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万見
- EMDB-7564: Mouse norovirus model using the crystal structure of MNV P domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7564
タイトルMouse norovirus model using the crystal structure of MNV P domain and the Norwalkvirus shell domain
マップデータmouse norovirus (MNV-1) in PBS, pH 7.2
試料mouse norovirus model != Murine norovirus 1

mouse norovirus model

  • ウイルス: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
    • タンパク質・ペプチド: Norwalk virus, MNV-1 capsid protein chimera
キーワードnorovirus / mouse / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / virus-mediated perturbation of host defense response / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Smith TJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: High-resolution cryo-electron microscopy structures of murine norovirus 1 and rabbit hemorrhagic disease virus reveal marked flexibility in the receptor binding domains.
著者: Umesh Katpally / Neil R Voss / Tommaso Cavazza / Stefan Taube / John R Rubin / Vivienne L Young / Jeanne Stuckey / Vernon K Ward / Herbert W Virgin / Christiane E Wobus / Thomas J Smith /
要旨: Our previous structural studies on intact, infectious murine norovirus 1 (MNV-1) virions demonstrated that the receptor binding protruding (P) domains are lifted off the inner shell of the virus. ...Our previous structural studies on intact, infectious murine norovirus 1 (MNV-1) virions demonstrated that the receptor binding protruding (P) domains are lifted off the inner shell of the virus. Here, the three-dimensional (3D) reconstructions of recombinant rabbit hemorrhagic disease virus (rRHDV) virus-like particles (VLPs) and intact MNV-1 were determined to approximately 8-A resolution. rRHDV also has a raised P domain, and therefore, this conformation is independent of infectivity and genus. The atomic structure of the MNV-1 P domain was used to interpret the MNV-1 reconstruction. Connections between the P and shell domains and between the floating P domains were modeled. This observed P-domain flexibility likely facilitates virus-host receptor interactions.
履歴
登録2018年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月4日-
マップ公開2018年4月4日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6crj
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6crj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7564.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mouse norovirus (MNV-1) in PBS, pH 7.2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.56 Å/pix.
x 384 pix.
= 599.002 Å		1.56 Å/pix.
x 384 pix.
= 599.002 Å		1.56 Å/pix.
x 384 pix.
= 599.002 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5599 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 2.5 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-11.953576 - 14.875709000000001
平均 (標準偏差)-0.000013676187 (±0.9340035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-191
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 599.0016 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.55990104166671.55990104166671.5599010416667
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z599.002599.002599.002
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-191
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-11.95414.876-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse norovirus model

全体名称: mouse norovirus model
要素
  • ウイルス: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
    • タンパク質・ペプチド: Norwalk virus, MNV-1 capsid protein chimera

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超分子 #1: Murine norovirus 1

超分子名称: Murine norovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: chimera of Norwalk virus shell domain and MNV P domain
NCBI-ID: 223997 / 生物種: Murine norovirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Mus (ネズミ)

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分子 #1: Norwalk virus, MNV-1 capsid protein chimera

分子名称: Norwalk virus, MNV-1 capsid protein chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
分子量理論値: 57.127523 KDa
組換発現生物種: Mus abbotti (ネズミ)
配列文字列: SSVDGASGAG QLVPEVNASD PLAMDPVAGS STAVATAGQV NPIDPWIINN FVQAPQGEFT ISPNNTPGDV LFDLSLGPHL NPFLLHLSQ MYNGWVGNMR VRIMLAGNAF TAGKIIVSCI PPGFGSHNLT IAQATLFPHV IADVRTLDPI EVPLEDVRNV L FHNNDRNQ ...文字列:
SSVDGASGAG QLVPEVNASD PLAMDPVAGS STAVATAGQV NPIDPWIINN FVQAPQGEFT ISPNNTPGDV LFDLSLGPHL NPFLLHLSQ MYNGWVGNMR VRIMLAGNAF TAGKIIVSCI PPGFGSHNLT IAQATLFPHV IADVRTLDPI EVPLEDVRNV L FHNNDRNQ QTMRLVCMLY TPLRTGGGTG DSFVVAGRVM TCPSPDFNFL FLVPAAAAAA RMVDLPVIQP RLCTHARWPA PV YGLLVDP SLPSNPQWQN GRVHVDGTLL GTTPISGSWV SCFAAEAAYE FQSGTGEVAT FTLIEQDGSA YVPGDRAAPL GYP DFSGQL EIEVQTETTK TGDKLKVTTF EMILGPTTNA DQAPYQGRVF ASVTAAASLD LVDGRVRAVP RSIYGFQDTI PEYN DGLLV PLAPPIGPFL PGEVLLRFRT YMRQIDTADA AAEAIDCALP QEFVSWFASN AFTVQSEALL LRYRNTLTGQ LLFEC KLYN EGYIALSYSG SGPLTFPTDG IFEVVSWVPR LYQLASVGSL ATGRMLK

UniProtKB: Capsid protein VP1, Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20425
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6crj:
Mouse norovirus model using the crystal structure of MNV P domain and the Norwalkvirus shell domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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