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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5926 | |||||||||
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タイトル | Identification of the active sites in the methyltransferases of a transcribing dsRNA virus | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of transcribing cypovirus | |||||||||
試料 |
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キーワード | dsRNA virus / Reoviridae / RNA capping / RNA methyltransferase | |||||||||
機能・相同性 | : / : / : / : / Reovirus VP3 protein, guanylyltransferase (GTase) / Reovirus turret protein, bridge domain / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 1 / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 2 / Structural protein VP3 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu B / Yang C / Liu H / Cheng L / Song F / Zeng S / Huang X / Ji G / Zhu P | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2014 タイトル: Identification of the active sites in the methyltransferases of a transcribing dsRNA virus. 著者: Bin Zhu / Chongwen Yang / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / Feng Song / Songjun Zeng / Xiaojun Huang / Gang Ji / Ping Zhu / 要旨: Many double-stranded RNA (dsRNA) viruses are capable of transcribing and capping RNA within a stable icosahedral viral capsid. The turret of turreted dsRNA viruses belonging to the family Reoviridae ...Many double-stranded RNA (dsRNA) viruses are capable of transcribing and capping RNA within a stable icosahedral viral capsid. The turret of turreted dsRNA viruses belonging to the family Reoviridae is formed by five copies of the turret protein, which contains domains with both 7-N-methyltransferase and 2'-O-methyltransferase activities, and serves to catalyze the methylation reactions during RNA capping. Cypovirus of the family Reoviridae provides a good model system for studying the methylation reactions in dsRNA viruses. Here, we present the structure of a transcribing cypovirus to a resolution of ~3.8Å by cryo-electron microscopy. The binding sites for both S-adenosyl-L-methionine and RNA in the two methyltransferases of the turret were identified. Structural analysis of the turret in complex with RNA revealed a pathway through which the RNA molecule reaches the active sites of the two methyltransferases before it is released into the cytoplasm. The pathway shows that RNA capping reactions occur in the active sites of different turret protein monomers, suggesting that RNA capping requires concerted efforts by at least three turret protein monomers. Thus, the turret structure provides novel insights into the precise mechanisms of RNA methylation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5926.map.gz | 432 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5926-v30.xml emd-5926.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5926.gif 80_5926.gif | 82.9 KB 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5926 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5926_validation.pdf.gz | 370.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5926_full_validation.pdf.gz | 369.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5926_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5926 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 454 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of transcribing cypovirus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.196 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : transcribing cypovirus
全体 | 名称: transcribing cypovirus |
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要素 |
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-超分子 #1000: transcribing cypovirus
超分子 | 名称: transcribing cypovirus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Bombyx mori cypovirus 1
超分子 | 名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: BmCPV / NCBI-ID: 110829 / 生物種: Bombyx mori cypovirus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: BmCPV |
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宿主 | 生物種: Bombyx mori (カイコ) / 別称: INVERTEBRATES |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2012年10月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 4000 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 125390 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMIRS, ISAF, EMAN / 使用した粒子像数: 30000 |
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