[日本語] English
万見
- EMDB-6827: Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6827
タイトルCryo-EM Structure of the Exocyst Complex
マップデータCryo-EM map of the yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolution
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolution
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC3
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC5
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC6
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC8
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC10
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC15
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO70
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO84
キーワードexocyst / coiled-coil / EXOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi inheritance ...vesicle tethering involved in exocytosis / exocyst assembly / exocyst localization / negative regulation of SNARE complex assembly / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi inheritance / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / spliceosomal complex assembly / exocytosis / Rho protein signal transduction / transport vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / intracellular protein localization / protein transport / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, C-terminal, domain 1 / Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal / Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal ...Exocyst complex component EXOC6/Sec15 / Exocyst complex component Sec10-like / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, C-terminal, domain 1 / Exocyst complex subunit Sec15, C-terminal / : / : / : / Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal / Exocyst complex component Sec10-like, alpha-helical bundle / Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal / Exocyst complex component Sec10, N-terminal / PH domain found in exocyst complex component Exo84 / Exocyst complex component Sec8, N-terminal / Exocyst complex component EXOC3/Sec6 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5, N-terminal domain / Exocyst complex component Sec8/EXOC4 / Exocyst complex component EXOC3/Sec6, C-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec8 N-terminal / Exocyst complex component Sec6 / Exocyst complex component Sec5 / Exocyst complex component Sec8 C-terminal / Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Exo70 / EXOC6/PINT-1/Sec15/Tip20, C-terminal, domain 2 / Exocyst complex subunit Exo70, C-terminal / Exo70 exocyst complex subunit C-terminal / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Exocyst complex component Exo70 N-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex component SEC15 / Exocyst complex component SEC6 / Exocyst complex component SEC8 / Exocyst complex component SEC3 / Exocyst complex component EXO84 / Exocyst complex component SEC5 / Exocyst complex component SEC10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Mei K / Li Y
資金援助 中国, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation of China31530018 中国
Beijing Municipal Science & Technology CommissionZ161100000116034 中国
National Key Research and Development Program of MOST2016YFA0501100 中国
National Institute of HealthR01GM111128 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the exocyst complex.
著者: Kunrong Mei / Yan Li / Shaoxiao Wang / Guangcan Shao / Jia Wang / Yuehe Ding / Guangzuo Luo / Peng Yue / Jun-Jie Liu / Xinquan Wang / Meng-Qiu Dong / Hong-Wei Wang / Wei Guo /
要旨: The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many ...The exocyst is an evolutionarily conserved octameric protein complex that mediates the tethering of post-Golgi secretory vesicles to the plasma membrane during exocytosis and is implicated in many cellular processes such as cell polarization, cytokinesis, ciliogenesis and tumor invasion. Using cryo-EM and chemical cross-linking MS (CXMS), we solved the structure of the Saccharomyces cerevisiae exocyst complex at an average resolution of 4.4 Å. Our model revealed the architecture of the exocyst and led to the identification of the helical bundles that mediate the assembly of the complex at its core. Sequence analysis suggests that these regions are evolutionarily conserved across eukaryotic systems. Additional cell biological data suggest a mechanism for exocyst assembly that leads to vesicle tethering at the plasma membrane.
履歴
登録2017年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月13日-
マップ公開2018年1月31日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0203
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0203
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5yfp
  • 表面レベル: 0.0203
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6827.png

emd_6827_1.png

emd_6827_2.png

emd_6827_3.png

emd_6827_4.png

emd_6827_5.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 360 pix.
= 470.354 Å		1.31 Å/pix.
x 360 pix.
= 470.354 Å		1.31 Å/pix.
x 360 pix.
= 470.354 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0203 / ムービー #1: 0.0203
最小 - 最大-0.021267172 - 0.08846979
平均 (標準偏差)0.00026629618 (±0.0029179268)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 470.3544 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.30653888888891.30653888888891.3065388888889
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z470.354470.354470.354
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0210.0880.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_6827_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_6827_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #3

ファイルemd_6827_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #4

ファイルemd_6827_msk_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #5

ファイルemd_6827_msk_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex head-part...

ファイルemd_6827_additional_1.map
注釈Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex head-part structure at 6.7A resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex top...

ファイルemd_6827_additional_2.map
注釈Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex top head-part structure at 6.2A resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex bottom...

