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- EMDB-37255: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained CTD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37255
タイトルStructure of Tomato spotted wilt virus L protein contained CTD
マップデータ
試料
  • 複合体: Tomato spotted wilt virus L protein
    • タンパク質・ペプチド: L protein
キーワードTomato spotted wilt virus / L protein / VIRAL PROTEIN
生物種Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Cao L / Wang L
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the activation of plant bunyavirus replication machinery and its dual-targeted inhibition by ribavirin.
著者: Jia Li / Lei Cao / Yaqian Zhao / Jinghan Shen / Lei Wang / Mingfeng Feng / Min Zhu / Yonghao Ye / Richard Kormelink / Xiaorong Tao / Xiangxi Wang /
要旨: Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five ...Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five cryogenic electron microscopy structures of a ~330-kDa RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) from a devastating plant bunyavirus, tomato spotted wilt orthotospovirus (TSWV), including the apo, viral-RNA-bound, base analogue ribavirin-bound and ribavirin-triphosphate-bound states. They reveal that a flexible loop of RdRp's motif F functions as 'sensor' to perceive viral RNA and further acts as an 'adaptor' to promote the formation of a complete catalytic centre. A ten-base RNA 'hook' structure is sufficient to trigger major conformational changes and activate RdRp. Chemical screening showed that ribavirin is effective against TSWV, and structural data revealed that ribavirin disrupts both hook-binding and catalytic core formation, locking polymerase in its inactive state. This work provides structural insights into the mechanisms of plant bunyavirus RdRp activation and its dual-targeted site inhibition, facilitating the development of pesticides against plant viruses.
履歴
登録2023年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37255.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.087
最小 - 最大-0.0018141619 - 2.2904856
平均 (標準偏差)0.0025887846 (±0.036004175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37255_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37255_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tomato spotted wilt virus L protein

全体名称: Tomato spotted wilt virus L protein
要素
  • 複合体: Tomato spotted wilt virus L protein
    • タンパク質・ペプチド: L protein

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超分子 #1: Tomato spotted wilt virus L protein

超分子名称: Tomato spotted wilt virus L protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)

