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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6186 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of Terebralia palustris mega-hemocyanin | |||||||||
![]() | Reconstruction of Terebralia palustris mega-hemocyanin | |||||||||
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![]() | oxygen transport / origami | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å | |||||||||
![]() | Gatsogiannis C / Hofnagel O / Markl J / Raunser S | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of mega-hemocyanin reveals protein origami in snails. 著者: Christos Gatsogiannis / Oliver Hofnagel / Jürgen Markl / Stefan Raunser / ![]() 要旨: Mega-hemocyanin is a 13.5 MDa oxygen transporter found in the hemolymph of some snails. Similar to typical gastropod hemocyanins, it is composed of 400 kDa building blocks but has additional ...Mega-hemocyanin is a 13.5 MDa oxygen transporter found in the hemolymph of some snails. Similar to typical gastropod hemocyanins, it is composed of 400 kDa building blocks but has additional 550 kDa subunits. Together, they form a large, completely filled cylinder. The structural basis for this highly complex protein packing is not known so far. Here, we report the electron cryomicroscopy (cryo-EM) structure of mega-hemocyanin complexes from two different snail species. The structures reveal that mega-hemocyanin is composed of flexible building blocks that differ in their conformation, but not in their primary structure. Like a protein origami, these flexible blocks are optimally packed, implementing different local symmetries and pseudosymmetries. A comparison between the two structures suggests a surprisingly simple evolutionary mechanism leading to these large oxygen transporters. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 95 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 725.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Terebralia palustris mega-hemocyanin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH)
全体 | 名称: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH)
超分子 | 名称: Terebralia palustris Mega-Hemocyanin (TpH) / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: Two peripheral decamers of the short TpH subunit with 8FUs bind to a central decamer of the long TpH subunit with 11 FUs. Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 13 MDa / 理論値: 13 MDa |
-分子 #1: Mega-hemocyanin long-chain
分子 | 名称: Mega-hemocyanin long-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Decamer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 5 MDa / 理論値: 5 MDa |
-分子 #2: Mega-hemocyanin short-chain
分子 | 名称: Mega-hemocyanin short-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 集合状態: Decamer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 4 MDa / 理論値: 4 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 5 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: C-Flat 2/1-4C copper 400 mesh, with additional thin carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 3 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification. |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: in-column Omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 15.0 eV |
日付 | 2012年3月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) 実像数: 1636 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 124472 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
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画像解析
詳細 | C5 symmetry was imposed locally after each iteration during the refinement. |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 30527 |