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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7080 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid Cryo-EM, NMR, and Molecular Dynamics Approach | |||||||||||||||
マップデータ | DIS dimer data set 2 (3200FSC with K2 detector) | |||||||||||||||
試料 | 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal != Human immunodeficiency virus 1 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal
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生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhang K / Keane S / Su Z / Case D / Ludtke S / Summers M / Chiu W | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Structure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid Cryo-EM, NMR, and Molecular Dynamics Approach. 著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke ...著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke / Michael F Summers / Wah Chiu / 要旨: Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, respectively. We combined these techniques to study a 30 kDa HIV-1 dimer initiation site RNA ([DIS]; 47 nt/strand). A 9 Å cryo-EM map clearly shows major groove features of the double helix and a right-handed superhelical twist. Simulated cryo-EM maps generated from time-averaged molecular dynamics trajectories (10 ns) exhibited levels of detail similar to those in the experimental maps, suggesting internal structural flexibility limits the cryo-EM resolution. Simultaneous inclusion of the cryo-EM map and H-edited NMR-derived distance restraints during structure refinement generates a structure consistent with both datasets and supporting a flipped-out base within a conserved purine-rich bulge. Our findings demonstrate the power of combining global and local structural information from these techniques for structure determination of modest-sized RNAs. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7080.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7080-v30.xml emd-7080.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7080.png | 37.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7080 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7080_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7080_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7080_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7080 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | DIS dimer data set 2 (3200FSC with K2 detector) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal
全体 | 名称: 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: synthesized / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 実験値: 30 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | HIV-1 RNA Dimerization Signal |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 660 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |