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万見
- EMDB-7136: High-Resolution Structure Analysis of Antibody V5 and U4 Conforma... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7136
タイトルHigh-Resolution Structure Analysis of Antibody V5 and U4 Conformational Epitope on Human Papillomavirus 16
マップデータAntibody V5 and U4 Conformational Epitope on Human Papillomavirus 16
試料
  • 複合体: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex
    • 複合体: Antibody U4
      • タンパク質・ペプチド: U4 Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: U4 Light chain
    • ウイルス: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
キーワードHPV16 / H16.V5 / Fab / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Guan J / Bywaters SM / Brendle SA / Ashley RE / Makhov AM / Conway JF / Christenson ND / Hafenstein S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD019995 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2017
タイトル: High-Resolution Structure Analysis of Antibody V5 and U4 Conformational Epitopes on Human Papillomavirus 16.
著者: Jian Guan / Stephanie M Bywaters / Sarah A Brendle / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein /
要旨: Cancers attributable to human papillomavirus (HPV) place a huge burden on the health of both men and women. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic ...Cancers attributable to human papillomavirus (HPV) place a huge burden on the health of both men and women. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic benefit to patients with existing HPV infections. Identifying the conformational epitopes on the virus capsid supports the development of improved recombinant vaccines to maximize long-term protection against multiple types of HPV. Fragments of antibody (Fab) digested from the neutralizing monoclonal antibodies H16.V5 (V5) and H16.U4 (U4) were bound to HPV16 capsids and the structures of the two virus-Fab complexes were solved to near atomic resolution using cryo-electron microscopy. The structures reveal virus conformational changes, the Fab-binding mode to the capsid, the residues comprising the epitope and indicate a potential interaction of U4 with the minor structural protein, L2. Competition enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) showed V5 outcompetes U4 when added sequentially, demonstrating a steric interference even though the footprints do not overlap. Combined with our previously reported immunological and structural results, we propose that the virus may initiate host entry through an interaction between the icosahedral five-fold vertex of the capsid and receptors on the host cell. The highly detailed epitopes identified for the two antibodies provide a framework for continuing biochemical, genetic and biophysical studies.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月27日-
登録2017年12月4日-
マップ公開2018年2月14日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bsp
  • 表面レベル: 2.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6bsp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7136.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Antibody V5 and U4 Conformational Epitope on Human Papillomavirus 16
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 680 pix.
= 779.96 Å		1.15 Å/pix.
x 680 pix.
= 779.96 Å		1.15 Å/pix.
x 680 pix.
= 779.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.147 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.1 / ムービー #1: 2.1
最小 - 最大-8.246546 - 14.058398
平均 (標準偏差)0.00000000187083 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-340-340-340
サイズ680680680
Spacing680680680
セルA=B=C: 779.95996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1471.1471.147
M x/y/z680680680
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z779.960779.960779.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-340-340-340
NC/NR/NS680680680
D min/max/mean-8.24714.0580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus type 16 / Antibody complex

全体名称: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex
要素
  • 複合体: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex
    • 複合体: Antibody U4
      • タンパク質・ペプチド: U4 Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: U4 Light chain
    • ウイルス: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1

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超分子 #1: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex

超分子名称: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Antibody U4

超分子名称: Antibody U4 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Human papillomavirus type 16

超分子名称: Human papillomavirus type 16 / タイプ: virus / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 / NCBI-ID: 333760 / 生物種: Human papillomavirus type 16 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROCOMPLEX / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: U4 Heavy chain

分子名称: U4 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.108347 KDa
配列文字列:
SGGGLVKPGG SLKLSCEASG FTFSSYAMSW VRQTPEKRLE WVASISSGGN THYPDSVKGR FTISRDNARN ILYLQMSSLR SEDTAMYYC ARGLYYGYDE GSDFDYWGQG

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分子 #2: U4 Light chain

分子名称: U4 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.09953 KDa
配列文字列:
DIVMSQSPSS LAVSVGEKVT MSCKSSQSLL YSNTQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVKAEDL AVYYCQQYYS YPLTFGAGTK L

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分子 #3: Major capsid protein L1

分子名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 52.387277 KDa
配列文字列: YLPPVPVSKV VSTDEYVART NIYYHAGTSR LLAVGHPYFP IKKPNNNKIL VPKVSGLQYR VFRIHLPDPN KFGFPDTSFY NPDTQRLVW ACVGVEVGRG QPLGVGISGH PLLNKLDDTE NASAYAANAG VDNRECISMD YKQTQLCLIG CKPPIGEHWG K GSPCTNVA ...文字列:
YLPPVPVSKV VSTDEYVART NIYYHAGTSR LLAVGHPYFP IKKPNNNKIL VPKVSGLQYR VFRIHLPDPN KFGFPDTSFY NPDTQRLVW ACVGVEVGRG QPLGVGISGH PLLNKLDDTE NASAYAANAG VDNRECISMD YKQTQLCLIG CKPPIGEHWG K GSPCTNVA VNPGDCPPLE LINTVIQDGD MVDTGFGAMD FTTLQANKSE VPLDICTSIC KYPDYIKMVS EPYGDSLFFY LR REQMFVR HLFNRAGAVG ENVPDDLYIK GSGSTANLAS SNYFPTPSGS MVTSDAQIFN KPYWLQRAQG HNNGICWGNQ LFV TVVDTT RSTNMSLCAA ISTSETTYKN TNFKEYLRHG EEYDLQFIFQ LCKITLTADV MTYIHSMNST ILEDWNFGLQ PPPG GTLED TYRFVTSQAI ACQKHTPPAP KEDPLKKYTF WEVNLKEKFS ADLDQFPLGR KFLLQAGLKA KPKF

UniProtKB: Major capsid protein L1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 7.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 7.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Auto3dem RMC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17612
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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