ファイルemd_6827_additional_3.map
注釈Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex bottom leg-part structure at 4.6A resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex body-part...

ファイルemd_6827_additional_4.map
注釈Cryo-EM map of the yeast Exocyst complex body-part structure at 4.4A resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM map of the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5...

全体名称: Cryo-EM map of the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolution
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolution
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC3
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC5
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC6
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC8
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC10
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component SEC15
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO70
    • タンパク質・ペプチド: Exocyst complex component EXO84

-
超分子 #1: Cryo-EM map of the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5...

超分子名称: Cryo-EM map of the Yeast Exocyst complex overall structure at 5.5A resolution
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: overall map of Yeast Exocyst complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / 株: S288c / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 844 KDa

-
分子 #1: Exocyst complex component SEC3

分子名称: Exocyst complex component SEC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 154.889547 KDa
配列文字列: MRSSKSPFKR KSHSRETSHD ENTSFFHKRT ISGSSAHHSR NVSQGAVPSS APPVSGGNYS HKRNVSRASN SSQTSNFLAE QYERDRKAI INCCFSRPDH KTGEPPNNYI THVRIIEDSK FPSSRPPPDS KLENKKKRLL ILSAKPNNAK LIQIHKAREN S DGSFQIGR ...文字列:
MRSSKSPFKR KSHSRETSHD ENTSFFHKRT ISGSSAHHSR NVSQGAVPSS APPVSGGNYS HKRNVSRASN SSQTSNFLAE QYERDRKAI INCCFSRPDH KTGEPPNNYI THVRIIEDSK FPSSRPPPDS KLENKKKRLL ILSAKPNNAK LIQIHKAREN S DGSFQIGR TWQLTELVRV EKDLEISEGF ILTMSKKYYW ETNSAKERTV FIKSLITLYI QTFEGHVPEL VNWDLSLFYL DE RSYQRAV ITNRPGSVSP IKSPTSNFTT NTTQSVGSVP FSAPTERTRR SETESVNPVS TPASVEYHAG MKSLNKAPYS SNS TLNEVN KRYELEQQQQ QEEAELRRLE EQKRLQLQKE NEMKRLEEER RIKQEERKRQ MELEHQRQLE EEERKRQMEL EAKK QMELK RQRQFEEEQR LKKERELLEI QRKQREQETA ERLKKEEQEA LAKKEEEEKS KRNKVDNESY TQEINGKVDN LLEDL NAVL AEETETTPTM QNGTYVPERS TARAHDQLKK PLNIAKVESL GGSDLNDSIS LSDEIAGLNT SNLSGEDQDE KNDLSF EKG DEVRYSNNFE GEAPHVYHEV SIIQEEAPAV SQKLILPEEN NESEALIESK EEIKTMENID DEVLLEILTD INWSIED DA DSMIERIDLR LAETEYLFNQ NLLSLQKIGP NIRPYEDKVN DECHRIIPTL SLFLMEMSNF SNDIENVESQ DNGLQVES A NKKLLWNTLD ELLKTVSLDE ISLNQLLECP IREKNLPWME NQLNLLLKAF QAIGSDGNEV EYNLREISGL KQRLQFYEK VTKIFLNRIV EEMQKKFSNI RGQDISHDQM IRILTTLLIF SPLILFCKEI SQKSYQAIVE NWNVSIQPVY MELWTKKISQ LQGIDTNDE KMNELSLSQL LNEWDTFRKE RKTNDINPVF KNSFSLLTEC LQTMRQECIV YQNFVEVFFH ISSKHNFEEY I KHFNDPDA PPILLDTVKV MQSDREAAVI ETQLVSRIFQ PIVTRLSSYF VELVKAEPTV APALTFYLEN EIKSLESSNH EF LLSAVTR MYTQIKQVWS DNVEEQVLHF ERISNATTNG EILPGILDLP VGLKNSEDLF QFAKRSMDIK DTDEGYESIE LMN SSFRKL SIAATRSITH KEVNSSINPN LSDTAALNND YMETISLLVN SNWLTEMLSM LNFNKDGIFD TSLQNVKKVF DVEK ESYAS FLLRDTMPKL TAFVYGVSNI IENTNNVNMT NPSRWAAYSR QNLENILLAY TSHEIETLVK RLHTHMVNDF GYHQE NAIN NVLCDKLWSC IQGQTVSLYL KLYTVIDKHY RGTNIRFTKN DIISAFEEYK NA

