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万見
- PDB-1js9: Brome Mosaic Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1js9
タイトルBrome Mosaic Virus
要素Coat protein
キーワードVIRUS / PLANT VIRUS / CAPSID PROTEIN / COAT PROTEIN / BROMOVIRUSES / BMV / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Satellite virus coat domain / Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lucas, R.W. / Larson, S.B. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The crystallographic structure of brome mosaic virus.
著者: Lucas, R.W. / Larson, S.B. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Virology / 年: 2001
タイトル: Crystallization of Brome Mosaic Virus and T=1 Brome Mosaic Virus Particles Following a Structural Transition
著者: Lucas, R.W. / Kuznetsov, Y.G. / Larson, S.B. / McPherson, A.
履歴
登録2001年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Other
改定 1.42016年2月17日Group: Non-polymer description
改定 1.52019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5666
ポリマ－61,2353
非ポリマー3313
水00
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,693,931360
ポリマ－3,674,075180
非ポリマー19,856180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 308 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,82830
ポリマ－306,17315
非ポリマー1,65515
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 369 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,39336
ポリマ－367,40718
非ポリマー1,98618
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
ヘテロ分子
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.23 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,231,310120
ポリマ－1,224,69260
非ポリマー6,61960
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)269.244, 269.244, 638.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5590482, -0.78943463, 0.25349176), (0.72226366, 0.31352837, -0.61646992), (0.40718584, 0.52772429, 0.74545742)
3generate(-0.15442681, -0.5550684, 0.81734413), (0.37921252, -0.79720606, -0.469745), (0.9123323, 0.23740591, 0.33359888)
4generate(-0.15442681, 0.37921252, 0.9123323), (-0.5550684, -0.79720606, 0.23740591), (0.81734413, -0.469745, 0.33359888)
5generate(0.5590482, 0.72226366, 0.40718584), (-0.78943463, 0.31352837, 0.52772429), (0.25349176, -0.61646992, 0.74545742)
6generate(-0.0029028, 0.57857882, 0.81562131), (0.57857882, -0.66427199, 0.47327504), (0.81562131, 0.47327504, -0.33282521)
7generate(0.74837311, 0.61411562, 0.25059868), (0.03638482, -0.41525954, 0.90897506), (0.66227928, -0.6711345, -0.33311356)
8generate(0.96397027, -0.26600197, -0.00206675), (0.09053577, 0.32076913, 0.94282047), (-0.25012915, -0.90903802, 0.33329459)
9generate(0.34594074, -0.84548135, 0.40680006), (0.66619689, 0.52664741, 0.52803807), (-0.66068654, 0.08833906, 0.74544584)
10generate(-0.25161969, -0.32350171, 0.91215907), (0.96782409, -0.08214148, 0.23784304), (-0.00201653, 0.94265551, 0.33376117)
11generate(-0.99999399, -0.00283072, 0.00200069), (-0.00283072, 0.33374358, -0.94265965), (0.00200069, -0.94265965, -0.33374959)
12generate(-0.56027471, 0.78959819, -0.25025376), (-0.14436931, -0.39059164, -0.90917307), (-0.81562844, -0.47325772, 0.33283236)
13generate(0.15517773, 0.55779671, -0.81534208), (-0.73302195, -0.48828414, -0.47355825), (-0.66226784, 0.67114934, 0.33310641)
14generate(0.15763237, -0.37789339, -0.91233142), (-0.95529071, 0.1756738, -0.23782005), (0.25014335, 0.90902987, -0.33330617)
15generate(-0.55630301, -0.7243802, -0.40718581), (-0.50400771, 0.68371487, -0.52774066), (0.66068388, -0.08835893, -0.74544585)
16generate(0.0028968, -0.5757481, -0.817622), (-0.5757481, -0.66947159, 0.4693846), (-0.817622, 0.4693846, -0.3334252)
17generate(-0.74714659, -0.61427918, -0.25383668), (-0.61427918, 0.49232281, 0.61666793), (-0.25383668, 0.61666793, -0.74517622)
18generate(-0.96472119, 0.26327366, 6.469E-5), (0.26327366, 0.96472107, 0.00048277), (6.469E-5, 0.00048277, -0.99999988)
19generate(-0.3491463, 0.84416222, -0.40680094), (0.84416222, 0.09488485, -0.52762393), (-0.40680094, -0.52762393, -0.74573855)
20generate(0.2488745, 0.32561825, -0.91215911), (0.32561825, -0.91510176, -0.23782666), (-0.91215911, -0.23782666, -0.33377274)

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein / Capsid protein


分子量: 20411.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brome mosaic virus (ウイルス) / 属: Bromovirus / 株: Dickson / 参照: UniProt: P03602
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.837 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 550, magnesium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細 (eV)
17. mg/mlvirus1drop
223 %PEG550 MME1reservoir
30.1 Mmagnesium acetate1reservoirpH5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月28日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→39.79 Å / Num. all: 203504 / Num. obs: 203504 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Limit h max: 68 / Limit h min: -67 / Limit k max: 79 / Limit k min: -67 / Limit l max: 182 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 100033.62 / Observed criterion F min: 0.32 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 3.02
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 1.34 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 610 / % possible all: 55.4
反射
*PLUS
最高解像度: 3.4 Å / % possible obs: 86.4 % / Num. measured all: 2463817 / Rmerge(I) obs: 0.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CWP

1cwp


解像度: 3.4→39.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: SIMULATED ANNEALING AND CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 5118 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.428 203504 --
obs0.24 102537 50.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: XPLOR bulk solvent model used / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 327.61 Å2 / Biso mean: 102.3 Å2 / Biso min: 0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.08 Å0.8 Å
Luzzati d res high-3.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3741 0 21 0 3762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it13.378.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it19.989
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it33.9615.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it46.8916
Refine LS restraints NCSNCS model details: Constraints for icosahedral symmetry and restraints for 8 beta strands between A, B, and C subunits
Rms dev Biso : 1.48 Å2 / Rms dev position: 0.16 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.4-3.520.3987286.90.41543760.075296766161.7
3.56-3.740.3641215.20.33822270.0332965823487.9
3.74-3.980.2933085.30.31154720.01729621578019.5
3.98-4.280.2964264.60.28888330.01429684925931.2
4.28-4.710.2768745.10.265161400.009296341701457.4
4.71-5.390.26899150.245188490.009296161984067
5.39-6.790.244111450.235211440.007296182225875.2
6.79-39.790.22512434.90.218240700.006296372531385.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2mg_xplor_par.txtPEG_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION3PEG_xplor_par.txtion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 4 Å / Rfactor obs: 0.237 / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.69

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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