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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7034 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | human adenovirus type 5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | Human adenovirus 5 != Human adenovirus C serotype 5 Human adenovirus 5
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hexon binding / viral release from host cell ...protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hexon binding / viral release from host cell / viral life cycle / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) / Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Dai XH / Wu L / Sun R / Zhou ZH | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2017 タイトル: Atomic Structures of Minor Proteins VI and VII in Human Adenovirus. 著者: Xinghong Dai / Lily Wu / Ren Sun / Z Hong Zhou / 要旨: Human adenoviruses (Ad) are double-stranded DNA (dsDNA) viruses associated with infectious diseases, but they are better known as tools for gene delivery and oncolytic anticancer therapy. Atomic ...Human adenoviruses (Ad) are double-stranded DNA (dsDNA) viruses associated with infectious diseases, but they are better known as tools for gene delivery and oncolytic anticancer therapy. Atomic structures of Ad provide the basis for the development of antivirals and for engineering efforts toward more effective applications. Since 2010, atomic models of human Ad5 have been derived independently from photographic film cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography studies, but discrepancies exist concerning the assignment of cement proteins IIIa, VIII, and IX. To clarify these discrepancies, we employed the technology of direct electron counting to obtain a cryo-EM structure of human Ad5 at 3.2-Å resolution. Our improved structure unambiguously confirms our previous cryo-EM models of proteins IIIa, VIII, and IX and explains the likely cause of conflict in the crystallography models. The improved structure also allows the identification of three new components in the cavity of hexon-the cleaved N terminus of precursor protein VI (pVIn), the cleaved N terminus of precursor protein VII (pVIIn2), and mature protein VI. The binding of pVIIn2-and, by extension, that of genome-condensing pVII-to hexons is consistent with the previously proposed dsDNA genome-capsid coassembly for adenoviruses, which resembles that of single-stranded RNA (ssRNA) viruses but differs from the well-established mechanism of pumping dsDNA into a preformed protein capsid exemplified by tailed bacteriophages and herpesviruses. Adenovirus is a double-edged sword to humans: it is a widespread pathogen but can be used as a bioengineering tool for anticancer and gene therapies. The atomic structure of the virus provides the basis for antiviral and application developments, but conflicting atomic models for the important cement proteins IIIa, VIII, and IX from conventional/film cryo-EM and X-ray crystallography studies have caused confusion. Using cutting-edge cryo-EM technology with electron counting, we improved the structure of human adenovirus type 5 and confirmed our previous models of cement proteins IIIa, VIII, and IX, thus clarifying the inconsistent structures. The improved structure also reveals atomic details of membrane-lytic protein VI and genome-condensing protein VII and supports the previously proposed genome-capsid coassembly mechanism for adenoviruses. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7034.map.gz | 1.9 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7034-v30.xml emd-7034.xml | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7034.png | 337.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7034 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7034_validation.pdf.gz | 498.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7034_full_validation.pdf.gz | 497.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7034_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7034_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7034 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | human adenovirus type 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus 5
全体 | 名称: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human adenovirus C serotype 5
超分子 | 名称: Human adenovirus C serotype 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cultured in HEK293T cells and purified from media / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus C serotype 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 150 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 900.0 Å / T番号(三角分割数): 25 |