UniProtKB: Exocyst complex component SEC3

-
分子 #2: Exocyst complex component SEC5

分子名称: Exocyst complex component SEC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 112.236875 KDa
配列文字列: MDRFQIGDEQ LLRFYQLKTI NPTHSWAQDS SKLNNEEATS NELGVETSFD ILKDFKYGNQ ISIDKESRAY LNDESLSYIR DPLNGQEMS KELQHLPNDS MRLNYLVNSK QFNVKAFLRD MHKQDSFNDL NNSLDRLDSD IQDQSIHLKQ LVGKNFTKYV K IKNKLDQI ...文字列:
MDRFQIGDEQ LLRFYQLKTI NPTHSWAQDS SKLNNEEATS NELGVETSFD ILKDFKYGNQ ISIDKESRAY LNDESLSYIR DPLNGQEMS KELQHLPNDS MRLNYLVNSK QFNVKAFLRD MHKQDSFNDL NNSLDRLDSD IQDQSIHLKQ LVGKNFTKYV K IKNKLDQI YKEFDEKTNE KNQCDSPKEN QINVESLNKK VDEVIRTTTF KLKPLMDNYQ KILNYQATKK FIELNKFYFN LP KSLKRCL TNNDFNEFII EYSKGLTLRR RFNQSSDASQ SLVIKRIWTQ IENLLVTYKD LIWNSLINSN FNIDQPQETI LSL FSKLLN LENFINNNQR ESESGNKNTT SSSNENPILR WMSIKMNGFQ NELNELSGHM ISKIIHSQRL ILQNNTNQDK SQGC VELSY YLKINQLFQI ISDTGKDSEG LKSTVEPNKV NTISGTSYLN LNCQPSSQGL TDSPTIIEMW LLILKYINDL WKICD QFIE FWEHIEKFLD GTYQNSIINE KRKENILIGD SNIIESYQKS LILKEEQINE VRLKGEEFIT SVSQNLISFF TSSQSS LPS SLKDSTGDIT RSNKDSGSPL DYGFIPPNCN GLSCLRYLPK IVEPILKFST ELAQLNITTN GITICRNTLS TIINRCV GA ISSTKLRDIS NFYQLENWQV YETVTFSSKS QDSSKNLTFE YGVTQFPEIV TSFQEVSIKT TRDLLFAYEK LPIINGIS V VSYPSKQLLT GIEIQQIISM EAVLEAILKN AAKDKDNPRN SHTILTLTNL QYFRECAFPN ILQYFDDAFE WNLASKNLE LFSLLSKMES SIFGNYLSDL KINLRDTLEE KFHEINWPMY TSNSFRVGDY IIEALMILIV VHSECFRIGP QLIHKILIET QIFIARYLF EAFKPYVGNL SNDGSLQIIV DLEFFQKVMG PLLEKDTEAT LRACLQNCFQ NDTNRLQKCI NEINPIVSAN L KRTAIQFA AFS

UniProtKB: Exocyst complex component SEC5

-
分子 #3: Exocyst complex component SEC6

分子名称: Exocyst complex component SEC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 93.539703 KDa
配列文字列: MSSDPLQQVC DLIKGDLSLE RVRDIKEQLL KEKSVVEYQL NKESDKYYGE VEESLKLLNL SKNSVTSIKQ QINEVNKLGN DNRFAINRY DILFRATKLY ETVNTTSSIY DRIYNFVALM EHIERLLVAE LAEDALETGC PHLLEIHFLL TSARDFQEQV V VMAKEATE ...文字列:
MSSDPLQQVC DLIKGDLSLE RVRDIKEQLL KEKSVVEYQL NKESDKYYGE VEESLKLLNL SKNSVTSIKQ QINEVNKLGN DNRFAINRY DILFRATKLY ETVNTTSSIY DRIYNFVALM EHIERLLVAE LAEDALETGC PHLLEIHFLL TSARDFQEQV V VMAKEATE DAQRTVMKLF SRLSGIISKF DKLLDGLTYD IVEMARAEQI SLAIRLFKIY DLEEREDLRI EAIRNIIKKK EI EIEKSSI KKLPNSKNTA RLQDETPKVI EYPTNKGLYQ EIMSGTISTR TAPRGYKHFL INGINNSISE MFGEMREKYV GDQ KFDVLD NMDWIFNELI IVKEHIANCC PPHWNIFEVY FDQYYKELHS LITDLVESEP ETIIILDILA FDKTFQDTLK QDFG FTKSE VKSVIGDKEK ETLFKDYLNL IVVKMTEWIG NLEKAEFDVF LERSTPPHSD SDGLLFLDGT KTCFQMFTQQ VEVAA GTNQ AKILVGVVER FSDLLTKRQK NWISKISEEI KKQINYNHKY DIDPESITPE DECPGGLVEY LIAVSNDQMK AADYAV AIS SKYGKLVSKV YEKQITNHLE GTLDGFAEVA QCSSLGLITL MFDDLRKPYQ EIFSKTWYMG SQAQQIADTL DEYLLDI KP QMNSVLFVNF IDNVIGETII KFLTALSFEH SFKNKNNKFL EAMKRDFEIF YQLFVKVLDG NESKDTLITQ NFTVMEFF M DLSCEPIDSI LDIWQKYLEV YWDSRIDLLV GILKCRKDVS SSERKKIVQQ ATEMLHEYRR NMEANGVDRE PTLMRRFVL EFEKQ

