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万見
- EMDB-5889: Cryo-electron microscopy of human 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5889
タイトルCryo-electron microscopy of human 80S ribosome
マップデータhuman 80S ribosome
試料
  • 試料: human 80S ribosome
  • 複合体: 80S ribosome
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Penczek PA / Fang J / Li X / Cheng Y / Loerke J / Spahn CMT
引用ジャーナル: Ultramicroscopy / 年: 2014
タイトル: CTER-rapid estimation of CTF parameters with error assessment.
著者: Pawel A Penczek / Jia Fang / Xueming Li / Yifan Cheng / Justus Loerke / Christian M T Spahn /
要旨: In structural electron microscopy, the accurate estimation of the Contrast Transfer Function (CTF) parameters, particularly defocus and astigmatism, is of utmost importance for both initial ...In structural electron microscopy, the accurate estimation of the Contrast Transfer Function (CTF) parameters, particularly defocus and astigmatism, is of utmost importance for both initial evaluation of micrograph quality and for subsequent structure determination. Due to increases in the rate of data collection on modern microscopes equipped with new generation cameras, it is also important that the CTF estimation can be done rapidly and with minimal user intervention. Finally, in order to minimize the necessity for manual screening of the micrographs by a user it is necessary to provide an assessment of the errors of fitted parameters values. In this work we introduce CTER, a CTF parameters estimation method distinguished by its computational efficiency. The efficiency of the method makes it suitable for high-throughput EM data collection, and enables the use of a statistical resampling technique, bootstrap, that yields standard deviations of estimated defocus and astigmatism amplitude and angle, thus facilitating the automation of the process of screening out inferior micrograph data. Furthermore, CTER also outputs the spatial frequency limit imposed by reciprocal space aliasing of the discrete form of the CTF and the finite window size. We demonstrate the efficiency and accuracy of CTER using a data set collected on a 300kV Tecnai Polara (FEI) using the K2 Summit DED camera in super-resolution counting mode. Using CTER we obtained a structure of the 80S ribosome whose large subunit had a resolution of 4.03Å without, and 3.85Å with, inclusion of astigmatism parameters.
履歴
登録2014年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2015年1月21日-
更新2015年1月21日-
現状2015年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 8.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5889.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human 80S ribosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.264 Å
密度
表面レベル登録者による: 8.75 / ムービー #1: 8.75
最小 - 最大-6.2626152 - 48.298103330000004
平均 (標準偏差)0.60599691 (±2.57134986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 353.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2641.2641.264
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.920353.920353.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-6.26348.2980.606

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human 80S ribosome

全体名称: human 80S ribosome
要素
  • 試料: human 80S ribosome
  • 複合体: 80S ribosome

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超分子 #1000: human 80S ribosome

超分子名称: human 80S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sample was monodisperse / 集合状態: 1 / Number unique components: 1
分子量理論値: 4.2 MDa

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: cytosol
分子量理論値: 4.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 0.04 mM spermine, 1 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil 2/4 Cu/Re with custom continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2013年2月12日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 893
詳細: The data was collected in movie mode at 39,000x magnification. Frames 3 to 20 were decimated twice, motion corrected with UCSHImage4, and averaged.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Per-particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX
詳細: The resolution reported is for the large subunit (60S) only.
使用した粒子像数: 35198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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