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万見
- EMDB-61241: TSWV L protein in complex with ribavirin 5-triphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61241
タイトルTSWV L protein in complex with ribavirin 5-triphosphate
マップデータ
試料
  • 複合体: TSWV L protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE
キーワードTSWV / L protein / ribavirin 5-triphosphate / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, tospovirus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cao L / Wang X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the activation of plant bunyavirus replication machinery and its dual-targeted inhibition by ribavirin.
著者: Jia Li / Lei Cao / Yaqian Zhao / Jinghan Shen / Lei Wang / Mingfeng Feng / Min Zhu / Yonghao Ye / Richard Kormelink / Xiaorong Tao / Xiangxi Wang /
要旨: Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five ...Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five cryogenic electron microscopy structures of a ~330-kDa RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) from a devastating plant bunyavirus, tomato spotted wilt orthotospovirus (TSWV), including the apo, viral-RNA-bound, base analogue ribavirin-bound and ribavirin-triphosphate-bound states. They reveal that a flexible loop of RdRp's motif F functions as 'sensor' to perceive viral RNA and further acts as an 'adaptor' to promote the formation of a complete catalytic centre. A ten-base RNA 'hook' structure is sufficient to trigger major conformational changes and activate RdRp. Chemical screening showed that ribavirin is effective against TSWV, and structural data revealed that ribavirin disrupts both hook-binding and catalytic core formation, locking polymerase in its inactive state. This work provides structural insights into the mechanisms of plant bunyavirus RdRp activation and its dual-targeted site inhibition, facilitating the development of pesticides against plant viruses.
履歴
登録2024年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61241.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 243. Å		0.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 243. Å		0.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 243. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.34288532 - 0.7970521
平均 (標準偏差)0.00064785866 (±0.027107313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 243.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61241_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61241_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TSWV L protein

全体名称: TSWV L protein
要素
  • 複合体: TSWV L protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: TSWV L protein

超分子名称: TSWV L protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
分子量理論値: 203.180734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: FFSHWTSKYK ERNPTEIAYS EDIERIIDSL VTDEITKEEI IHFLFGNFCF HIETMNDQHI ADKFKGYQSS CINLKIEPKV DLADLKDHL IQKQQIWESL YGKHLEKIML RIREKKKKEK EIPDITTAFN QNAAEYEEKY PNCFTNDLSE TKTNFSMTWS P SFEKIELS ...文字列:
FFSHWTSKYK ERNPTEIAYS EDIERIIDSL VTDEITKEEI IHFLFGNFCF HIETMNDQHI ADKFKGYQSS CINLKIEPKV DLADLKDHL IQKQQIWESL YGKHLEKIML RIREKKKKEK EIPDITTAFN QNAAEYEEKY PNCFTNDLSE TKTNFSMTWS P SFEKIELS SEVDYNNAII NKFRESFKSS SRVIYNSPYS SINNQTNKAR DITNLVRLCL TELSCDTTKM EKQELEDEID IN TGSIKVE RTKKSKEWNK QGSCLTRNKN EFCMKETGRE NKTIYFKGLA VMNIGMSSKK RILKKEEIKE RISKGLEYDT SER QADPND DYSSIDMSSL THMKKLIRHD NEDSLSWCER IKDSLFVLHN GDIREEGKIT SVYNNYAKNP ECLYIQDSVL KTEL ETCKK INKLCNDLAI YHYSEDMMQF SKGLMVADRY MTKESFKILT TANTSMMLLA FKGDGMNTGG SGVPYIALHI VDEDM SDQF NICYTKEIYS YFRNGSNYIY IMRPQRLNQV RLLSLFKTPS KVPVCFAQFS KKANEMEKWL KNKDIEKVNV FSMTMT VKQ ILINIVFSSV MIGTVTKLSR MGIFDFMRYA GFLPLSDYSN IKEYIRDKFD PDITNVADIY FVNGIKKLLF RMEDLNL ST NAKPVVVDHE NDIIGGITDL NIKCPITGST LLTLEDLYNN VYLAIYMMPK SLHNHVHNLT SLLNVPAEWE LKFRKELG F NIFEDIYPKK AMFDDKDLFS INGALNVKAL SDYYLGNIEN VGLMRSEIEN KEDFLSPCYK ISTLKSSKKC SQSNIISTD EIIECLQNAK IQDIENWKGN NLAIIKGLIR TYNEEKNRLV EFFEDNCVNS LYLVEKLKEI INSGSITVGK SVTSKFIRNN HPLTVETYL KTKLYYRNNV TVLKSKKVSE ELYDLVKQFH NMMEIDLDSV MNLGKGTEGK KHTFLQMLEF VMSKAKNVTG S VDFLVSVF EKMQRTKTDR EIYLMSMKVK MMLYFIEHTF KHVAQSDPSE AISISGDNKI RALSTLSLDT ITSYNDILNK NS KKSRLAF LSADQSKWSA SDLTYKYVLA IILNPILTTG EASLMIECIL MYVKLKKVCI PTDIFLNLRK AQGTFGQNET AIG LLTKGL TTNTYPVSMN WLQGNLNYLS SVYHSCAMKA YHKTLECYKD CDFQTRWIVH SDDNATSLIA SGEVDKMLTD FSSS SLPEM LFRSIEAHFK SFCITLNPKK SYASSSEVEF ISERIVNGAI IPLYCRHLAN CCTESSHISY FDDLMSLSIH VTMLL RKGC PNEVIPFAYG AVQVQALSIY SMLPGEVNDS IRIFKKLGVS LKSNEIPTNM GGWLTSPIEP LSILGPSSND QIIYYN VIR DFLNKKSLEE VKDSVSSSSY LQMRFRELKG KYEKGTLEEK DKKMIFLINL FEKASVSEDS DVLTIGMKFQ TMLTQII KL PNFINENALN KMSSYKDFSK LYPNLKKNED LYKSTAKNLK IDEDAILEED ELYEKIASSL EMESVHDIMI KNPETILI A PLNDRDFLLS QLFMYTSPSK RNQLSNQSTA KLALDRVLRS KARTFVDISS TEKMTYEENM EKKILEMLKF DLDSYCSFK TCVNLVIKDV NFSMLIPILD SAYPCESRKR DNYNFRWFQT EKWIPVVEGS PGLVVMHAVY GSNYIENLGL KNIPLTDDSI NVLTSTFGT GLIMEDVKSL VKGKDSFETE AFSNSNECQR LVKACNYMIA AQNRLLAINT CFTRKSFPFY SKFNLGRGFI S NTLALL

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE

分子名称: RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: RTP
分子量理論値: 484.144 Da
Chemical component information

ChemComp-RTP:
RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE / 1-[3-(アミノカルボニル)-1H-1,2,4-トリアゾ-ル-1-イル]-1-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-三(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144209
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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