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- EMDB-37253: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37253
タイトルStructure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH domain binding to 3'5'vRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH domain binding to 3'5'vRNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*UP*CP*A)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*AP*UP*CP*AP*GP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
キーワードTomato spotted wilt virus / L protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, tospovirus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato spotted wilt virus (strain Bulgarian L3) (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Cao L / Wang X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the activation of plant bunyavirus replication machinery and its dual-targeted inhibition by ribavirin.
著者: Jia Li / Lei Cao / Yaqian Zhao / Jinghan Shen / Lei Wang / Mingfeng Feng / Min Zhu / Yonghao Ye / Richard Kormelink / Xiaorong Tao / Xiangxi Wang /
要旨: Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five ...Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five cryogenic electron microscopy structures of a ~330-kDa RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) from a devastating plant bunyavirus, tomato spotted wilt orthotospovirus (TSWV), including the apo, viral-RNA-bound, base analogue ribavirin-bound and ribavirin-triphosphate-bound states. They reveal that a flexible loop of RdRp's motif F functions as 'sensor' to perceive viral RNA and further acts as an 'adaptor' to promote the formation of a complete catalytic centre. A ten-base RNA 'hook' structure is sufficient to trigger major conformational changes and activate RdRp. Chemical screening showed that ribavirin is effective against TSWV, and structural data revealed that ribavirin disrupts both hook-binding and catalytic core formation, locking polymerase in its inactive state. This work provides structural insights into the mechanisms of plant bunyavirus RdRp activation and its dual-targeted site inhibition, facilitating the development of pesticides against plant viruses.
履歴
登録2023年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37253.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 220 pix.
= 228.8 Å		1.04 Å/pix.
x 220 pix.
= 228.8 Å		1.04 Å/pix.
x 220 pix.
= 228.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-0.9432925 - 1.5304993
平均 (標準偏差)0.0030426618 (±0.06372672)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 228.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH ...

全体名称: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH domain binding to 3'5'vRNA
要素
  • 複合体: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH domain binding to 3'5'vRNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*UP*CP*A)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*AP*UP*CP*AP*GP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')

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超分子 #1: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH ...