UniProtKB: Exocyst complex component SEC6

-
分子 #4: Exocyst complex component SEC8

分子名称: Exocyst complex component SEC8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 122.367109 KDa
配列文字列: MDYLKPAQKG RRRGLSINSL SETQQSAMNS SLDHLQNDLN RINLQWNRIL SDNTNPLELA LAFLDDTSVG LGHRYEEFNQ LKSQIGSHL QDVVNEHSQV FNTNVASYGK AVSSIMQAQE QTLNLKNCLK EANEKITTDK GSLQELNDNN LKYTKMIDVL V NIEELLQI ...文字列:
MDYLKPAQKG RRRGLSINSL SETQQSAMNS SLDHLQNDLN RINLQWNRIL SDNTNPLELA LAFLDDTSVG LGHRYEEFNQ LKSQIGSHL QDVVNEHSQV FNTNVASYGK AVSSIMQAQE QTLNLKNCLK EANEKITTDK GSLQELNDNN LKYTKMIDVL V NIEELLQI PEKIEENIRK ENFHQVQILL ERGFILMNNK SLKTVEILKP INQQLELQEH LLFNNLIEEI HDIMYSKSNK TN FTRVTNN DIFKIISISH NGFTSLENYL YNIVNIDIME HSKTINKNLE QFIHDQSLNK GNIMLQENAA TQAPLAPSRN QEN EGFNRI GFLLKTINNI NKLPVAFNII TERAKEEIHN IIVKSTESIR SKHPSLLKMA TSLKNDNHFG LPVQDILSII LREC FWEIF LKLLYAIQCH RAIFEMSNIL QPTSSAKPAF KFNKIWGKLL DEIELLLVRY INDPELISSN NGSIKPINGA TNNAP TLPK RKNPKIFSLE YNIEDNSSVK DQAFELKALL KDIFPGFSVS SNMDLDSIYV KDESFEQDEP LVPPSVFNMK VILDPF LLF TQSTSTIVPS VLTQNTISSL TFFDDYMNKS FLPKIQMTMD YLFTVEVESN NPYALELSDE NHNIFKTALD FQRLFYN LL NVFNTANTFR EKISYCILDL LNHFYNYYLG LFNSLIGTSD RHLTRKIITA WLQNGILMDQ EQKILNGDET LFHEESIE L FKEIPHFYQA GKGLSKSDLF NNLTLDTILQ FSASVLWILN WLPGLKKAIN IDEVSQEPML DADRLRSSWT FSESMDLNY SNPSSSPNSL GNLKILLDDK ASKKFDETID GFKTLKFKLI TILRFNIRAL CIYDIGSFFQ NTKIWNMDVG SIELDQNIAS LISELRRTE SKLKQQLPEK EKNSIFIGLD IVNNYALIKG AKSIKVLNHN GIKKMLRNVN VLQHAYRNLS SEPSKINMNV T MNFYSLCG SSEAELFEYI KDNELPHCSV EDLKTILRLQ FSEEMHRQLK RQSTSSTKGS IKPSNKRYTE ALEKLSNLEK EQ SKEGART KIGKLKSKLN AVHTANEK

