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- EMDB-5996: Electron cryo-microscopy of chimeric EGFP-VP2 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5996
タイトルElectron cryo-microscopy of chimeric EGFP-VP2 capsid
マップデータReconstruction of mutant IBDV (chimeric EGFP-VP2 capsid)
試料
  • 試料: Infectious bursal disease virus subviral
  • ウイルス: Infectious bursal disease virus chicken/Cuba/Soroa/1998 (ウイルス)
キーワードchimeric virus-like particles / IBDV VLP / Cryomicroscopy
生物種Infectious bursal disease virus chicken/Cuba/Soroa/1998 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.7 Å
データ登録者Pascual E / Mata CP / Gomez-Blanco J / Carrascosa JL / Caston JR
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the development of avian virus capsids that display influenza virus proteins and induce protective immunity.
著者: Elena Pascual / Carlos P Mata / Josué Gómez-Blanco / Noelia Moreno / Juan Bárcena / Esther Blanco / Ariel Rodríguez-Frandsen / Amelia Nieto / José L Carrascosa / José R Castón /
要旨: Bioengineering of viruses and virus-like particles (VLPs) is a well-established approach in the development of new and improved vaccines against viral and bacterial pathogens. We report here that the ...Bioengineering of viruses and virus-like particles (VLPs) is a well-established approach in the development of new and improved vaccines against viral and bacterial pathogens. We report here that the capsid of a major avian pathogen, infectious bursal disease virus (IBDV), can accommodate heterologous proteins to induce protective immunity. The structural units of the ~70-nm-diameter T=13 IBDV capsid are trimers of VP2, which is made as a precursor (pVP2). The pVP2 C-terminal domain has an amphipathic α helix that controls VP2 polymorphism. In the absence of the VP3 scaffolding protein, 466-residue pVP2 intermediates bearing this α helix assemble into genuine VLPs only when expressed with an N-terminal His6 tag (the HT-VP2-466 protein). HT-VP2-466 capsids are optimal for protein insertion, as they are large enough (cargo space, ~78,000 nm(3)) and are assembled from a single protein. We explored HT-VP2-466-based chimeric capsids initially using enhanced green fluorescent protein (EGFP). The VLP assembly yield was efficient when we coexpressed EGFP-HT-VP2-466 and HT-VP2-466 from two recombinant baculoviruses. The native EGFP structure (~240 copies/virion) was successfully inserted in a functional form, as VLPs were fluorescent, and three-dimensional cryo-electron microscopy showed that the EGFP molecules incorporated at the inner capsid surface. Immunization of mice with purified EGFP-VLPs elicited anti-EGFP antibodies. We also inserted hemagglutinin (HA) and matrix (M2) protein epitopes derived from the mouse-adapted A/PR/8/34 influenza virus and engineered several HA- and M2-derived chimeric capsids. Mice immunized with VLPs containing the HA stalk, an M2 fragment, or both antigens developed full protection against viral challenge.
IMPORTANCE: Virus-like particles (VLPs) are multimeric protein cages that mimic the infectious virus capsid and are potential candidates as nonliving vaccines that induce long-lasting protection. ...IMPORTANCE: Virus-like particles (VLPs) are multimeric protein cages that mimic the infectious virus capsid and are potential candidates as nonliving vaccines that induce long-lasting protection. Chimeric VLPs can display or include foreign antigens, which could be a conserved epitope to elicit broadly neutralizing antibodies or several variable epitopes effective against a large number of viral strains. We report the biochemical, structural, and immunological characterization of chimeric VLPs derived from infectious bursal disease virus (IBDV), an important poultry pathogen. To test the potential of IBDV VLPs as a vaccine vehicle, we used the enhanced green fluorescent protein and two fragments derived from the hemagglutinin and the M2 matrix protein of the human murine-adapted influenza virus. The IBDV capsid protein fused to influenza virus peptides formed assemblies able to protect mice against viral challenge. Our studies establish the basis for a new generation of multivalent IBDV-based vaccines.
履歴
登録2014年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月13日-
マップ公開2015年7月8日-
更新2015年7月8日-
現状2015年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5996.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 86.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mutant IBDV (chimeric EGFP-VP2 capsid)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.01409956 - 0.02120063
平均 (標準偏差)0.00036926 (±0.00378921)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ285285285
Spacing285285285
セルA=B=C: 798.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z285285285
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z798.000798.000798.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS285285285
D min/max/mean-0.0140.0210.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Infectious bursal disease virus subviral

全体名称: Infectious bursal disease virus subviral
要素
  • 試料: Infectious bursal disease virus subviral
  • ウイルス: Infectious bursal disease virus chicken/Cuba/Soroa/1998 (ウイルス)

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超分子 #1000: Infectious bursal disease virus subviral

超分子名称: Infectious bursal disease virus subviral / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 60 copies of IBDV VP2 mutant arranged into 20 trimers
Number unique components: 1
分子量理論値: 2.8 MDa

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超分子 #1: Infectious bursal disease virus chicken/Cuba/Soroa/1998

超分子名称: Infectious bursal disease virus chicken/Cuba/Soroa/1998
タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: IBDV / NCBI-ID: 645118
生物種: Infectious bursal disease virus chicken/Cuba/Soroa/1998
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: IBDV
宿主生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: VERTEBRATES
Host system組換細胞: H5
分子量理論値: 2.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.2 / 詳細: 25 mM PIPES, 150 mM NaCl, 20 mM CaCl2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2011年4月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 80 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: bshow, xmipp / 使用した粒子像数: 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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