超分子名称: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH domain binding to 3'5'vRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Tomato spotted wilt virus (strain Bulgarian L3) (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Tomato spotted wilt virus (strain Bulgarian L3) (ウイルス)
株: Bulgarian L3
分子量理論値: 240.378375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNIQKIQKLI ENGTTLLLSI EDCVGSNYDL ALDLHKRNSD EIPEDVIINN NAKNYETMRE LIVKITADGE GLNKGMATVD VKKLSEMVS LFEQKYLETE LARHDIFGEL ISRHLRIKPK QRSEVEIEHA LREYLDELNK KSCINKLSDD EFERINKEYV A TNATPDNY ...文字列:
MNIQKIQKLI ENGTTLLLSI EDCVGSNYDL ALDLHKRNSD EIPEDVIINN NAKNYETMRE LIVKITADGE GLNKGMATVD VKKLSEMVS LFEQKYLETE LARHDIFGEL ISRHLRIKPK QRSEVEIEHA LREYLDELNK KSCINKLSDD EFERINKEYV A TNATPDNY VIYKESKNSE LCLIIYDWKI SVDARTETKT MEKYYKNIWK SFKDIKVNGK PFLEDHPVFV SIVILKPIAG MP ITVTSSR VLEKFEDSPS ALHGERIKHA RNAKLLNISH VGQIVGTTPT VVRNYYANTQ KIKSEVRGIL GDDFGSKDVF FSH WTSKYK ERNPTEIAYS EDIERIIDSL VTDEITKEEI IHFLFGNFCF HIETMNDQHI ADKFKGYQSS CINLKIEPKV DLAD LKDHL IQKQQIWESL YGKHLEKIML RIREKKKKEK EIPDITTAFN QNAAEYEEKY PNCFTNDLSE TKTNFSMTWS PSFEK IELS SEVDYNNAII NKFRESFKSS SRVIYNSPYS SINNQTNKAR DITNLVRLCL TELSCDTTKM EKQELEDEID INTGSI KVE RTKKSKEWNK QGSCLTRNKN EFCMKETGRE NKTIYFKGLA VMNIGMSSKK RILKKEEIKE RISKGLEYDT SERQADP ND DYSSIDMSSL THMKKLIRHD NEDSLSWCER IKDSLFVLHN GDIREEGKIT SVYNNYAKNP ECLYIQDSVL KTELETCK K INKLCNDLAI YHYSEDMMQF SKGLMVADRY MTKESFKILT TANTSMMLLA FKGDGMNTGG SGVPYIALHI VDEDMSDQF NICYTKEIYS YFRNGSNYIY IMRPQRLNQV RLLSLFKTPS KVPVCFAQFS KKANEMEKWL KNKDIEKVNV FSMTMTVKQI LINIVFSSV MIGTVTKLSR MGIFDFMRYA GFLPLSDYSN IKEYIRDKFD PDITNVADIY FVNGIKKLLF RMEDLNLSTN A KPVVVDHE NDIIGGITDL NIKCPITGST LLTLEDLYNN VYLAIYMMPK SLHNHVHNLT SLLNVPAEWE LKFRKELGFN IF EDIYPKK AMFDDKDLFS INGALNVKAL SDYYLGNIEN VGLMRSEIEN KEDFLSPCYK ISTLKSSKKC SQSNIISTDE IIE CLQNAK IQDIENWKGN NLAIIKGLIR TYNEEKNRLV EFFEDNCVNS LYLVEKLKEI INSGSITVGK SVTSKFIRNN HPLT VETYL KTKLYYRNNV TVLKSKKVSE ELYDLVKQFH NMMEIDLDSV MNLGKGTEGK KHTFLQMLEF VMSKAKNVTG SVDFL VSVF EKMQRTKTDR EIYLMSMKVK MMLYFIEHTF KHVAQSDPSE AISISGDNKI RALSTLSLDT ITSYNDILNK NSKKSR LAF LSADQSKWSA SDLTYKYVLA IILNPILTTG EASLMIECIL MYVKLKKVCI PTDIFLNLRK AQGTFGQNET AIGLLTK GL TTNTYPVSMN WLQGNLNYLS SVYHSCAMKA YHKTLECYKD CDFQTRWIVH SDDNATSLIA SGEVDKMLTD FSSSSLPE M LFRSIEAHFK SFCITLNPKK SYASSSEVEF ISERIVNGAI IPLYCRHLAN CCTESSHISY FDDLMSLSIH VTMLLRKGC PNEVIPFAYG AVQVQALSIY SMLPGEVNDS IRIFKKLGVS LKSNEIPTNM GGWLTSPIEP LSILGPSSND QIIYYNVIRD FLNKKSLEE VKDSVSSSSY LQMRFRELKG KYEKGTLEEK DKKMIFLINL FEKASVSEDS DVLTIGMKFQ TMLTQIIKLP N FINENALN KMSSYKDFSK LYPNLKKNED LYKSTKNLKI DEDAILEEDE LYEKIASSLE MESVHDIMIK NPETILIAPL ND RDFLLSQ LFMYTSPSKR NQLSNQSTEK LALDRVLRSK ARTFVDISST VKMTYEENME KKILEMLKFD LDSYCSFKTC VNL VIKDVN FSMLIPILDS AYPCESRKRD NYNFRWFQTE KWIPVVEGSP GLVVMHAVYG SNYIENLGLK NIPLTDDSIN VLTS TFGTG LIMEDVKSLV KGKDSFETEA FSNSNECQRL VKACNYMIAA QNRLLAINTC FTRKSFPFYS KFNLGRGFIS NTLAL LSTI YSKEES

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*UP*CP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*UP*CP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.208012 KDa
配列文字列:
AGAGCAAUCA

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分子 #3: RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*AP*UP*CP*AP*GP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*AP*UP*CP*AP*GP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 2.894807 KDa
配列文字列:
GCAAUCAGG

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分子 #4: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.055421 KDa
配列文字列:
ACCUGAUUGC UCU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 156980
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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