UniProtKB: Exocyst complex component SEC8

-
分子 #5: Exocyst complex component SEC10

分子名称: Exocyst complex component SEC10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 100.459578 KDa
配列文字列: MNSLYELDPK WKKLLKTDNF LGGLTVNEFV QELSKDHRND VLIDANTKNL PTNEKDQDAI REAIWKQLDP KPYIRTFEST LKELKNLNE ETLNKRQYFS EQVATQEVIH SENVIKLSKD LHTTLLTFDK LDDRLTNVTQ VVSPLGDKLE TAIKKKQNYI Q SVELIRRY ...文字列:
MNSLYELDPK WKKLLKTDNF LGGLTVNEFV QELSKDHRND VLIDANTKNL PTNEKDQDAI REAIWKQLDP KPYIRTFEST LKELKNLNE ETLNKRQYFS EQVATQEVIH SENVIKLSKD LHTTLLTFDK LDDRLTNVTQ VVSPLGDKLE TAIKKKQNYI Q SVELIRRY NDFYSMGKSD IVEQLRLSKN WKLNLKSVKL MKNLLILSSK LETSSIPKTI NTKLVIEKYS EMMENELLEN FN SAYRENN FTKLNEIAII LNNFNGGVNV IQSFINQHDY FIDTKQIDLE NEFENVFIKN VKFKEQLIDF ENHSVIIETS MQN LINDVE TVIKNESKIV KRVFEEKATH VIQLFIQRVF AQKIEPRFEV LLRNSLSISN LAYVRILHGL FTLFGKFTKS LIDY FQLLE IDDSNQILST TLEQCFADLF SHYLYDRSKY FGIEKRSLEA ILVDMTSKFT VNYDKEINKR VLLDKYKEKL STNVD AFMH SPRGNTHSRQ DSTSRSKLSQ FNSFLKTHLD KDHLSLNRTN TLSDSFNNSS SSTQYDVANN SSSLVNSSFT ASDIDN SPN SPANYSLNDV DSMLKCVVES TARVMELIPN KAHLYILEIL KIMFLGIVDS YMEIALEVAY WKICKVDINK TAGVVNL NF LKFISMSTEI LDLLSISIKS IFLPLLNNSP EIKAQIIEMT NSQIQKMEIL INIILQETIT VISTKFSAIL CKQKKKDF V PKSQELLDQD TLPAIEIVNI LNLIFEQSSK FLKGKNLQTF LTLIGEELYG LLLSHYSHFQ VNSIGGVVVT KDIIGYQTA IEDWGVASLI DKFATLRELA NLFTVQPELL ESLTKEGHLA DIGRDIIQSY ISNREDFNHD NFINSVKLNF R

UniProtKB: Exocyst complex component SEC10

-
分子 #6: Exocyst complex component SEC15

分子名称: Exocyst complex component SEC15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 105.166641 KDa
配列文字列: MDQEGQPLLS KDFQQVLLAT ASGNNSSWTE RAVLNNESTD AVKHEPALGQ NDVFDLDPLS FDKWVPFLRR ALDKNQLDPV IDELENSIE DNFQGLELQL LQDSQMNDKL ETSIDEIANI QGMVQDTLSS EISKFQIRLS ESANELIVKK QMYVNNKKIS L KISEATIL ...文字列:
MDQEGQPLLS KDFQQVLLAT ASGNNSSWTE RAVLNNESTD AVKHEPALGQ NDVFDLDPLS FDKWVPFLRR ALDKNQLDPV IDELENSIE DNFQGLELQL LQDSQMNDKL ETSIDEIANI QGMVQDTLSS EISKFQIRLS ESANELIVKK QMYVNNKKIS L KISEATIL ITKVVRILEL SSKCQELITE RKFFKVLQNL DSLEKLYLQE FKNYNFQFLI EIYNSIPFLQ KVTKDECINL IR NSLNLNL GKNLIKVGQE FVAIYENELL PQWLETRSKM KLTNFKFNSP IEISMRDESF LAKLNLGEFF QLDDFHDSIM IFQ NLNELS VLSGEFNKEY ELRKTKLMYP LIWKKNKTAA YQMDSLLRGT GTTPGSTAHD VSTDDPFTQS LSLHFLQDYF LKIL GFLLY DINLNKATEF ILVDNNYNST NEFWDGLMDR LSPYLSYFID EKLKTEEDMI KLKDFLCIYV AILENFKLNI EPLYK ILVS IFEKFCSVSL RAFDDEFQIL LNDDDFMPLS INDKTLYEKV LKICWMKEGE HLSLPDPTNG EPFAVTLPFS PLYPMT CTL AKKTYSKITA FLSIFYRHEL HTLNNILVKT MDDIFNDIVN KKIRSKLEST SREEIAQILV NLDYFIIAAK EFSNFMT RE NILQNPDMEI RLSSIKYLAE SRKLAETKLI ELIDSKISDI LETIEIDWQI TEVRQDPDIS IIDLAQFLEM MFASTLQN L PYSVQTLLIF REFDSLTRQF MGLLLHDTPS TITHESIMNF EVDVNYLESI IPRIFPSTPG TIDSNGYQSP MTPSTPTFP NANGVDAPTL FENNIKSLEA TFMELKQCIE LLKTQGKDYN EPEIRLRKYS RIRQEDAALL LSKIQHFVSS VEGANGDDTS VMDSSSIFN SESASVIDSN TSRIAKFFNR R

