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万見
- EMDB-6186: Electron cryo-microscopy of Terebralia palustris mega-hemocyanin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6186
タイトルElectron cryo-microscopy of Terebralia palustris mega-hemocyanin
マップデータReconstruction of Terebralia palustris mega-hemocyanin
試料
  • 試料: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH)
  • タンパク質・ペプチド: Mega-hemocyanin long-chain
  • タンパク質・ペプチド: Mega-hemocyanin short-chain
キーワードoxygen transport / origami
生物種Terebralia palustris (キバウミニナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Gatsogiannis C / Hofnagel O / Markl J / Raunser S
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of mega-hemocyanin reveals protein origami in snails.
著者: Christos Gatsogiannis / Oliver Hofnagel / Jürgen Markl / Stefan Raunser /
要旨: Mega-hemocyanin is a 13.5 MDa oxygen transporter found in the hemolymph of some snails. Similar to typical gastropod hemocyanins, it is composed of 400 kDa building blocks but has additional ...Mega-hemocyanin is a 13.5 MDa oxygen transporter found in the hemolymph of some snails. Similar to typical gastropod hemocyanins, it is composed of 400 kDa building blocks but has additional 550 kDa subunits. Together, they form a large, completely filled cylinder. The structural basis for this highly complex protein packing is not known so far. Here, we report the electron cryomicroscopy (cryo-EM) structure of mega-hemocyanin complexes from two different snail species. The structures reveal that mega-hemocyanin is composed of flexible building blocks that differ in their conformation, but not in their primary structure. Like a protein origami, these flexible blocks are optimally packed, implementing different local symmetries and pseudosymmetries. A comparison between the two structures suggests a surprisingly simple evolutionary mechanism leading to these large oxygen transporters.
履歴
登録2014年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2014年12月31日-
更新2015年1月14日-
現状2015年1月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Terebralia palustris mega-hemocyanin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.51 Å
密度
表面レベル登録者による: 8.0 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-12.9912653 - 29.262863159999998
平均 (標準偏差)0.50509101 (±2.30213332)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 753.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.512.512.51
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z753.000753.000753.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-12.99129.2630.505

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH)

全体名称: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH)
要素
  • 試料: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH)
  • タンパク質・ペプチド: Mega-hemocyanin long-chain
  • タンパク質・ペプチド: Mega-hemocyanin short-chain

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超分子 #1000: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH)

超分子名称: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH) / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Two peripheral decamers of the short TpH subunit with 8FUs bind to a central decamer of the long TpH subunit with 11 FUs.
Number unique components: 2
分子量実験値: 13 MDa / 理論値: 13 MDa

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分子 #1: Mega-hemocyanin long-chain

分子名称: Mega-hemocyanin long-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Decamer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Terebralia palustris (キバウミニナ)
分子量実験値: 5 MDa / 理論値: 5 MDa

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分子 #2: Mega-hemocyanin short-chain

分子名称: Mega-hemocyanin short-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 集合状態: Decamer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Terebralia palustris (キバウミニナ)
分子量実験値: 4 MDa / 理論値: 4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2
グリッド詳細: C-Flat 2/1-4C copper 400 mesh, with additional thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: in-column Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 15.0 eV
日付2012年3月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)
実像数: 1636 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 124472 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

詳細C5 symmetry was imposed locally after each iteration during the refinement.
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 30527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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