[日本語] English
万見
- EMDB-63295: Cryo-EM structure of NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63295
タイトルCryo-EM structure of NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex
マップデータ
試料
  • 複合体: NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードCRISPR-Cas complex / adaptive immunity / RNA degradation / second messenger / IMMUNE SYSTEM/RNA / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster ...CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5 / RAMP superfamily protein / Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2 / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Cmr3 / Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Jin X / Duan B / Chen Z / Zhao B
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanisms of SAM-AMP synthesis and degradation in antiviral type III CRISPR signaling.
著者: Duan B / Jin X / Chen Z / Zhao B
履歴
登録2025年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_63295.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.1616595 - 37.045499999999997
平均 (標準偏差)-0.005051995 (±0.59667796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 335.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63295_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_63295_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex

全体名称: NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex
要素
  • 複合体: NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex
    • タンパク質・ペプチド: Cmr1
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Cmr3
    • タンパク質・ペプチド: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
    • タンパク質・ペプチド: RAMP superfamily protein
    • RNA: NTR
    • RNA: crRNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

+
超分子 #1: NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex

超分子名称: NTR-bound type III-B CRISPR-Cas effector complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)

+
分子 #1: Cmr1

分子名称: Cmr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 55.34025 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNQLTAILKQ HTPMIHFQHN ESGATLRASE VKPLLDKFIL TKLGNGDIRE GRLYAKKNNW LIDNEKNYAL NYKLSISLQK KSRLEYLIT SSTFPLPTER PSNFFTIQNS PYFAQEKCVG INTNSTIILK KSNSDPRKKE AEFKEKNWSQ IDKKGLEWQD F TIKIFSLK ...文字列:
MNQLTAILKQ HTPMIHFQHN ESGATLRASE VKPLLDKFIL TKLGNGDIRE GRLYAKKNNW LIDNEKNYAL NYKLSISLQK KSRLEYLIT SSTFPLPTER PSNFFTIQNS PYFAQEKCVG INTNSTIILK KSNSDPRKKE AEFKEKNWSQ IDKKGLEWQD F TIKIFSLK GDLINKIQTY LPAFFICHNF GTRNNKGFGS FTVEYINNQK NICNVEDTLK ENFAFVYKKK IALSRQSTLD FI YIYNQIF STIKKDYQIL KSGYNFRNEY IKSLLFCYFV SKYPNYRWEK RKMKQLIKAR GYELKGDHSP ISGIRENDNS WND PNPNGY NYAYIRAILG LAEQYEFQLE TPYQKAIVKI KSANNCISRY KSPLLFKIIN NSIYLVGNEI NTEILNKPFQ YSYI EQTKN KNMRTGKSEI TERTMHINEI EMNYKNRINY HYTPTSFSLI DFMQYAMSYK KNGKNILNYI PLKQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2

分子名称: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: deletioins / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 69.247078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKYIAITLGP ITRTIEMAES TKELWAASYF FSYLAKKIVE PFVKKNRTFQ LPLINEEMQK PHCGAGLFPD RYIFKSEPGD LELLKQHSD QVLIEIAGHI ASPSLPGTAK DVSQIYHYLK SYIKIYFIER TLESDDPHVV IPACEKYLNI IENQETFPEQ E ETMISHQK ...文字列:
MKYIAITLGP ITRTIEMAES TKELWAASYF FSYLAKKIVE PFVKKNRTFQ LPLINEEMQK PHCGAGLFPD RYIFKSEPGD LELLKQHSD QVLIEIAGHI ASPSLPGTAK DVSQIYHYLK SYIKIYFIER TLESDDPHVV IPACEKYLNI IENQETFPEQ E ETMISHQK SDFLKFLITN VNGKIYRKDK NSIPRFTGSF LTRDAFGDMN GERLFESILE ISASELNINI QQKALEVITA NE KNKGEKY SDQIWDAEEI ILNDNKAQLR PYHKYIAIIK SDGDSMGETI KSMGAYNIPI TQLSKALLSF NIESINEIVA YGG KPIFIG GDDLLCFAPV CCNGNNVFNL VEKLSTCFDQ CINQHLQQYI NACSEAQRPL PSLSFGISIT YHKYPMFEAL HTTD YLLEM VAKDNLFKYT LSNKNILNEN MKRFILKNKL AFSLQKHSGQ IYHTAMSKKG KSYVKFNMLL QKYILKNKDM SKTQE SEKF LSSVIQMIRA HAEILQIILQ NEDKRTEMLK NYFDNNFNES CHLGYTGLFE DIQTLLCLRY QENIQDYQNR NEIIQQ NTI LTSDEKEILI VSPAMDAIHT IFTALQFIHF INYNKDE