UniProtKB: Exocyst complex component SEC15

-
分子 #7: Exocyst complex component EXO70

分子名称: Exocyst complex component EXO70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisia S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 71.382328 KDa
配列文字列: MPAEIDIDEA DVLVLSQELQ KTSKLTFEIN KSLKKIAATS NQSSQLFTPI LARNNVLTTL QRNIESTLNS VASVKDLANE ASKYEIILQ KGINQVGLKQ YTQVVHKLDD MLEDIQSGQA NREENSEFHG ILTHLEQLIK RSEAQLRVYF ISILNSIKPF D PQINITKK ...文字列:
MPAEIDIDEA DVLVLSQELQ KTSKLTFEIN KSLKKIAATS NQSSQLFTPI LARNNVLTTL QRNIESTLNS VASVKDLANE ASKYEIILQ KGINQVGLKQ YTQVVHKLDD MLEDIQSGQA NREENSEFHG ILTHLEQLIK RSEAQLRVYF ISILNSIKPF D PQINITKK MPFPYYEDQQ LGALSWILDY FHGNSEGSII QDILVGERSK LILKCMAFLE PFAKEISTAK NAPYEKGSSG MN SYTEALL GFIANEKSLV DDLYSQYTES KPHVLSQILS PLISAYAKLF GANLKIVRSN LENFGFFSFE LVESINDVKK SLR GKELQN YNLLQDCTQE VRQVTQSLFR DAIDRIIKKA NSISTIPSNN GVTEATVDTM SRLRKFSEYK NGCLGAMDNI TREN WLPSN YKEKEYTLQN EALNWEDHNV LLSCFISDCI DTLAVNLERK AQIALMPNQE PDVANPNSSK NKHKQRIGFF ILMNL TLVE QIVEKSELNL MLAGEGHSRL ERLKKRYISY MVSDWRDLTA NLMDSVFIDS SGKKSKDKEQ IKEKFRKFNE GFEDLV SKT KQYKLSDPSL KVTLKSEIIS LVMPMYERFY SRYKDSFKNP RKHIKYTPDE LTTVLNQLVR

