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万見
- EMDB-5738: Electron cryo-microscopy of 2H15BMV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5738
タイトルElectron cryo-microscopy of 2H15BMV
マップデータreconstruction of BMV 2H mutant
試料
  • 試料: 2H15 BMV
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)
キーワードBrome Mosaic Virus / protein / capsid / RNA encapsidation / electrostatic interaction
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Ni P / Wang Z / Ma X / Das NC / Sokol P / Chiu W / Dragnea B / Hagan M / Kao CC
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012
タイトル: An examination of the electrostatic interactions between the N-terminal tail of the Brome Mosaic Virus coat protein and encapsidated RNAs.
著者: Peng Ni / Zhao Wang / Xiang Ma / Nayaran Chandra Das / Paul Sokol / Wah Chiu / Bogdan Dragnea / Michael Hagan / C Cheng Kao /
要旨: The coat protein of positive-stranded RNA viruses often contains a positively charged tail that extends toward the center of the capsid and interacts with the viral genome. Electrostatic interaction ...The coat protein of positive-stranded RNA viruses often contains a positively charged tail that extends toward the center of the capsid and interacts with the viral genome. Electrostatic interaction between the tail and the RNA has been postulated as a major force in virus assembly and stabilization. The goal of this work is to examine the correlation between electrostatic interaction and amount of RNA packaged in the tripartite Brome Mosaic Virus (BMV). Nanoindentation experiment using atomic force microscopy showed that the stiffness of BMV virions with different RNAs varied by a range that is 10-fold higher than that would be predicted by electrostatics. BMV mutants with decreased positive charges encapsidated lower amounts of RNA while mutants with increased positive charges packaged additional RNAs up to ∼900 nt. However, the extra RNAs included truncated BMV RNAs, an additional copy of RNA4, potential cellular RNAs, or a combination of the three, indicating that change in the charge of the capsid could result in several different outcomes in RNA encapsidation. In addition, mutant with specific arginines changed to lysines in the capsid also exhibited defects in the specific encapsidation of BMV RNA4. The experimental results indicate that electrostatics is a major component in RNA encapsidation but was unable to account for all of the observed effects on RNA encapsidation. Thermodynamic modeling incorporating the electrostatics was able to predict the approximate length of the RNA to be encapsidated for the majority of mutant virions, but not for a mutant with extreme clustered positive charges. Cryo-electron microscopy of virions that encapsidated an additional copy of RNA4 revealed that, despite the increase in RNA encapsidated, the capsid structure was minimally changed. These results experimentally demonstrated the impact of electrostatics and additional restraints in the encapsidation of BMV RNAs, which could be applicable to other viruses.
履歴
登録2013年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年3月19日-
マップ公開2014年3月19日-
更新2014年3月19日-
現状2014年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5738.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of BMV 2H mutant
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.01 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.04041042 - 0.04116914
平均 (標準偏差)0.0 (±0.00562874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-98-98-98
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-98-98-98
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0400.041-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 2H15 BMV

全体名称: 2H15 BMV
要素
  • 試料: 2H15 BMV
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1000: 2H15 BMV

超分子名称: 2H15 BMV / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 4.6 MDa

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超分子 #1: Brome mosaic virus

超分子名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
分子量実験値: 4.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 5.2
詳細: virus 928 buffer II (50 mM NaOAc, 10 mM MgCl2, pH 5.2), 50% w/v CsCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1.2/1.3 Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
日付2009年9月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 471
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

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画像解析

詳細Particles were selected from electron micrographs using the EMAN Boxer routine. The particles were translationally and rotationally aligned, classified, and averaged without applying symmetry using the EMAN Refine2d command. Initial model for reconstruction: approximately 3000 particles were selected by MPSA (Multi-Path Simulated Annealing) to build a subnanometer model of 2H15. The map was then refined using EMAN.
CTF補正詳細: each image
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: mpsa, EMAN1.8 / 使用した粒子像数: 11576

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1js9

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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