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- EMDB-6440: Three-dimensional structure of the full MMTV intasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6440
タイトルThree-dimensional structure of the full MMTV intasome
マップデータReconstruction of the full octameric MMTV intasome
試料
  • 試料: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex
  • タンパク質・ペプチド: betaretroviral integrase
  • DNA: MMTV U5 DNA end
キーワードintegration / retrovirus / integrase
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb ...Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pol / Gag-Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Ballandras-Colas A / Brown M / Cook N / Demeler B / Cherepanov P / Lyumkis D / Engelman AN
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
著者: Allison Ballandras-Colas / Monica Brown / Nicola J Cook / Tamaria G Dewdney / Borries Demeler / Peter Cherepanov / Dmitry Lyumkis / Alan N Engelman /
要旨: Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase- ...Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase-viral DNA complexes, or intasomes, from the spumavirus prototype foamy virus revealed a functional integrase tetramer, and it is generally believed that intasomes derived from other retroviral genera use tetrameric integrase. However, the intasomes of orthoretroviruses, which include all known pathogenic species, have not been characterized structurally. Here, using single-particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, we determine an unexpected octameric integrase architecture for the intasome of the betaretrovirus mouse mammary tumour virus. The structure is composed of two core integrase dimers, which interact with the viral DNA ends and structurally mimic the integrase tetramer of prototype foamy virus, and two flanking integrase dimers that engage the core structure via their integrase carboxy-terminal domains. Contrary to the belief that tetrameric integrase components are sufficient to catalyse integration, the flanking integrase dimers were necessary for mouse mammary tumour virus integrase activity. The integrase octamer solves a conundrum for betaretroviruses as well as alpharetroviruses by providing critical carboxy-terminal domains to the intasome core that cannot be provided in cis because of evolutionarily restrictive catalytic core domain-carboxy-terminal domain linker regions. The octameric architecture of the intasome of mouse mammary tumour virus provides new insight into the structural basis of retroviral DNA integration.
履歴
登録2015年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2016年2月17日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6440.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the full octameric MMTV intasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.0317705 - 0.11796439
平均 (標準偏差)-0.00048652 (±0.00419351)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.360335.360335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-8211244
NX/NY/NZ115138149
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0320.118-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex

全体名称: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex
要素
  • 試料: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex
  • タンパク質・ペプチド: betaretroviral integrase
  • DNA: MMTV U5 DNA end

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超分子 #1000: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex

超分子名称: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Integrase octamer bound to two vDNA strands / Number unique components: 2
分子量実験値: 318.9 MDa / 理論値: 313.6 MDa / 手法: sedimentation velocity centrifugation

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分子 #1: betaretroviral integrase

分子名称: betaretroviral integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MMTV IN / コピー数: 8 / 集合状態: octamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
別称: MMTV
分子量理論値: 36 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: PC2 / 組換プラスミド: pET-15b

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分子 #2: MMTV U5 DNA end

分子名称: MMTV U5 DNA end / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: viral DNA / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
別称: MMTV
分子量理論値: 13 KDa
配列文字列:
CAGGTCGGCC GACTGCGGCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 25 uM ZnCl2, 10 mM CaCl2
グリッド詳細: 400 mesh C-flat, plasma-treated for 6 seconds
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: 3 uL of sample was applied to the grid, adsorbed for 30 seconds, blotted, and plunge-frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using Leginon, and coma-free alignment was established.
日付2016年4月15日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 2714 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 詳細: Local FSC values range from 5 to 6 Angstrom. / 使用した粒子像数: 41475
最終 角度割当詳細: Frealign, phi, theta, psi

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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