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万見
- EMDB-6372: JRFL Env SOSIP.664 in complex with CD4-binding site broadly neutr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6372
タイトルJRFL Env SOSIP.664 in complex with CD4-binding site broadly neutralizing antibody DRVIA7
マップデータHIV-1 soluble Env SOSIP trimer in complex with broadly neutralizing antibody DRVIA7 Fab
試料
  • 試料: Fab of broadly neutralizing antibody DRVIA7 in complex with HIV-1 JRFL Env SOSIP.664 trimer
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Env SOSIP gp140
  • タンパク質・ペプチド: DRVIA7 anti-HIV antibody Fab
キーワードHIV-1 / Env / broadly-neutralizing antibody / CD4 binding site / SOSIP
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Ozorowski G / Ward AB
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Key gp120 Glycans Pose Roadblocks to the Rapid Development of VRC01-Class Antibodies in an HIV-1-Infected Chinese Donor.
著者: Leopold Kong / Bin Ju / Yajing Chen / Linling He / Li Ren / Jiandong Liu / Kunxue Hong / Bin Su / Zheng Wang / Gabriel Ozorowski / Xiaolin Ji / Yuanzi Hua / Yanli Chen / Marc C Deller / ...著者: Leopold Kong / Bin Ju / Yajing Chen / Linling He / Li Ren / Jiandong Liu / Kunxue Hong / Bin Su / Zheng Wang / Gabriel Ozorowski / Xiaolin Ji / Yuanzi Hua / Yanli Chen / Marc C Deller / Yanling Hao / Yi Feng / Fernando Garces / Richard Wilson / Kaifan Dai / Sijy O'Dell / Krisha McKee / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt / Yuxing Li / Ian A Wilson / Jiang Zhu / Yiming Shao /
要旨: VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain ...VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain elusive. We demonstrated how VRC01-class antibodies emerged in a Chinese donor by antigen-specific single B cell sorting, structural and functional studies, and longitudinal antibody and virus repertoire analyses. A monoclonal antibody DRVIA7 with modest neutralizing breadth was isolated that displayed a subset of VRC01 signatures. X-ray and EM structures revealed a VRC01-like angle of approach, but less favorable interactions between the DRVIA7 light-chain CDR1 and the N terminus with N276 and V5 glycans of gp120. Although the DRVIA7 lineage was unable to acquire broad neutralization, longitudinal analysis revealed a repertoire-encoded VRC01 light-chain CDR3 signature and VRC01-like neutralizing heavy-chain precursors that rapidly matured within 2 years. Thus, light chain accommodation of the glycan shield should be taken into account in vaccine design targeting this conserved site of vulnerability.
履歴
登録2015年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月19日-
マップ公開2016年4月27日-
更新2016年5月4日-
現状2016年5月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6372.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 soluble Env SOSIP trimer in complex with broadly neutralizing antibody DRVIA7 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.98 Å/pix.
x 160 pix.
= 316.8 Å		1.98 Å/pix.
x 160 pix.
= 316.8 Å		1.98 Å/pix.
x 160 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.300000000000001 / ムービー #1: 12.3
最小 - 最大-17.831092829999999 - 54.103721620000002
平均 (標準偏差)0.46472159 (±4.16127872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.981.981.98
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-17.83154.1040.465

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab of broadly neutralizing antibody DRVIA7 in complex with HIV-1...

全体名称: Fab of broadly neutralizing antibody DRVIA7 in complex with HIV-1 JRFL Env SOSIP.664 trimer
要素
  • 試料: Fab of broadly neutralizing antibody DRVIA7 in complex with HIV-1 JRFL Env SOSIP.664 trimer
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Env SOSIP gp140
  • タンパク質・ペプチド: DRVIA7 anti-HIV antibody Fab

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超分子 #1000: Fab of broadly neutralizing antibody DRVIA7 in complex with HIV-1...

超分子名称: Fab of broadly neutralizing antibody DRVIA7 in complex with HIV-1 JRFL Env SOSIP.664 trimer
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Incubated Fab with trimer overnight at room temperature prior to placing on grid.
集合状態: Trimer of JRFL SOSIP.664 with one Fab bound to each protomer
Number unique components: 2
分子量理論値: 570 KDa

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分子 #1: HIV-1 Env SOSIP gp140

分子名称: HIV-1 Env SOSIP gp140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SOSIP.664 / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: JRFL / 別称: HIV-1
分子量理論値: 420 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #2: DRVIA7 anti-HIV antibody Fab

分子名称: DRVIA7 anti-HIV antibody Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.4, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids containing adsorbed protein were treated with 3 uL of 2% w/v uranyl formate for 60 seconds. Uranyl formate was then removed with blotting paper.
グリッド詳細: Glow-discharged CU400 copper grids with carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 73,000 magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
詳細A series of tilts from 0 to 50 degrees in 10 degree increments was collected to increase side views.
日付2015年4月6日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 実像数: 142 / 平均電子線量: 25.05 e/Å2
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -50

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画像解析

詳細Particles were selected automatically using DogPicker. Initial 2D class averages were inspected; those displaying complexes of trimer with Fab were subjected another round of classification. Only classes that clearly showed two or three Fabs per trimer were used for reconstruction.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Sparx / 使用した粒子像数: 10685

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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