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- EMDB-71718: Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71718
タイトルLocally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905)
マップデータLocal refinement sharpened map of Alpha2a adrenergic receptor in complex with compound 4905
試料
  • 複合体: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor
  • リガンド: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine
キーワードReceptor / Drug / Complex / GPCR / G-protein / scFv16 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion ...negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion / heterotrimeric G-protein binding / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Surfactant metabolism / positive regulation of potassium ion transport / dopaminergic synapse / thermoception / fear response / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / norepinephrine binding / Adrenoceptors / intestinal absorption / response to alcohol / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to morphine / positive regulation of wound healing / adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion transport / regulation of vasoconstriction / negative regulation of lipid catabolic process / Rho protein signal transduction / cellular response to hormone stimulus / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / presynaptic active zone membrane / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cytokine production / female pregnancy / negative regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / postsynaptic density membrane / GABA-ergic synapse / platelet activation / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / glucose homeostasis / actin cytoskeleton organization / G alpha (i) signalling events / basolateral plasma membrane / Ras protein signal transduction / DNA replication / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2A adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Srinivasan K / Xu X / Mailhot O / Manglik A / Shoichet B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toward a Random Background for Ligand Optimization
著者: Xu X / Mailhot O / Correy G / Huang XP / Braz J / Shi D / Srinivasan K / Holota Y / Kuziv Y / Tsoutsouvas C / Levinzon N / Doruk YU / Rachman M / Diolaiti M / Stevens M / Liu F / Hubner H / ...著者: Xu X / Mailhot O / Correy G / Huang XP / Braz J / Shi D / Srinivasan K / Holota Y / Kuziv Y / Tsoutsouvas C / Levinzon N / Doruk YU / Rachman M / Diolaiti M / Stevens M / Liu F / Hubner H / Wang J / Wu Y / Ashworth A / Makriyannis A / Zhang Y / Moroz Y / Gmeiner P / Abel R / Manglik A / Basbaum A / Roth B / Fraser J / Shoichet B
履歴
登録2025年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71718.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement sharpened map of Alpha2a adrenergic receptor in complex with compound 4905
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.804 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.804 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.804 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8189 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.745
最小 - 最大-5.7650247 - 10.263495000000001
平均 (標準偏差)0.00016280572 (±0.07054063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 294.804 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71718_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local refinement unsharpened map of Alpha2a adrenergic receptor...

ファイルemd_71718_additional_1.map
注釈Local refinement unsharpened map of Alpha2a adrenergic receptor in complex with compound 4905
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A of Alpha2a adrenergic receptor in...

ファイルemd_71718_half_map_1.map
注釈Half Map A of Alpha2a adrenergic receptor in complex with compound 4905
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B of Alpha2a adrenergic receptor in...

ファイルemd_71718_half_map_2.map
注釈Half Map B of Alpha2a adrenergic receptor in complex with compound 4905
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv...

全体名称: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
要素
  • 複合体: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor
  • リガンド: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine

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超分子 #1: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv...

超分子名称: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Alpha-2A adrenergic receptor

分子名称: Alpha-2A adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.643855 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDASIDFRQ EQPLAEGSFA PMGSLQPDAG NASWNGTEAP GGGARATPYS LQVTLTLVCL AGLLMLLTV FGNVLVIIAV FTSRALKAPQ NLFLVSLASA DILVATLVIP FSLANEVMGY WYFGKAWCEI YLALDVLFCT S SIVHLCAI ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDASIDFRQ EQPLAEGSFA PMGSLQPDAG NASWNGTEAP GGGARATPYS LQVTLTLVCL AGLLMLLTV FGNVLVIIAV FTSRALKAPQ NLFLVSLASA DILVATLVIP FSLANEVMGY WYFGKAWCEI YLALDVLFCT S SIVHLCAI SLDRYWSITQ AIEYNLKRTP RRIKAIIITV WVISAVISFP PLISIEKKGG GGGPQPAEPR CEINDQKWYV IS SCIGSFF APCLIMILVY VRIYQIAKRR TRVPPSRRGP DAVAAPPGGT ERRPNGLGPE RSAGPGGAEA EPLPTQLNGA PGE PAPAGP RDTDALDLEE SSSSDHAERP PGPRRPERGP RGKGKARASQ VKPGDSLPRR GPGATGIGTP AAGPGEERVG AAKA SRWRG RQNREKRFTF VLAVVIGVFV VCWFPFFFTY TLTAVGCSVP RTLFKFFFWF GYCNSSLNPV IYTIFNHDFR RAFKK ILCR GDRKRIV

UniProtKB: Alpha-2A adrenergic receptor

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分子 #2: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine

分子名称: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1CIU
分子量理論値: 234.296 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMNaClSodium chloride
0.0075 % w/vC47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.0025 % w/vC56H92O25Glyco-diosgenin
0.001 % w/vC31H50O4Cholesteryl hemisuccinate
0.01 mMC16H14N2N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine

詳細: CHS was solubilized in LMNG and GDN prior to diluting into buffers.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 15 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10305 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 0.596 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6609807
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: De-novo map generation
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 323827
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ej8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 110.6
得られたモデル

PDB-9pln:
Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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