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万見
- EMDB-6435: VHH complexes with poliovirus: cryo-electron microscopy studies a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6435
タイトルVHH complexes with poliovirus: cryo-electron microscopy studies at near-atomic resolution
マップデータReconstruction of VHH-poliovirus (PVSS21E - Mahoney Type 1)
試料
  • 試料: Nanobody PVSS21E in complex with poliovirus P1/Mahoney
  • ウイルス: Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: PVSS21E
キーワードpoliovirus / nanobodies / VHH / neutralizing antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) / Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Strauss M / Schotte L / Thys B / Filman DJ / Hogle JM
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2016
タイトル: Five of Five VHHs Neutralizing Poliovirus Bind the Receptor-Binding Site.
著者: Mike Strauss / Lise Schotte / Bert Thys / David J Filman / James M Hogle /
要旨: Nanobodies, or VHHs, that recognize poliovirus type 1 have previously been selected and characterized as candidates for antiviral agents or reagents for standardization of vaccine quality control. In ...Nanobodies, or VHHs, that recognize poliovirus type 1 have previously been selected and characterized as candidates for antiviral agents or reagents for standardization of vaccine quality control. In this study, we present high-resolution cryo-electron microscopy reconstructions of poliovirus with five neutralizing VHHs. All VHHs bind the capsid in the canyon at sites that extensively overlap the poliovirus receptor-binding site. In contrast, the interaction involves a unique (and surprisingly extensive) surface for each of the five VHHs. Five regions of the capsid were found to participate in binding with all five VHHs. Four of these five regions are known to alter during the expansion of the capsid associated with viral entry. Interestingly, binding of one of the VHHs, PVSS21E, resulted in significant changes of the capsid structure and thus seems to trap the virus in an early stage of expansion.
IMPORTANCE: We describe the cryo-electron microscopy structures of complexes of five neutralizing VHHs with the Mahoney strain of type 1 poliovirus at resolutions ranging from 3.8 to 6.3Å. All five ...IMPORTANCE: We describe the cryo-electron microscopy structures of complexes of five neutralizing VHHs with the Mahoney strain of type 1 poliovirus at resolutions ranging from 3.8 to 6.3Å. All five VHHs bind deep in the virus canyon at similar sites that overlap extensively with the binding site for the receptor (CD155). The binding surfaces on the VHHs are surprisingly extensive, but despite the use of similar binding surfaces on the virus, the binding surface on the VHHs is unique for each VHH. In four of the five complexes, the virus remains essentially unchanged, but for the fifth there are significant changes reminiscent of but smaller in magnitude than the changes associated with cell entry, suggesting that this VHH traps the virus in a previously undescribed early intermediate state. The neutralizing mechanisms of the VHHs and their potential use as quality control agents for the end game of poliovirus eradication are discussed.
履歴
登録2015年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2016年1月27日-
更新2016年3月30日-
現状2016年3月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0088
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0088
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbg
  • 表面レベル: 0.0088
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jbg
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6435.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 500 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of VHH-poliovirus (PVSS21E - Mahoney Type 1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.99 Å/pix.
x 512 pix.
= 504.32 Å		0.99 Å/pix.
x 512 pix.
= 504.32 Å		0.99 Å/pix.
x 512 pix.
= 504.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.985 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0088 / ムービー #1: 0.0088
最小 - 最大-0.02721315 - 0.05364892
平均 (標準偏差)-0.00113853 (±0.00435797)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 504.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9850.9850.985
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.320504.320504.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0270.054-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nanobody PVSS21E in complex with poliovirus P1/Mahoney

全体名称: Nanobody PVSS21E in complex with poliovirus P1/Mahoney
要素
  • 試料: Nanobody PVSS21E in complex with poliovirus P1/Mahoney
  • ウイルス: Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: PVSS21E

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超分子 #1000: Nanobody PVSS21E in complex with poliovirus P1/Mahoney

超分子名称: Nanobody PVSS21E in complex with poliovirus P1/Mahoney
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 1
集合状態: 60 nanobody VHH monomers bind to each poliovirion
Number unique components: 2
分子量実験値: 9.0 MDa / 理論値: 9.0 MDa / 手法: 1

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超分子 #1: Human poliovirus 1

超分子名称: Human poliovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: poliovirus
詳細: The viral capsid is decorated with 60 copies of a single-domain antibody (PVSS21E).
NCBI-ID: 12080 / 生物種: Human poliovirus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: poliovirus / Sci species serotype: 1
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 7 MDa / 理論値: 7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 350 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: PVSS21E

分子名称: PVSS21E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: nanobody, VHH
詳細: 60 copies of this single-domain antibody are attached to the viral capsid.
コピー数: 60 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) / 別称: camel / 組織: blood / 細胞: lymocytes
分子量実験値: 15 KDa / 理論値: 15 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: WK6 / 組換プラスミド: pHEN6(c)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 145 mM NaCl, 50 mM Na2HPO4.12H2O
グリッド詳細: C-flat 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 154 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: 4 second blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 110 K / 平均: 80 K
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細Gatan K2 operated in Super-resolution mode
日付2013年11月27日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / 実像数: 300 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 25380.7 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.4 µm / 倍率（公称値）: 23000
試料ステージ試料ホルダー: Polara holder / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were processed using Frealign.
CTF補正詳細: per particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 24717

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3qxu

ソフトウェア名称: COOT, SPDBV, REFMAC5
詳細Using stereochemically and icosahedrally restrained maximum likelihood refinement in REFMAC5, a representative subset of the full atomic model with all neighbors present was built and refined to fit the corresponding subset of the experimental map. Portions of the model whose density resembled a structural homolog were identified and restrained to agree with the homolog. Detailed atomic models were constructed in areas of difference wherever the resolution of the map permitted. The Fourier-amplitude-weighted average cosine of the phase discrepancy was tracked.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: ML agreement with Fourier amplitudes and phases
得られたモデル

PDB-3jbg:
Complex of poliovirus with VHH PVSS21E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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