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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7362 | |||||||||||||||
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タイトル | Single Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 010) | |||||||||||||||
![]() | Single Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 010) | |||||||||||||||
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生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 13.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Lei D / Liu J / Liu H / Lei M / Ren G | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Single-Molecule 3D Images of "Hole-Hole" IgG1 Homodimers by Individual-Particle Electron Tomography. 著者: Dongsheng Lei / Jianfang Liu / Hongbin Liu / Thomas E Cleveland / John P Marino / Ming Lei / Gang Ren / ![]() 要旨: The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more ...The engineering of immunoglobulin-G molecules (IgGs) is of wide interest for improving therapeutics, for example by modulating the activity or multiplexing the specificity of IgGs to recognize more than one antigen. Optimization of engineered IgG requires knowledge of three-dimensional (3D) structure of synthetic IgG. However, due to flexible nature of the molecules, their structural characterization is challenging. Here, we use our reported individual-particle electron tomography (IPET) method with optimized negative-staining (OpNS) for direct 3D reconstruction of individual IgG hole-hole homodimer molecules. The hole-hole homodimer is an undesired variant generated during the production of a bispecific antibody using the knob-into-hole heterodimer technology. A total of 64 IPET 3D density maps at ~15 Å resolutions were reconstructed from 64 individual molecules, revealing 64 unique conformations. In addition to the known Y-shaped conformation, we also observed an unusual X-shaped conformation. The 3D structure of the X-shaped conformation contributes to our understanding of the structural details of the interaction between two heavy chains in the Fc domain. The IPET approach, as an orthogonal technique to characterize the 3D structure of therapeutic antibodies, provides insight into the 3D structural variety and dynamics of heterogeneous IgG molecules. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 13.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7353C ![]() 7354C ![]() 7355C ![]() 7356C ![]() 7357C ![]() 7358C ![]() 7359C ![]() 7360C ![]() 7361C ![]() 7363C ![]() 7364C ![]() 7365C ![]() 7366C ![]() 7367C ![]() 7368C ![]() 7369C ![]() 7370C ![]() 7371C ![]() 7372C ![]() 7373C ![]() 7374C ![]() 7375C ![]() 7376C ![]() 7377C ![]() 7378C ![]() 7379C ![]() 7380C ![]() 7381C ![]() 7382C ![]() 7383C ![]() 7384C ![]() 7385C ![]() 7386C ![]() 7387C ![]() 7388C ![]() 7389C ![]() 7390C ![]() 7391C ![]() 7392C ![]() 7393C ![]() 7394C ![]() 7395C ![]() 7396C ![]() 7397C ![]() 7398C ![]() 7399C ![]() 7400C ![]() 7401C ![]() 7402C ![]() 7404C ![]() 7405C ![]() 7406C ![]() 7407C ![]() 7408C ![]() 7409C ![]() 7410C ![]() 7411C ![]() 7412C ![]() 7413C ![]() 7414C ![]() 7415C ![]() 7416C ![]() 7417C ![]() 7418C ![]() 7419C ![]() 7420C ![]() 7421C ![]() 7422C ![]() 7423C ![]() 7424C ![]() 7425C ![]() 7426C ![]() 7427C ![]() 7428C ![]() 7429C ![]() 7430C ![]() 7431C ![]() 7432C ![]() 7433C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 010) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : IgG1 hole-hole homodimer
全体 | 名称: IgG1 hole-hole homodimer |
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要素 |
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-超分子 #1: IgG1 hole-hole homodimer
超分子 | 名称: IgG1 hole-hole homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS) |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: The grid was stained with 1% (w/v) uranyl formate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | ZEISS LIBRA120PLUS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 70.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率(公称値): 80000 |