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万見
- EMDB-7332: Staphylococcus aureus phage 80alpha mature capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7332
タイトルStaphylococcus aureus phage 80alpha mature capsid
マップデータStaphylococcus aureus phage 80alpha mature capsid. Clipped and sharpened map used for model building and refinement. Sharpened using bsoft by applying B factor of -800 up to 8 Angstrom resolution (map set to zero at higher than 4 Angstrom).
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major head protein
キーワードmajor capsid protein / HK97-like fold / mature capsid / VIRUS
機能・相同性: / Phage capsid / Phage capsid family / viral capsid / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス) / Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Dokland T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI083255 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2017
タイトル: Cleavage and Structural Transitions during Maturation of Staphylococcus aureus Bacteriophage 80α and SaPI1 Capsids.
著者: James L Kizziah / Keith A Manning / Altaira D Dearborn / Erin A Wall / Laura Klenow / Rosanne L L Hill / Michael S Spilman / Scott M Stagg / Gail E Christie / Terje Dokland /
要旨: In the tailed bacteriophages, DNA is packaged into spherical procapsids, leading to expansion into angular, thin-walled mature capsids. In many cases, this maturation is accompanied by cleavage of ...In the tailed bacteriophages, DNA is packaged into spherical procapsids, leading to expansion into angular, thin-walled mature capsids. In many cases, this maturation is accompanied by cleavage of the major capsid protein (CP) and other capsid-associated proteins, including the scaffolding protein (SP) that serves as a chaperone for the assembly process. bacteriophage 80α is capable of high frequency mobilization of mobile genetic elements called pathogenicity islands (SaPIs), such as SaPI1. SaPI1 redirects the assembly pathway of 80α to form capsids that are smaller than those normally made by the phage alone. Both CP and SP of 80α are N-terminally processed by a host-encoded protease, Prp. We have analyzed phage mutants that express pre-cleaved or uncleavable versions of CP or SP, and show that the N-terminal sequence in SP is absolutely required for assembly, but does not need to be cleaved in order to produce viable capsids. Mutants with pre-cleaved or uncleavable CP display normal viability. We have used cryo-EM to solve the structures of mature capsids from an 80α mutant expressing uncleavable CP, and from wildtype SaPI1. Comparisons with structures of 80α and SaPI1 procapsids show that capsid maturation involves major conformational changes in CP, consistent with a release of the CP N-arm by SP. The hexamers reorganize during maturation to accommodate the different environments in the 80α and SaPI1 capsids.
履歴
登録2018年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月17日-
マップ公開2018年1月17日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6c21
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6c21
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Staphylococcus aureus phage 80alpha mature capsid. Clipped and sharpened map used for model building and refinement. Sharpened using bsoft by applying B factor of -800 up to 8 Angstrom resolution (map set to zero at higher than 4 Angstrom).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 480 pix.
= 720. Å		1.5 Å/pix.
x 480 pix.
= 720. Å		1.5 Å/pix.
x 480 pix.
= 720. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.07668597 - 0.1115104
平均 (標準偏差)0.0001184486 (±0.0058321073)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 720.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z720.000720.000720.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0770.1120.000

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添付データ

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追加マップ: Staphylococcus aureus phage 80alpha mature capsid. Unclipped and...

ファイルemd_7332_additional.map
注釈Staphylococcus aureus phage 80alpha mature capsid. Unclipped and unsharpened version of map used for model building and refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage 80alpha

全体名称: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major head protein

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超分子 #1: Staphylococcus phage 80alpha

超分子名称: Staphylococcus phage 80alpha / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 53369 / 生物種: Staphylococcus phage 80alpha / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.46 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 630.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Major head protein

分子名称: Major head protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
分子量理論値: 36.846883 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MEQTQKLKLN LQHFASNNVK PQVFNPDNVM MHEKKDGTLM NEFTTPILQE VMENSKIMQL GKYEPMEGTE KKFTFWADKP GAYWVGEGQ KIETSKATWV NATMRAFKLG VILPVTKEFL NYTYSQFFEE MKPMIAEAFY KKFDEAGILN QGNNPFGKSI A QSIEKTNK ...文字列:
MEQTQKLKLN LQHFASNNVK PQVFNPDNVM MHEKKDGTLM NEFTTPILQE VMENSKIMQL GKYEPMEGTE KKFTFWADKP GAYWVGEGQ KIETSKATWV NATMRAFKLG VILPVTKEFL NYTYSQFFEE MKPMIAEAFY KKFDEAGILN QGNNPFGKSI A QSIEKTNK VIKGDFTQDN IIDLEALLED DELEANAFIS KTQNRSLLRK IVDPETKERI YDRNSDSLDG LPVVNLKSSN LK RGELITG DFDKLIYGIP QLIEYKIDET AQLSTVKNED GTPVNLFEQD MVALRATMHV ALHIADDKAF AKLVPADKRT DSV PGEV

UniProtKB: Major capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 96000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 17946
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr (ver. 2016-5-4) / 使用した粒子像数: 11843
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: jspr (ver. 2016-5-4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr (ver. 2016-5-4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6c21:
Capsid protein in the Staphylococcus aureus phage 80alpha mature capsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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