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万見
- EMDB-6262: p300 binding with antibody 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6262
タイトルp300 binding with antibody 1
マップデータp300 bound to antibody 1
試料
  • 試料: p300 bound to antibody 1
  • タンパク質・ペプチド: histone acetyltransferase p300
  • タンパク質・ペプチド: antibody 1
キーワードp300 / Estrogen Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


core promoter sequence-specific DNA binding => GO:0001046 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / : / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / nuclear receptor binding => GO:0016922 / : / : / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / : / : ...core promoter sequence-specific DNA binding => GO:0001046 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / : / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / nuclear receptor binding => GO:0016922 / : / : / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / : / : / positive regulation of sarcomere organization / protein binding / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / protein-DNA complex assembly / behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / thigmotaxis / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / regulation of angiotensin metabolic process / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / response to fatty acid / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / response to cobalt ion / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / protein N-acetyltransferase activity / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / TGFBR3 expression / positive regulation by host of viral transcription / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / digestive tract development / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Nuclear events mediated by NFE2L2 / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / face morphogenesis / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / positive regulation of DNA binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / protein-lysine-acetyltransferase activity / STAT family protein binding / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / protein acetylation / Formation of paraxial mesoderm / transcription factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / PI5P Regulates TP53 Acetylation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / fat cell differentiation / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / : / positive regulation of proteolysis / RUNX3 regulates p14-ARF / response to tumor necrosis factor / histone acetyltransferase complex / positive regulation of collagen biosynthetic process / canonical NF-kappaB signal transduction / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of cell size / positive regulation of type I interferon production / viral process
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å
データ登録者Yi P / Wang Z / Feng Q / Pintilie GD / Foulds CE / Lanz RB / Ludtke SJ / Schmid MF / Chiu W / O'Malley BW
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Structure of a biologically active estrogen receptor-coactivator complex on DNA.
著者: Ping Yi / Zhao Wang / Qin Feng / Grigore D Pintilie / Charles E Foulds / Rainer B Lanz / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Wah Chiu / Bert W O'Malley /
要旨: Estrogen receptor (ER/ESR1) is a transcription factor critical for development, reproduction, metabolism, and cancer. ER function hinges on its ability to recruit primary and secondary coactivators, ...Estrogen receptor (ER/ESR1) is a transcription factor critical for development, reproduction, metabolism, and cancer. ER function hinges on its ability to recruit primary and secondary coactivators, yet structural information on the full-length receptor-coactivator complex to complement preexisting and sometimes controversial biochemical information is lacking. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine the quaternary structure of an active complex of DNA-bound ERα, steroid receptor coactivator 3 (SRC-3/NCOA3), and a secondary coactivator (p300/EP300). Our structural model suggests the following assembly mechanism for the complex: each of the two ligand-bound ERα monomers independently recruits one SRC-3 protein via the transactivation domain of ERα; the two SRC-3s in turn bind to different regions of one p300 protein through multiple contacts. We also present structural evidence for the location of activation function 1 (AF-1) in a full-length nuclear receptor, which supports a role for AF-1 in SRC-3 recruitment.
履歴
登録2015年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月18日-
マップ公開2015年8月26日-
更新2015年8月26日-
現状2015年8月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6262.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈p300 bound to antibody 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 432. Å		2.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 432. Å		2.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 4.1 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-10.02990818 - 13.331440929999999
平均 (標準偏差)0.14959267 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-114-89
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.162.162.16
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-114-96-89
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-10.03013.3310.150

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : p300 bound to antibody 1

全体名称: p300 bound to antibody 1
要素
  • 試料: p300 bound to antibody 1
  • タンパク質・ペプチド: histone acetyltransferase p300
  • タンパク質・ペプチド: antibody 1

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超分子 #1000: p300 bound to antibody 1

超分子名称: p300 bound to antibody 1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa

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分子 #1: histone acetyltransferase p300

分子名称: histone acetyltransferase p300 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EP300 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: sf9
配列UniProtKB: Histone acetyltransferase p300
GO: chromatin, cytoplasm, histone acetyltransferase complex, nucleoplasm, nucleus, protein-DNA complex, transcription regulator complex, acetyltransferase activity, DNA-binding transcription factor ...GO: chromatin, cytoplasm, histone acetyltransferase complex, nucleoplasm, nucleus, protein-DNA complex, transcription regulator complex, acetyltransferase activity, DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297, nuclear androgen receptor binding, antigen binding, beta-catenin binding, chromatin binding, chromatin DNA binding, core promoter sequence-specific DNA binding => GO:0001046, DNA binding, histone acetyltransferase activity, L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor, nuclear receptor binding => GO:0016922, protein binding, RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629, RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding, transcription coactivator activity, transcription factor binding, acyltransferase activity, zinc ion binding, apoptotic process, cellular response to hydrogen peroxide, cellular response to hypoxia, GO: 0071407, chromatin organization, circadian rhythm, digestive tract development, G2/M transition of mitotic cell cycle, heart development, GO: 0043969, GO: 0043967, innate immune response, internal peptidyl-lysine acetylation, internal protein amino acid acetylation, intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator, liver development, lung development, mitotic cell cycle, N-terminal peptidyl-lysine acetylation, negative regulation of transcription by RNA polymerase II, nervous system development, Notch signaling pathway, animal organ morphogenesis, positive regulation by host of viral transcription, positive regulation of axon extension, GO: 0010942, positive regulation of cell size, positive regulation of collagen biosynthetic process, positive regulation of DNA binding, positive regulation of glycoprotein biosynthetic process, positive regulation of protein binding, GO: 0033160, positive regulation of protein phosphorylation, positive regulation of protein secretion, positive regulation of proteolysis, positive regulation of sarcomere organization, positive regulation of DNA-binding transcription factor activity, positive regulation of transcription by RNA polymerase II, positive regulation of translation, positive regulation of type I interferon production, phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction, protein-DNA complex assembly, regulation of androgen receptor signaling pathway, regulation of angiotensin metabolic process, regulation of cell cycle, GO: 0061418, regulation of DNA-templated transcription, regulation of tubulin deacetylation, response to calcium ion, response to cobalt ion, response to xenobiotic stimulus => GO:0009410, response to estrogen, response to ethanol, response to fatty acid, response to glucocorticoid, response to glucose, response to hypoxia, response to retinoic acid, response to tumor necrosis factor, skeletal muscle tissue development, somitogenesis, DNA-templated transcription, viral process
InterPro: Bromodomain, Bromodomain, conserved site, CREB-binding protein/p300, atypical RING domain, Histone acetyltransferase Rtt109/CBP, Coactivator CBP, KIX domain, Nuclear receptor coactivator, ...InterPro: Bromodomain, Bromodomain, conserved site, CREB-binding protein/p300, atypical RING domain, Histone acetyltransferase Rtt109/CBP, Coactivator CBP, KIX domain, Nuclear receptor coactivator, interlocking, Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking, Zinc finger, TAZ-type, Zinc finger, ZZ-type

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分子 #2: antibody 1

分子名称: antibody 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-CL, 5% glycerol, 100 mM KCl, 1 mM DTT, 0.2 mM EDTA
グリッド詳細: continuous carbon film on 200 mesh 1.2/1.3 Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1 second before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 90 K / 最高: 105 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
日付2012年12月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 131 / 平均電子線量: 25 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: 60 degree holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細EMAN2
CTF補正詳細: per frame
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION / 使用した粒子像数: 1654

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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