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万見
- EMDB-6684: Cryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6684
タイトルCryo-EM structure of the Catalytic Step II spliceosome (C* complex) at 4.0 angstrom resolution
マップデータYeast Step II Catalytically Activated Spliceosome, C* spliceosome
試料
  • 複合体: C* spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / nuclear mRNA surveillance ...RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / nuclear mRNA surveillance / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 3'-splice site recognition / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / RNA helicase / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / GTP binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / cwf21 / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor ...Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / cwf21 / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / : / : / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U-box domain profile. / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Modified RING finger domain / U-box domain / Leucine-rich repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / : / Sm domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G ...Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Yan C / Wan R / Bai R / Huang G / Shi Y
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure of a yeast step II catalytically activated spliceosome.
著者: Chuangye Yan / Ruixue Wan / Rui Bai / Gaoxingyu Huang / Yigong Shi /
要旨: Each cycle of precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing comprises two sequential reactions, first freeing the 5' exon and generating an intron lariat-3' exon and then ligating the two exons and ...Each cycle of precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing comprises two sequential reactions, first freeing the 5' exon and generating an intron lariat-3' exon and then ligating the two exons and releasing the intron lariat. The second reaction is executed by the step II catalytically activated spliceosome (known as the C* complex). Here, we present the cryo-electron microscopy structure of a C* complex from Saccharomyces cerevisiae at an average resolution of 4.0 angstroms. Compared with the preceding spliceosomal complex (C complex), the lariat junction has been translocated by 15 to 20 angstroms to vacate space for the incoming 3'-exon sequences. The step I splicing factors Cwc25 and Yju2 have been dissociated from the active site. Two catalytic motifs from Prp8 (the 1585 loop and the β finger of the ribonuclease H-like domain), along with the step II splicing factors Prp17 and Prp18 and other surrounding proteins, are poised to assist the second transesterification. These structural features, together with those reported for other spliceosomal complexes, yield a near-complete mechanistic picture on the splicing cycle.
履歴
登録2016年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2020年1月22日-
現状2020年1月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5wsg
  • 表面レベル: 0.0297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6684.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6684.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Yeast Step II Catalytically Activated Spliceosome, C* spliceosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.4 Å		1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.4 Å		1.31 Å/pix.
x 400 pix.
= 522.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.306 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0297 / ムービー #1: 0.0297
最小 - 最大-0.09387038 - 0.19135746
平均 (標準偏差)-0.00000181478 (±0.006615814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 522.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3061.3061.306
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z522.400522.400522.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0940.191-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C* spliceosome

全体名称: C* spliceosome
要素
  • 複合体: C* spliceosome

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超分子 #1: C* spliceosome

超分子名称: C* spliceosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.27 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 詳細: CTFFIND3
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6413

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27558
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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