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万見
- EMDB-5710: Cryo-EM structure of Poliovirus 135S particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5710
タイトルCryo-EM structure of Poliovirus 135S particles
マップデータPoliovirus 135S particle
試料
  • 試料: Poliovirus 135S particle
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
キーワードcell entry / cryo-electron microscopy / poliovirus / single particle analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Butan C / Filman DJ / Hogle JM
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Cryo-electron microscopy reconstruction shows poliovirus 135S particles poised for membrane interaction and RNA release.
著者: Carmen Butan / David J Filman / James M Hogle /
要旨: During infection, binding of mature poliovirus to cell surface receptors induces an irreversible expansion of the capsid, to form an infectious cell-entry intermediate particle that sediments at 135S. ...During infection, binding of mature poliovirus to cell surface receptors induces an irreversible expansion of the capsid, to form an infectious cell-entry intermediate particle that sediments at 135S. In these expanded virions, the major capsid proteins (VP1 to VP3) adopt an altered icosahedral arrangement to open holes in the capsid at 2-fold and quasi-3-fold axes, and internal polypeptides VP4 and the N terminus of VP1, which can bind membranes, become externalized. Cryo-electron microscopy images for 117,330 particles were collected using Leginon and reconstructed using FREALIGN. Improved rigid-body positioning of major capsid proteins established reliably which polypeptide segments become disordered or rearranged. The virus-to-135S transition includes expansion of 4%, rearrangements of the GH loops of VP3 and VP1, and disordering of C-terminal extensions of VP1 and VP2. The N terminus of VP1 rearranges to become externalized near its quasi-3-fold exit, binds to rearranged GH loops of VP3 and VP1, and attaches to the top surface of VP2. These details improve our understanding of subsequent stages of infection, including endocytosis and RNA transfer into the cytoplasm.
履歴
登録2013年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月4日-
マップ公開2013年12月4日-
更新2014年1月29日-
現状2014年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
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  • 原子モデル: PDB-3j48
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  • 原子モデルPDB-3j48
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5710.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Poliovirus 135S particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.3 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-5.49057913 - 5.34571552
平均 (標準偏差)0.0 (±0.33240104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 548.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z548.000548.000548.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-5.4915.3460.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Poliovirus 135S particle

全体名称: Poliovirus 135S particle
要素
  • 試料: Poliovirus 135S particle
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)

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超分子 #1000: Poliovirus 135S particle

超分子名称: Poliovirus 135S particle / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Native virus 160S is converted by heat treatment to 135S.
集合状態: icosahedrally ordered capsid: 60 copies of VP1, VP2, VP3
Number unique components: 1
分子量実験値: 8.6 MDa / 理論値: 9 MDa

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超分子 #1: Human poliovirus 1 Mahoney

超分子名称: Human poliovirus 1 Mahoney / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) / NCBI-ID: 12081 / 生物種: Human poliovirus 1 Mahoney / Sci species strain: Mahoney / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Poliovirus type 1 (strain Mahoney)
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HeLa
分子量実験値: 8.6 MDa / 理論値: 9 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 308 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 2 mM CaCl2, 20 mM HEPES
グリッド詳細: glow-discharged holey carbon-grids (200 mesh C-flat grids)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification carried out in ambient atmosphere. Ethane cooled by liquid nitrogen.
手法: Blotted manually before plunging into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 93 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected.
日付2011年2月28日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 1020 / 平均電子線量: 15 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.98 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 117330

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1pov


Chain - #0 - Chain ID: 0 / Chain - #1 - Chain ID: 1 / Chain - #2 - Chain ID: 3
ソフトウェア名称: COOT, REFMAC
詳細Most of the model was docked, with specific areas of discrepancy fitted. The fitting was rigid body with flexible fitting or deletion of selected polypeptide segments. Rigid bodies for VP1, VP2, VP3, and the VP3 beta tube were defined to include beta barrels and non-covalently attached polypeptides. Each rigid body was repeatedly fitted manually and then refined. Disordered polypeptide segments were removed. Several rearranged segments were included as approximate backbone traces and refined.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: mean amplitude-weighted cosine of the phase difference
得られたモデル

PDB-3j48:
Cryo-EM structure of Poliovirus 135S particles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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