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万見
- EMDB-7327: Structure of a membrane protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7327
タイトルStructure of a membrane protein complex
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: Complex of membrane proteins
    • タンパク質・ペプチド: Protocadherin-15
キーワードPCDH15 / LHFPL5 / protocadherin / tip link / hair cell / TMHS / hearing / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium bundle / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium / photoreceptor cell maintenance ...detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium bundle / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / non-motile cilium assembly / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior / homophilic cell-cell adhesion / startle response / inner ear development / actin filament bundle assembly / photoreceptor outer segment / visual perception / cell adhesion molecule binding / morphogenesis of an epithelium / actin filament organization / locomotory behavior / sensory perception of sound / response to calcium ion / multicellular organism growth / cell adhesion / calcium ion binding / synapse / : / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PCDH15-like domain / Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain ...: / PCDH15-like domain / Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.33 Å
データ登録者Gouaux E / Ge J
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structure of mouse protocadherin 15 of the stereocilia tip link in complex with LHFPL5.
著者: Jingpeng Ge / Johannes Elferich / April Goehring / Huaying Zhao / Peter Schuck / Eric Gouaux /
要旨: Hearing and balance involve the transduction of mechanical stimuli into electrical signals by deflection of bundles of stereocilia linked together by protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 'tip ...Hearing and balance involve the transduction of mechanical stimuli into electrical signals by deflection of bundles of stereocilia linked together by protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 'tip links'. PCDH15 transduces tip link tension into opening of a mechano-electrical transduction (MET) ion channel. PCDH15 also interacts with LHFPL5, a candidate subunit of the MET channel. Here we illuminate the PCDH15-LHFPL5 structure, showing how the complex is composed of PCDH15 and LHFPL5 subunit pairs related by a 2-fold axis. The extracellular cadherin domains define a mobile tether coupled to a rigid, 2-fold symmetric 'collar' proximal to the membrane bilayer. LHFPL5 forms extensive interactions with the PCDH15 transmembrane helices and stabilizes the overall PCDH15-LHFPL5 assembly. Our studies illuminate the architecture of the PCDH15-LHFPL5 complex, localize mutations associated with deafness, and shed new light on how forces in the PCDH15 tether may be transduced into the stereocilia membrane.
履歴
登録2018年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2018年8月15日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6c13
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6c13
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7327.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.72 Å/pix.
x 280 pix.
= 481.6 Å		1.72 Å/pix.
x 280 pix.
= 481.6 Å		1.72 Å/pix.
x 280 pix.
= 481.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.027673589 - 0.15490283
平均 (標準偏差)0.000094513045 (±0.0041813934)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 481.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.721.721.72
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z481.600481.600481.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-163-114-126
NX/NY/NZ210124170
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0280.1550.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of membrane proteins

全体名称: Complex of membrane proteins
要素
  • 複合体: Complex of membrane proteins
    • タンパク質・ペプチド: Protocadherin-15

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超分子 #1: Complex of membrane proteins

超分子名称: Complex of membrane proteins / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Protocadherin-15

分子名称: Protocadherin-15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 72.989023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QYDDSPVFTN STYTVVVEEN LPAGTSFLQI EAKDVDLGAN VSYRIRSPEV KHLFALHPFT GELSLLRSLD YEAFPDQEAS ITFLAEAFD IYGTMPPGIA TVTVIVKDMN DYPPVFSKRI YKGMVAPDAV KGTPITTVYA EDADPPGMPA SRVRYRVDDV Q FPYPASIF ...文字列:
QYDDSPVFTN STYTVVVEEN LPAGTSFLQI EAKDVDLGAN VSYRIRSPEV KHLFALHPFT GELSLLRSLD YEAFPDQEAS ITFLAEAFD IYGTMPPGIA TVTVIVKDMN DYPPVFSKRI YKGMVAPDAV KGTPITTVYA EDADPPGMPA SRVRYRVDDV Q FPYPASIF DVEEDSGRVV TRVNLNEEPT TIFKLVVVAF DDGEPVMSSS ATVRILVLHP GEIPRFTQEE YRPPPVSELA AR GTVVGVI SAAAINQSIV YSIVAGNEED KFGINNVTGV IYVNSPLDYE TRTSYVLRVQ ADSLEVVLAN LRVPSKSNTA KVY IEIQDE NDHPPVFQKK FYIGGVSEDA RMFASVLRVK ATDRDTGNYS AMAYRLIIPP IKEGKEGFVV ETYTGLIKTA MLFH NMRRS YFKFQVIATD DYGKGLSGKA DVLVSVVNQL DMQVIVSNVP PTLVEKKIED LTEILDRYVQ EQIPGAKVVV ESIGA RRHG DAYSLEDYSK CDLTVYAIDP QTNRAIDRNE LFKFLDGKLL DINKDFQPYY GEGGRILEIR TPEAVTSIKK RGESLG YTE GALLALAFII ILCCIPAILV VLVSYRQFKV RQAECTKTAR IQSAMPAAKP AAPVPAAPAP PPPPPPPPPG AHLYEEL GE SAMHKYETAL FESRLVPR

UniProtKB: Protocadherin-15

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
0.075 %digitonine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 285 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b2) / 使用した粒子像数: 16733
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6c13:
CryoEM structure of mouse PCDH15-4EC-LHFPL5 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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