[日本語] English
万見
- EMDB-6334: Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6334
タイトルNegative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in ATPgS in the presence of wild-type Ubp6 protein
マップデータNegative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in ATPgS in the presence of wild-type Ubp6 protein
試料
  • 試料: Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in ATPgS in the presence of wild-type Ubp6 protein
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome
キーワードProteasome / UPS / Ubp6 / deubiquitinase / regulatory particle
機能・相同性proteasome regulatory particle / Proteasome, subunit alpha/beta
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.2 Å
データ登録者Bashore C / Dambacher CM / Matyskiela M / Lander GC / Martin A
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Ubp6 deubiquitinase controls conformational dynamics and substrate degradation of the 26S proteasome.
著者: Charlene Bashore / Corey M Dambacher / Ellen A Goodall / Mary E Matyskiela / Gabriel C Lander / Andreas Martin /
要旨: Substrates are targeted for proteasomal degradation through the attachment of ubiquitin chains that need to be removed by proteasomal deubiquitinases before substrate processing. In budding yeast, ...Substrates are targeted for proteasomal degradation through the attachment of ubiquitin chains that need to be removed by proteasomal deubiquitinases before substrate processing. In budding yeast, the deubiquitinase Ubp6 trims ubiquitin chains and affects substrate processing by the proteasome, but the underlying mechanisms and the location of Ubp6 within the holoenzyme have been elusive. Here we show that Ubp6 activity strongly responds to interactions with the base ATPase and the conformational state of the proteasome. Electron microscopy analyses reveal that ubiquitin-bound Ubp6 contacts the N ring and AAA+ ring of the ATPase hexamer and is in proximity to the deubiquitinase Rpn11. Ubiquitin-bound Ubp6 inhibits substrate deubiquitination by Rpn11, stabilizes the substrate-engaged conformation of the proteasome and allosterically interferes with the engagement of a subsequent substrate. Ubp6 may thus act as a ubiquitin-dependent 'timer' to coordinate individual processing steps at the proteasome and modulate substrate degradation.
履歴
登録2015年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月13日-
マップ公開2015年8月12日-
更新2015年9月16日-
現状2015年9月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6334.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in ATPgS in the presence of wild-type Ubp6 protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 224 pix.
= 918.4 Å		4.1 Å/pix.
x 224 pix.
= 918.4 Å		4.1 Å/pix.
x 224 pix.
= 918.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.9 / ムービー #1: 3.9
最小 - 最大-26.71676064 - 25.37760544
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-112-112-112
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 918.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z918.400918.400918.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-112-112-112
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-26.71725.378-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in A...

全体名称: Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in ATPgS in the presence of wild-type Ubp6 protein
要素
  • 試料: Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in ATPgS in the presence of wild-type Ubp6 protein
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome

-
超分子 #1000: Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in A...

超分子名称: Negative stain 3D reconstruction of the yeast 26S proteasome in ATPgS in the presence of wild-type Ubp6 protein
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse.
集合状態: One to two 19S regulatory particles associates with the core particle to form a functional holoenzyme
Number unique components: 1
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

-
分子 #1: 26S proteasome

分子名称: 26S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Proteasome Holoenzyme
詳細: Samples of 26S holoenzyme were incubated with wild-type Ubp6 protein in the presence of ATPgS, then diluted to ~25 nM for analysis by negative stain electron microscopy.
コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YYS40 / 別称: yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa
配列GO: proteasome regulatory particle / InterPro: Proteasome, subunit alpha/beta

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 60 mM HEPES, pH 7.6, 50 mM NaCl, 50 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 1 mM TCEP, 1 mM ATPgS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 4 uL of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removal of excess protein, negative staining was ...詳細: 4 uL of sample was applied to a freshly plasma-cleaned thin carbon surface pre-treated with 0.1% w/v poly-L-lysine hydrobromide. After removal of excess protein, negative staining was performed using 2% w/v uranyl formate solution.
グリッド詳細: 400 mesh Cu-Rh Maxtaform grids were used following deposition of a thin continuous carbon film.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度最低: 294 K / 最高: 297 K / 平均: 295 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 52,000 times magnification.
日付2014年8月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / 実像数: 214 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: Automated imaging was performed using Leginon software.
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: Room temperature, side entry holder / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細The Appion software package was used for image processing leading to 3D reconstruction. Particles were selected from raw micrographs using the Difference of Gaussians (DoG)-based automated particle picker. The stack was subjected to five rounds of iterative 2D alignment and classification using multivariate statistical analysis (MSA) and multi-reference alignment (MRA). The selected particle stack was subjected to twenty-five iterations of 3D classification, requesting four classes using the Relion suite. Particles comprising well-resolved 3D class averages were used for further refinement by projection matching in Relion.
CTF補正詳細: Phase flipping of whole micrographs
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion
詳細: Final 3D models were refined using 9000 particles selected by combining two of the 3D classes from Relion processing.
使用した粒子像数: 9000
最終 2次元分類クラス数: 4

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る