+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5760 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Hepatitis C Virus E2 Envelope Glycoprotein Core Structure | |||||||||
マップデータ | E2 glycoprotein bound to AR3A Fab and AR2A Fab, single particle reconstruction | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | hepatitis C / virus / envelope / glycoprotein | |||||||||
生物種 | Hepatitis C virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Nieusma T / Kong L / Giang E / Kadam RU / Cogburn KE / Hua Y / Dai X / Stanfield RL / Burton DR / Wilson IA ...Nieusma T / Kong L / Giang E / Kadam RU / Cogburn KE / Hua Y / Dai X / Stanfield RL / Burton DR / Wilson IA / Law M / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Hepatitis C virus E2 envelope glycoprotein core structure. 著者: Leopold Kong / Erick Giang / Travis Nieusma / Rameshwar U Kadam / Kristin E Cogburn / Yuanzi Hua / Xiaoping Dai / Robyn L Stanfield / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Mansun Law / 要旨: Hepatitis C virus (HCV), a Hepacivirus, is a major cause of viral hepatitis, liver cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. HCV envelope glycoproteins E1 and E2 mediate fusion and entry into host ...Hepatitis C virus (HCV), a Hepacivirus, is a major cause of viral hepatitis, liver cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. HCV envelope glycoproteins E1 and E2 mediate fusion and entry into host cells and are the primary targets of the humoral immune response. The crystal structure of the E2 core bound to broadly neutralizing antibody AR3C at 2.65 angstroms reveals a compact architecture composed of a central immunoglobulin-fold β sandwich flanked by two additional protein layers. The CD81 receptor binding site was identified by electron microscopy and site-directed mutagenesis and overlaps with the AR3C epitope. The x-ray and electron microscopy E2 structures differ markedly from predictions of an extended, three-domain, class II fusion protein fold and therefore provide valuable information for HCV drug and vaccine design. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5760.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5760-v30.xml emd-5760.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5760_1.png | 77 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5760 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5760 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5760_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_5760_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5760_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5760 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5760 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5760.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | E2 glycoprotein bound to AR3A Fab and AR2A Fab, single particle reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E2 glycoprotein bound to AR3A Fab and AR2A Fab
全体 | 名称: E2 glycoprotein bound to AR3A Fab and AR2A Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: E2 glycoprotein bound to AR3A Fab and AR2A Fab
超分子 | 名称: E2 glycoprotein bound to AR3A Fab and AR2A Fab / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
---|---|
分子量 | 理論値: 146 KDa |
-分子 #1: E2 envelope glycoprotein
分子 | 名称: E2 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: E2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Hepatitis C virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 46 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293T / 組換プラスミド: pCMV-Tag4A-tpa |
-分子 #2: Antigen-binding fragment of antibody AR3A
分子 | 名称: Antigen-binding fragment of antibody AR3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pComb3H |
-分子 #3: Antigen-binding fragment of antibody AR2A
分子 | 名称: Antigen-binding fragment of antibody AR2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pComb3H |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: negative stain with uranyl formate |
---|---|
グリッド | 詳細: 400 mesh copper |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
---|---|
温度 | 平均: 298 K |
日付 | 2013年6月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 452 |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were selected using automatic (difference-of-Gaussians) picking followed by reference-free classification to eliminate noisy picks or non-target aggregation states. |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF ソフトウェア - 名称: Appion, Spider, Xmipp, Eman1, Eman2 使用した粒子像数: 27050 |