UniProtKB: Exocyst complex component EXO70

-
分子 #8: Exocyst complex component EXO84

分子名称: Exocyst complex component EXO84 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 85.649672 KDa
配列文字列: MVEFSLKKAR NNWKHVKKSA SSPAKQKTPP SPAKPKQKTK KNPYSDLKDP ATSYTLPTIN ARERSRVATS MQRRLSIHNT NYAPPTLDY SMPLPDMPNM IVPNDNVDSS HNNSSFTTEN ESVSSKGPSN SLNLSTADLS LNDSSYNKVP ARSAMRNTVN P SGSNDPFN ...文字列:
MVEFSLKKAR NNWKHVKKSA SSPAKQKTPP SPAKPKQKTK KNPYSDLKDP ATSYTLPTIN ARERSRVATS MQRRLSIHNT NYAPPTLDY SMPLPDMPNM IVPNDNVDSS HNNSSFTTEN ESVSSKGPSN SLNLSTADLS LNDSSYNKVP ARSAMRNTVN P SGSNDPFN NSTSLRKMLA NPHFNAKDFV HDKLGNASAI TIDKFTSNLT DLSIQVQEEV KLNINKSYNE IMTVNNDLNV AM LELKRVR ANINDLNEVL DQCTKIAEKR LQLQDQIDQE RQGNFNNVES HSNSPALLPP LKAGQNGNLM RRDRSSVLIL EKF WDTELD QLFKNVEGAQ KFINSTKGRH ILMNSANWME LNTTTGKPLQ MVQIFILNDL VLIADKSRDK QNDFIVSQCY PLKD VTVTQ EEFSTKRLLF KFSNSNSSLY ECRDADECSR LLDVIRKAKD DLCDIFHVEE ENSKRIRESF RYLQSTQQTP GRENN RSPN KNKRRSMGGS ITPGRNVTGA MDQYLLQNLT LSMHSRPRSR DMSSTAQRLK FLDEGVEEID IELARLRFES AVETLL DIE SQLEDLSERI SDEELMLLNL ISLKIEQRRE AISSKLSQSI LSSNEIVHLK SGTENMIKLG LPEQALDLFL QNRSNFI QD LILQIGSVDN PTNYLTQLAV IRFQTIKKTV EDFQDIFKEL GAKISSILVD WCSDEVDNHF KLIDKQLLND EMLSPGSI K SSRKQIDGLK AVGLDFVYKL DEFIKKNSDK IR

UniProtKB: Exocyst complex component EXO84

-
実験情報

+
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

+
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMC8H18N204SHEPES
2.0 mMDTT

詳細: Solutions were freshly prepared from stock and filtered with 0.22um membrane to avoid microbial contamination.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Purchased Quantifoil R1.2/1.3 gold grid was directly glow discharged 60 seconds before use. Before glow discharge, the sample chamber was vacuumed by an air bump for 2 minutes.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 301 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Protein sample was applied onto a Quantifoil R1.2/1.3 golden grid and hold for 60 seconds, then blot for 2.5 seconds before plunging..
詳細This sample was mono-disperse.

+
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 113.0 K / 最高: 123.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-31 / 撮影したグリッド数: 11 / 実像数: 6466 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細The selected image stacks were motion corrected by Motioncor2 software and distortion magnification corrected by script.
粒子像選択選択した数: 904481 / 詳細: Semi-auto-picked by RELION1.4.
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 30 / Random conical tilt - Tilt angle: 50 degrees
詳細: 4516 tilt-pair particles were picked by EMAN2 subroutine e2RCTboxer.py in an interactive RCT-boxing mode. A low-resolution 3D map was generated by SPIDER.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 343342
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 100000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2b1e


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 67-623 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Exo70 (a.a.67-623) was first fit into the map with Situs as a rigid body. Then it was split as Exo70 (a.a.67-344) and Exo70 (a.a.345-623), and fit into the same position with Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5yfp:
Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex

+
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2d2s


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 525-753 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Well fit by one step Situs fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5yfp:
Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex

+
原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2fji


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 411-805 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The fitting position of this chain was determined by cross-link mass spectrum.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5yfp:
Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex

+
原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

5h11


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 195-708 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The yeast Sec10 (a.a.234-867) model was first obtained with Swiss-Model prediction based on this zebrafish originated initial model, and then fit into the map. Local adjustment was made with Coot. Final refinement was proceeded with Phenix real-space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5yfp:
Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex

+
原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

1zc4


Chain - Chain ID: B / Chain - Residue range: 171-283 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The yeast Exo84 (a.a.346-470) model was first obtained with PHYRE2 prediction based on this rat originated initial model, and then fit into the map. Final refinement was proceeded with Phenix real-space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5yfp:
Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex

+
原子モデル構築 6

初期モデルPDB ID:

2a2f


Chain - Chain ID: X / Chain - Residue range: 383-699 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The yeast Sec15 (a.a.482-896) model was first obtained with PHYRE2 prediction based on this Drosophila originated initial model, and then fit into the map. Local adjustment was made with Coot. Final refinement was proceeded with Phenix real-space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5yfp:
Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex

+
原子モデル構築 7

詳細All remaining models were manually built as backbone tracing Poly-Alanine, yet the present residues are shown as original. The backbone trace was guided by the EM map connectivity, secondary structure prediction and cross-link mass spectrum. The model was validated with different sets of cross-link mass spectrum data to confirmed the correctness.
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-5yfp:
Cryo-EM Structure of the Exocyst Complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る