auto-generated mask from the last refinement iteration.
ファイル | emd_7792_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoSPARC auto-generated mask from the last refinement iteration. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Influenza hemagglutinin trimer
全体 | 名称: Influenza hemagglutinin trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza hemagglutinin trimer
超分子 | 名称: Influenza hemagglutinin trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: A/Hong Kong/1/1968 (H3N2), obtained commercially from MyBioSource, catalog MBS434205 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 実験値: 150 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Homemade |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER 詳細: 100 ms spot-to-plunge time. The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM CPC', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', ...詳細: 100 ms spot-to-plunge time. The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM CPC', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK II', 'HOMEMADE PLUNGER', 'REICHERT-JUNG PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK I', 'LEICA KF80', 'FEI VITROBOT MARK III', 'LEICA EM GP', 'OTHER', 'FEI VITROBOT MARK IV']) so OTHER is written into the XML file. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: Corrected so that Cs is as close to 0 as possible. エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 73.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |