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- PDB-4wwu: Structure of Mex67:Mtr2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wwu
タイトルStructure of Mex67:Mtr2
要素
  • mRNA export factor MEX67
  • mRNA transport regulator MTR2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / mRNA nuclear export factor
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus ...nuclear RNA export factor complex / nuclear pore central transport channel / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / nuclear pore / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / tRNA binding / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor ...Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Nuclear pore RNA shuttling protein Mtr2 / Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Alpha-Beta Horseshoe / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA transport regulator MTR2 / mRNA export factor MEX67
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Aibara, S. / Valkov, E. / Stewart, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Domain organization within the nuclear export factor Mex67:Mtr2 generates an extended mRNA binding surface.
著者: Aibara, S. / Valkov, E. / Lamers, M. / Stewart, M.
履歴
登録2014年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA export factor MEX67
B: mRNA export factor MEX67
C: mRNA transport regulator MTR2
D: mRNA export factor MEX67
E: mRNA export factor MEX67
F: mRNA transport regulator MTR2
G: mRNA export factor MEX67
H: mRNA export factor MEX67
I: mRNA transport regulator MTR2
J: mRNA export factor MEX67
K: mRNA export factor MEX67
L: mRNA transport regulator MTR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)526,42324
ポリマ－525,63812
非ポリマー78512
水00
1
A: mRNA export factor MEX67
B: mRNA export factor MEX67
C: mRNA transport regulator MTR2
J: mRNA export factor MEX67
K: mRNA export factor MEX67
L: mRNA transport regulator MTR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,27713
ポリマ－262,8196
非ポリマー4587
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: mRNA export factor MEX67
E: mRNA export factor MEX67
F: mRNA transport regulator MTR2
G: mRNA export factor MEX67
H: mRNA export factor MEX67
I: mRNA transport regulator MTR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,14611
ポリマ－262,8196
非ポリマー3275
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.610, 76.720, 199.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
mRNA export factor MEX67


分子量: 55303.551 Da / 分子数: 8 / 断片: RRM domain, UNP residues 1-487 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MEX67, YPL169C, P2520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99257
#2: タンパク質
mRNA transport regulator MTR2


分子量: 20802.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MTR2, YKL186C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34232
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: See publication for details. Precipitant was 10 % PEG 8000, 0.01 M zinc acetate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49.7 Å / Num. obs: 44836 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 5.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.301→49.653 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 1990 4.97 %
Rwork0.2283 --
obs0.2311 40011 86.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.301→49.653 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18785 0 12 0 18797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00419162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81325948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0567113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3007-3.38320.4103560.3085941X-RAY DIFFRACTION30
3.3832-3.47460.3564970.31341715X-RAY DIFFRACTION55
3.4746-3.57690.35471470.30022271X-RAY DIFFRACTION75
3.5769-3.69230.34051560.28192828X-RAY DIFFRACTION91
3.6923-3.82420.30261820.27063048X-RAY DIFFRACTION98
3.8242-3.97720.32311330.25833050X-RAY DIFFRACTION98
3.9772-4.15820.32111430.25153053X-RAY DIFFRACTION98
4.1582-4.37730.28141470.22383064X-RAY DIFFRACTION97
4.3773-4.65130.24911470.19572797X-RAY DIFFRACTION90
4.6513-5.01020.22461500.18822994X-RAY DIFFRACTION96
5.0102-5.51380.2711400.20273141X-RAY DIFFRACTION99
5.5138-6.31020.30321720.2173083X-RAY DIFFRACTION99
6.3102-7.9450.23991700.20963062X-RAY DIFFRACTION97
7.945-49.65880.21721500.17542974X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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