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万見
- EMDB-5947: Bacteriophage CUS-3 capsid icosahedral reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5947
タイトルBacteriophage CUS-3 capsid icosahedral reconstruction
マップデータBacteriophage CUS-3 capsid icosahedral reconstruction
試料
  • 試料: CUS-3 virion, icosahedrally averaged
  • ウイルス: Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)
キーワードmature virion / capsid only / icosahedrally averaged
生物種Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Parent KN / Tang J / Cardone G / Gilcrease EB / Janssen ME / Olson NH / Casjens SR / Baker TS
引用ジャーナル: Virology / 年: 2014
タイトル: Three-dimensional reconstructions of the bacteriophage CUS-3 virion reveal a conserved coat protein I-domain but a distinct tailspike receptor-binding domain.
著者: Kristin N Parent / Jinghua Tang / Giovanni Cardone / Eddie B Gilcrease / Mandy E Janssen / Norman H Olson / Sherwood R Casjens / Timothy S Baker /
要旨: CUS-3 is a short-tailed, dsDNA bacteriophage that infects serotype K1 Escherichia coli. We report icosahedrally averaged and asymmetric, three-dimensional, cryo-electron microscopic reconstructions ...CUS-3 is a short-tailed, dsDNA bacteriophage that infects serotype K1 Escherichia coli. We report icosahedrally averaged and asymmetric, three-dimensional, cryo-electron microscopic reconstructions of the CUS-3 virion. Its coat protein structure adopts the "HK97-fold" shared by other tailed phages and is quite similar to that in phages P22 and Sf6 despite only weak amino acid sequence similarity. In addition, these coat proteins share a unique extra external domain ("I-domain"), suggesting that the group of P22-like phages has evolved over a very long time period without acquiring a new coat protein gene from another phage group. On the other hand, the morphology of the CUS-3 tailspike differs significantly from that of P22 or Sf6, but is similar to the tailspike of phage K1F, a member of the extremely distantly related T7 group of phages. We conclude that CUS-3 obtained its tailspike gene from a distantly related phage quite recently.
履歴
登録2014年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月30日-
マップ公開2014年7月30日-
更新2014年8月27日-
現状2014年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8240
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8240
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5947.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5947.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage CUS-3 capsid icosahedral reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 801 pix.
= 1081.35 Å		1.35 Å/pix.
x 801 pix.
= 1081.35 Å		1.35 Å/pix.
x 801 pix.
= 1081.35 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8240.0 / ムービー #1: 8240
最小 - 最大-15582.0 - 32443.0
平均 (標準偏差)-116.158798219999994 (±2034.53149413999995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-400-400-400
サイズ801801801
Spacing801801801
セルA=B=C: 1081.35 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z801801801
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1081.3501081.3501081.350
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-400-400-400
NC/NR/NS801801801
D min/max/mean-15582.00032443.000-116.159

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CUS-3 virion, icosahedrally averaged

全体名称: CUS-3 virion, icosahedrally averaged
要素
  • 試料: CUS-3 virion, icosahedrally averaged
  • ウイルス: Enterobacteria phage CUS-3 (ファージ)

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超分子 #1000: CUS-3 virion, icosahedrally averaged

超分子名称: CUS-3 virion, icosahedrally averaged / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: Enterobacteria phage CUS-3

超分子名称: Enterobacteria phage CUS-3 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 539221 / 生物種: Enterobacteria phage CUS-3 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K1 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 690 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 10 mM Tris, 10 mM MgCl2
グリッド詳細: 400 mesh R2/2 Quantifoil, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 5 sec before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 89 K / 最高: 91 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at the magnification used to collect data.
日付2013年9月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 419 / 平均電子線量: 23 e/Å2
詳細: The data were collected on the DE12 camera under control of the automated acquisition software, LEGINON.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.08 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Auto3dem was used for refinement.
CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Auto3dem, RobEM, autopp
詳細: 28 frames total were collected for each image (35 e-/A2 total dose). Only 15 were used in the final reconstruction (18e-/A2 dose).
使用した粒子像数: 7766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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