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万見
- EMDB-6356: Electron cryo-microscopy of Chikungunya virus-like particles in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6356
タイトルElectron cryo-microscopy of Chikungunya virus-like particles in complex with neutralizing antibody Fab 5F10
マップデータCHIK-VLP complexed to Fab 5F10
試料
  • 試料: Fab fragment of monoclonal antibody 5F10 bound to Chikungunya virus-like particles
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody Fab 5F10
キーワードVirus-like particle / Chikungunya / Fab / Antibody
生物種Homo sapiens (ヒト) / Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.1 Å
データ登録者Porta JC / Mangala Prasad V / Akahata W / Wang CI / Ng L / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2016
タイトル: Structural Studies of Chikungunya Virus-Like Particles Complexed with Human Antibodies: Neutralization and Cell-to-Cell Transmission.
著者: Jason Porta / Vidya Mangala Prasad / Cheng-I Wang / Wataru Akahata / Lisa F P Ng / Michael G Rossmann /
要旨: Chikungunya virus is a positive-stranded RNA alphavirus. Structures of chikungunya virus-like particles in complex with strongly neutralizing antibody Fab fragments (8B10 and 5F10) were determined ...Chikungunya virus is a positive-stranded RNA alphavirus. Structures of chikungunya virus-like particles in complex with strongly neutralizing antibody Fab fragments (8B10 and 5F10) were determined using cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. By fitting the crystallographically determined structures of these Fab fragments into the cryo-electron density maps, we show that Fab fragments of antibody 8B10 extend radially from the viral surface and block receptor binding on the E2 glycoprotein. In contrast, Fab fragments of antibody 5F10 bind the tip of the E2 B domain and lie tangentially on the viral surface. Fab 5F10 fixes the B domain rigidly to the surface of the virus, blocking exposure of the fusion loop on glycoprotein E1 and therefore preventing the virus from becoming fusogenic. Although Fab 5F10 can neutralize the wild-type virus, it can also bind to a mutant virus without inhibiting fusion or attachment. Although the mutant virus is no longer able to propagate by extracellular budding, it can, however, enter the next cell by traveling through junctional complexes without being intercepted by a neutralizing antibody to the wild-type virus, thus clarifying how cell-to-cell transmission can occur.
IMPORTANCE: Alphaviral infections are transmitted mainly by mosquitoes. Chikungunya virus (CHIKV), which belongs to the Alphavirus genus, has a wide distribution in the Old World that has expanded in ...IMPORTANCE: Alphaviral infections are transmitted mainly by mosquitoes. Chikungunya virus (CHIKV), which belongs to the Alphavirus genus, has a wide distribution in the Old World that has expanded in recent years into the Americas. There are currently no vaccines or drugs against alphaviral infections. Therefore, a better understanding of CHIKV and its associated neutralizing antibodies will aid in the development of effective treatments.
履歴
登録2015年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月19日-
マップ公開2015年11月18日-
更新2016年6月22日-
現状2016年6月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6356.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CHIK-VLP complexed to Fab 5F10
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 360 pix.
= 1080. Å		3 Å/pix.
x 360 pix.
= 1080. Å		3 Å/pix.
x 360 pix.
= 1080. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.89509726 - 3.27364659
平均 (標準偏差)0.00009319 (±0.40813154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-179-179-179
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 1080.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1080.0001080.0001080.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-179-179-179
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-3.8953.2740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab fragment of monoclonal antibody 5F10 bound to Chikungunya vir...

全体名称: Fab fragment of monoclonal antibody 5F10 bound to Chikungunya virus-like particles
要素
  • 試料: Fab fragment of monoclonal antibody 5F10 bound to Chikungunya virus-like particles
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: neutralizing antibody Fab 5F10

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超分子 #1000: Fab fragment of monoclonal antibody 5F10 bound to Chikungunya vir...

超分子名称: Fab fragment of monoclonal antibody 5F10 bound to Chikungunya virus-like particles
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 5.25 MDa

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CHIK-VLP / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: LR2006 OPY-1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: CHIK-VLP
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Cricetinae (ネズミ) / 組換細胞: BHK-15 / 組換プラスミド: E37997, Eopy-1
分子量実験値: 5.25 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: E1E2 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: neutralizing antibody Fab 5F10

分子名称: neutralizing antibody Fab 5F10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: PBS
グリッド詳細: 400 mesh Cu holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 96,000 times magnification.
日付2014年6月3日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / 実像数: 102 / 平均電子線量: 22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 60521 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.35 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.185 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen-cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 1621
最終 2次元分類クラス数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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