-分子 #1: Hexon protein
分子 | 名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 108.107617 KDa |
配列 | 文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV ...文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV FGQAPYSGIN ITKEGIQIGV EGQTPKYADK TFQPEPQIGE SQWYETEINH AAGRVLKKTT PMKPCYGSYA KP TNENGGQ GILVKQQNGK LESQVEMQFF STTEATAGNG DNLTPKVVLY SEDVDIETPD THISYMPTIK EGNSRELMGQ QSM PNRPNY IAFRDNFIGL MYYNSTGNMG VLAGQASQLN AVVDLQDRNT ELSYQLLLDS IGDRTRYFSM WNQAVDSYDP DVRI IENHG TEDELPNYCF PLGGVINTET LTKVKPKTGQ ENGWEKDATE FSDKNEIRVG NNFAMEINLN ANLWRNFLYS NIALY LPDK LKYSPSNVKI SDNPNTYDYM NKRVVAPGLV DCYINLGARW SLDYMDNVNP FNHHRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMVL QSSLGNDLRV DGASIKFDSI CLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTND QS FNDYLSAANM LYPIPANATN VPISIPSRNW AAFRGWAFTR LKTKETPSLG SGYDPYYTYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V AITFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML ANYNIGYQGF YIPESYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDDTK YKDYQQVGIL HQHNNSGFVG YLAPTMREGQ AYPANFPYPL IGKTAVDSIT QKKFLCDRTL WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNLLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYVL FEVFDVVRVH RPHRGVIETV YLRTPFSAGN ATT |
-分子 #2: Penton protein
分子 | 名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 63.356602 KDa |
配列 | 文字列: MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF ...文字列: MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF TLPEGNYSET MTIDLMNNAI VEHYLKVGRQ NGVLESDIGV KFDTRNFRLG FDPVTGLVMP GVYTNEAFHP DI ILLPGCG VDFTHSRLSN LLGIRKRQPF QEGFRITYDD LEGGNIPALL DVDAYQASLK DDTEQGGGGA GGSNSSGSGA EEN SNAAAA AMQPVEDMND HAIRGDTFAT RAEEKRAEAE AAAEAAAPAA QPEVEKPQKK PVIKPLTEDS KKRSYNLISN DSTF TQYRS WYLAYNYGDP QTGIRSWTLL CTPDVTCGSE QVYWSLPDMM QDPVTFRSTR QISNFPVVGA ELLPVHSKSF YNDQA VYSQ LIRQFTSLTH VFNRFPENQI LARPPAPTIT TVSENVPALT DHGTLPLRNS IGGVQRVTIT DARRRTCPYV YKALGI VSP RVLSSRTF |
-分子 #3: Pre-hexon-linking protein IIIa
分子 | 名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 65.322805 KDa |
配列 | 文字列: MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL ...文字列: MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL RLMVTETPQS EVYQSGPDYF FQTSRQGLQT VNLSQAFKNL QGLWGVRAPT GDRATVSSLL TPNSRLLLLL IA PFTDSGS VSRDTYLGHL LTLYREAIGQ AHVDEHTFQE ITSVSRALGQ EDTGSLEATL NYLLTNRRQK IPSLHSLNSE EER ILRYVQ QSVSLNLMRD GVTPSVALDM TARNMEPGMY ASNRPFINRL MDYLHRAAAV NPEYFTNAIL NPHWLPPPGF YTGG FEVPE GNDGFLWDDI DDSVFSPQPQ TLLELQQREQ AEAALRKESF RRPSSLSDLG AAAPRSDASS PFPSLIGSLT STRTT RPRL LGEEEYLNNS LLQPQREKNL PPAFPNNGIE SLVDKMSRWK TYAQEHRDVP GPRPPTRRQR HDRQRGLVWE DDDSAD DSS VLDLGGSGNP FAHLRPRLGR MF |
-分子 #4: Pre-hexon-linking protein VIII
分子 | 名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.71059 KDa |
配列 | 文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI ...文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI LTLQTSSSEP RSGGIGTLQF IEEFVPSVYF NPFSGPPGHY PDQFIPNFDA VKDSADGYD |
-分子 #5: Hexon-interlacing protein
分子 | 名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 14.468134 KDa |
配列 | 文字列: MSTNSFDGSI VSSYLTTRMP PWAGVRQNVM GSSIDGRPVL PANSTTLTYE TVSGTPLETA ASAAASAAAA TARGIVTDFA FLSPLASSA ASRSSARDDK LTALLAQLDS LTRELNVVSQ QLLDLRQQVS ALKASSPPNA V |
-分子 #6: Pre-protein VI
分子 | 名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 3.584953 KDa |
配列 | 文字列: MEDINFASLA PRHGSRPFMG NWQDIGTSNM SGG |
-分子 #7: Pre-histone-like nucleoprotein
分子 | 名称: Pre-histone-like nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 1.198438 KDa |
配列 | 文字列: GLRFPSKMFG G |
-分子 #8: Pre-protein VI
分子 | 名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.460559 KDa |
配列 | 文字列: AFSWGSLWSG IKNFGSTVKN YGSKAWNSST GQMLRDKLKE QNFQQKVVDG LASGISGVVD LANQAVQNKI NSKLDPRPPV EEPPPAVET VSPEGRGEKR PRPDREETLV TQIDEPPSYE EALKQGLPTT RPIAPMATGV LGQHTPVTLD LPPPADTQQK P VLPGPTAV ...文字列: AFSWGSLWSG IKNFGSTVKN YGSKAWNSST GQMLRDKLKE QNFQQKVVDG LASGISGVVD LANQAVQNKI NSKLDPRPPV EEPPPAVET VSPEGRGEKR PRPDREETLV TQIDEPPSYE EALKQGLPTT RPIAPMATGV LGQHTPVTLD LPPPADTQQK P VLPGPTAV VVTRPSRASL RRAASGPRSL RPVASGNWQS TLNSIVGLGV QSLKRRRCF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II | ||||||||||||
詳細 | Purified virion |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan Image Filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5608 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-3izo: PDB-6b1t: |