UniProtKB: Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2

+
分子 #3: CRISPR-associated protein Cmr3

分子名称: CRISPR-associated protein Cmr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: deletions / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 49.059207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSHHHHHHHH DGKPIPNPLL GLDSTGSDQT ENSGENLYFQ GANAMNRHYL ITLTPMDWFF FGGERTLDDG KSADYISHSN KFPQQSALL GMIRYQLLKQ HNLLSQFPYT ENKPTEKEIM KTLIGEQSFR MTERKAKSLG LGVIKQISPL MLIECKDDTS S RSIYFPLP ...文字列:
MSHHHHHHHH DGKPIPNPLL GLDSTGSDQT ENSGENLYFQ GANAMNRHYL ITLTPMDWFF FGGERTLDDG KSADYISHSN KFPQQSALL GMIRYQLLKQ HNLLSQFPYT ENKPTEKEIM KTLIGEQSFR MTERKAKSLG LGVIKQISPL MLIECKDDTS S RSIYFPLP LDDGYKVSFN ETSNEDKVFY NGIECPIPNV YPASEEQDSG NQKRKFFDHK TYNNYLFWCT QGNNQIKKLL SD EIWISKM QIGITKHVEE GEDNDKSFYK QEFLQLKKSF IYAFYITLSG ESELSSDIIQ LGGQRSVFRM EVESIEENSD IQE KYQTAA QFLTQSDRLL ILSPTYVDNL KELSALCNFM WSDSIVFRNI QTTNASNFYG KPIKSSSKYH FLKPGSVLYF KQGK RKEVE KLLMDYTYLR LSGYNIYI

UniProtKB: CRISPR-associated protein Cmr3

+
分子 #4: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4

分子名称: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 31.537041 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTRMYVINT LSNMHVGSGE VNYGVIANLI QRDSVTNLPN INSSGLKGAI REYFKENEDL VRELFGSAPR DEKTLPGKVR FFEANLLSM PVRSDKVPFL MAISDEVLQE LITKMKFFNC EEATQYISHL STLLDNIKTQ AQGTDFAYVF DPLLQGAIIE E VSIRATCP ...文字列:
MTTRMYVINT LSNMHVGSGE VNYGVIANLI QRDSVTNLPN INSSGLKGAI REYFKENEDL VRELFGSAPR DEKTLPGKVR FFEANLLSM PVRSDKVPFL MAISDEVLQE LITKMKFFNC EEATQYISHL STLLDNIKTQ AQGTDFAYVF DPLLQGAIIE E VSIRATCP SHIPLQPSLK KLLGDRLVIL SHKYFSILSD DNHLPVLSRN NLENGQSANL WYEQVLPRYS RLYFMLMDGN AQ SEYLKKF RDTLCTPSTI IQIGANASIG YGYCQISELS PF

UniProtKB: Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4

+
分子 #5: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5

分子名称: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 15.273493 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKISKKQIEY AIEALRANNI ITNDNQYPKV FKGYISSFGA AVIQSGLIPA IIFFENEDND ANADRHKIIG VLKDIINAMR QQYTVTDAT ILVSSQIPAN YSMAQYIIEH GNTDQLLKEI TEAAVAMKLA LRMYKSE

UniProtKB: CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5

+
分子 #6: RAMP superfamily protein

分子名称: RAMP superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 35.951883 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPKNYTLQNA SNLGWLFYKD YYRQEPNVDF ISTQGKESDT TADFFRKTNQ RITAYQLNSE SPLVAAFNNH FGTPLQLKTI YPGLITGSG LPHQTGSKGE FKLGFQFDYT TGLPYIPGSS IKGTLRSMFP FSLKDKGSTK RILPEYRKER MEYIRDLIIE V TNINEISD ...文字列:
MPKNYTLQNA SNLGWLFYKD YYRQEPNVDF ISTQGKESDT TADFFRKTNQ RITAYQLNSE SPLVAAFNNH FGTPLQLKTI YPGLITGSG LPHQTGSKGE FKLGFQFDYT TGLPYIPGSS IKGTLRSMFP FSLKDKGSTK RILPEYRKER MEYIRDLIIE V TNINEISD TEIQALEYAI FTNSTPSGKT IEFSLEEKDV FYDAFVADSK DGVMLSDDYI TPHGENPLKD PKPILFLKIR PD VTINFYF KLCTTHLYKE KVCSSKQIEE IKKQNDFSSS DYKMITAHQK RNLFEKILLC IGIGAKTNIG YGQLKKL

UniProtKB: RAMP superfamily protein

+
分子 #7: NTR

分子名称: NTR / タイプ: rna / ID: 7 / 詳細: deletions / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 15.672396 KDa
配列文字列:
CACAAGGGAC GCCACUUCAU GGAAAUAAAU CACUCACGAA UGUCUUAAU

+
分子 #8: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 8 / 詳細: deletions / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 15.671214 KDa
配列文字列:
AUUAAGACAU UCGUGAGUGA UUUAUUUCCA UGAAGUGGCG UCCCUUGUG

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

+
分子 #11: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67694
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る