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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5947 | |||||||||
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タイトル | Bacteriophage CUS-3 capsid icosahedral reconstruction | |||||||||
マップデータ | Bacteriophage CUS-3 capsid icosahedral reconstruction | |||||||||
試料 |
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キーワード | mature virion / capsid only / icosahedrally averaged | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Parent KN / Tang J / Cardone G / Gilcrease EB / Janssen ME / Olson NH / Casjens SR / Baker TS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2014 タイトル: Three-dimensional reconstructions of the bacteriophage CUS-3 virion reveal a conserved coat protein I-domain but a distinct tailspike receptor-binding domain. 著者: Kristin N Parent / Jinghua Tang / Giovanni Cardone / Eddie B Gilcrease / Mandy E Janssen / Norman H Olson / Sherwood R Casjens / Timothy S Baker / 要旨: CUS-3 is a short-tailed, dsDNA bacteriophage that infects serotype K1 Escherichia coli. We report icosahedrally averaged and asymmetric, three-dimensional, cryo-electron microscopic reconstructions ...CUS-3 is a short-tailed, dsDNA bacteriophage that infects serotype K1 Escherichia coli. We report icosahedrally averaged and asymmetric, three-dimensional, cryo-electron microscopic reconstructions of the CUS-3 virion. Its coat protein structure adopts the "HK97-fold" shared by other tailed phages and is quite similar to that in phages P22 and Sf6 despite only weak amino acid sequence similarity. In addition, these coat proteins share a unique extra external domain ("I-domain"), suggesting that the group of P22-like phages has evolved over a very long time period without acquiring a new coat protein gene from another phage group. On the other hand, the morphology of the CUS-3 tailspike differs significantly from that of P22 or Sf6, but is similar to the tailspike of phage K1F, a member of the extremely distantly related T7 group of phages. We conclude that CUS-3 obtained its tailspike gene from a distantly related phage quite recently. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5947.map.gz | 602.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5947-v30.xml emd-5947.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5947.png | 147.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5947 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5947 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5947_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5947_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5947_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5947 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5947 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5947.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacteriophage CUS-3 capsid icosahedral reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CUS-3 virion, icosahedrally averaged
全体 | 名称: CUS-3 virion, icosahedrally averaged |
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要素 |
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-超分子 #1000: CUS-3 virion, icosahedrally averaged
超分子 | 名称: CUS-3 virion, icosahedrally averaged / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Enterobacteria phage CUS-3
超分子 | 名称: Enterobacteria phage CUS-3 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 539221 / 生物種: Enterobacteria phage CUS-3 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K1 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 690 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 10 mM Tris, 10 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: 400 mesh R2/2 Quantifoil, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 5 sec before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 89 K / 最高: 91 K / 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at the magnification used to collect data. |
日付 | 2013年9月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 419 / 平均電子線量: 23 e/Å2 詳細: The data were collected on the DE12 camera under control of the automated acquisition software, LEGINON. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.08 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Auto3dem was used for refinement. |
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CTF補正 | 詳細: each micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Auto3dem, RobEM, autopp 詳細: 28 frames total were collected for each image (35 e-/A2 total dose). Only 15 were used in the final reconstruction (18e-/A2 dose). 使用した粒子像数: 7766 |