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分子 #1: L protein

分子名称: L protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
分子量理論値: 281.912 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VFFSHWTSKY KERNPTEIAY SEDIERIIDS LVTDEITKEE IIHFLFGNFC FHIETMNDQH IADKFKGYQS SCINLKIEPK VDLADLKDH LIQKQQIWES LYGKHLEKIM LRIREKKKKE KEIPDITTAF NQNAAEYEEK YPNCFTNDLS ETKTNFSMTW S PSFEKIEL ...文字列:
VFFSHWTSKY KERNPTEIAY SEDIERIIDS LVTDEITKEE IIHFLFGNFC FHIETMNDQH IADKFKGYQS SCINLKIEPK VDLADLKDH LIQKQQIWES LYGKHLEKIM LRIREKKKKE KEIPDITTAF NQNAAEYEEK YPNCFTNDLS ETKTNFSMTW S PSFEKIEL SSEVDYNNAI INKFRESFKS SSRVIYNSPY STNKARDITN LVRLCLTELS CLTRNKNEFC MKETGRENKT IY FKGLAVM NIHMKKLIRH DNEDSLSWCE RIKDSLFVLH NGDIREEGKI TSVYNNYAKN PECLYIQDSV LKTELETCKK INK LCNDLA IYHYSEDMMQ FSKGLMVADR YMTKESFKIL TTANTSMMLL AFKSGVPYIA LHIVDEDMSD QFNICYTKEI YSYF RNGSN YIYIMRPQRL NQVRLLSLFK TPSKVPVCFA QFSKKANEME KWLKNKDIEK VNVFSMTMTV KQILINIVFS SVMIG TVTK LSRMGIFDFM RYAGFLPLSD YSNIKEYIRD KFDPDITNVA DIYFVNGIKK LLFRMEDLDI IGGITDLNIK CPITGS TLL TLEDLYNNVY LAIYMMPKSL HNHVHNLTSL LNVPAEWELK FRKELGFNIF EDIYPKKAMF DDKDLFSING ALNVKAL SD YYLGNIENVG LMRSEIENKE DFLSPCYKIS TLKSSKKCSQ SNIISTDEII ECLQNAKIQD IENWKGNNLA IIKGLIRT Y NEEKNRLVEF FEDNCVNSLY LVEKLKEIIN SGSITVGKSV TSKFIRNNHP LTVETYLKTK LYYRNNVTVL KSKKVSEEL YDLVKQFHNM MEIDLDSVMN LGKGTEGKKH TFLQMLEFVM SKAKNVTGSV DFLVSVYLMS MKVKMMLYFI EHTFKHVAQS DPSEAISIS GDNKIRALST LSLDTITSYN DILNKNSKKS RLAFLSADQS KWSASDLTYK YVLAIILNPI LTTGEASLMI E CILMYVKL KKVCIPTDIF LNLRKAQGTF GQNETAIGLL TKGLTTNTYP VSMNWLQGNL NYLSSVYHSC AMKAYHKTLE CY KDCDFQT RWIVHSDDNA TSLIASGEVD KMLTDFSSSS LPEMLFRSIE AHFKSFCITL NPKKSYASSS EVEFISERIV NGA IIPLYC RHLANCCTES SHISYFDDLM SLSIHVTMLL RKGCPNEVIP FAYGAVQVQA LSIYSMLPGE VNDSIRIFKK LGVS LKSNE IPTNMGGWLT SPIEPLSILG PSSNDQIIYY NVIRDFLNKK SLEEVKDSVS SSSYLQMRFR ELKGKYEKGT LEEKD KKMI FLINLFEKAT MLTQIIKLPN FINENALNKM SSYKDFSKLY PNLKKNIASS LEMESVHDIM IKNPETILIA PLNDRD FLL SQLFMYTSPS KRNQLSNQST EKLALDRVLR SKARTKMTYE ENMEKKILEM LKFDLDSYCS FKTCVNLVIK DVNFSML IP ILDSAYPCES RKRDNYNFRW FQTEKWIPVV EGSPGLVVMH AVYGSNYIEN LGLKNIPLTD DSINVLTSTF GTGLIMED Y CSFKTCVNLV IKDVNFSMLI PILDSAYPCE SRKRDNYNFR WFQTEKWIPV VEGSPGLVVM HAVYGSNYIE NLGLKNIPL TDDSINVLTS TFGTGLIMED VKSLVKGKDS FETEAFSNSN ECQRLVKACN YMIAAQNRLL AINTCFTRKS FPFYSKFNLG RGFISNTLA LLSTIYSKEE SYHFVSTASY KLDKTIRTVV SAQQDMNLEK ILDTAVYISD KLQSLFPTIT REDIVLILQN V CLDSKPIW QSLEDKMKKI NNSTASGFTV SNVILSHNSE LNTIQKQIVW MWNMGLCSHR TLDFVIRYIR RRDVRYVKTE EQ DESGNYV SGTMYKIGIM TRSCYVELIA SDQDVAVSLR TPFEILNERE YLFDTYRESI EKLLAEIMFD KVNIINQTTT DCF LRTRRS CIRMTTDNKM IVKVNATSRQ IRLENVKLVV KIKYENVDVW DIIESQKSTI KTIKNRLMTS LTFIEAFGNL SQQI KEIVD DDIRETMDEF LMNIRDTCLE GLENCKSVEE YDSYLDENGF NDTVELFENL LRTHDNFENE YSPLFSEIVD KAKQY TRDL EGFKEILLML KYSLINDASK SYRATGMHAV ELMAKKHIEI GEFNLLGMIQ LIKACETCHN NDSILNLASL RNVLSR TYA TFGRRIRLDH DLDLQNNLME KSYDFKTLVL PEIKLSELSR EILKENGFVI SGENLKMDRS DEEFVGLASF NVLRLDE EE MYEGLIKEMK IKRKKKGFLF PANTLLLSEL IKFLIGGIKG TSFDIETLLR NSFRPDIFST DRLGRLSSSV PALKVYAT V YMEYKNVNCP LNEIADSLEG YLKLTKSRSK EHFLSGRVKK ALIQLRDEQS RTKKLEVYKD IANFLARHPL CLSEKTLYG RYTYSDINDY IMQTREIILS KISELDEVVE TDEDNFLLSY L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61445
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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