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- EMDB-5626: Molecular Architecture of the ATP-Dependent Chromatin Remodeling ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5626
タイトルMolecular Architecture of the ATP-Dependent Chromatin Remodeling Complex SWR1 by 3 Dimensional Electron Microscopy
マップデータ3D Cryo-negative EM structure of SWR1
試料
  • 試料: ATP-dependent chromatin remodeling complex SWR1
  • タンパク質・ペプチド: SWR1
キーワードSWR1 / ATP-dependent chromatin remodeling / nucleosome / H2A.Z / Rvb1 / Rvb2 / AAA+ ATPases / 3 dimensional electron microscopy
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Nguyen VQ / Ranjan A / Stengel F / Wei D / Aebersold R / Wu C / Leschziner AE
引用ジャーナル: Cell / 年: 2013
タイトル: Molecular architecture of the ATP-dependent chromatin-remodeling complex SWR1.
著者: Vu Q Nguyen / Anand Ranjan / Florian Stengel / Debbie Wei / Ruedi Aebersold / Carl Wu / Andres E Leschziner /
要旨: The ATP-dependent chromatin-remodeling complex SWR1 exchanges a variant histone H2A.Z/H2B dimer for a canonical H2A/H2B dimer at nucleosomes flanking histone-depleted regions, such as promoters. This ...The ATP-dependent chromatin-remodeling complex SWR1 exchanges a variant histone H2A.Z/H2B dimer for a canonical H2A/H2B dimer at nucleosomes flanking histone-depleted regions, such as promoters. This localization of H2A.Z is conserved throughout eukaryotes. SWR1 is a 1 megadalton complex containing 14 different polypeptides, including the AAA+ ATPases Rvb1 and Rvb2. Using electron microscopy, we obtained the three-dimensional structure of SWR1 and mapped its major functional components. Our data show that SWR1 contains a single heterohexameric Rvb1/Rvb2 ring that, together with the catalytic subunit Swr1, brackets two independently assembled multisubunit modules. We also show that SWR1 undergoes a large conformational change upon engaging a limited region of the nucleosome core particle. Our work suggests an important structural role for the Rvbs and a distinct substrate-handling mode by SWR1, thereby providing a structural framework for understanding the complex dimer-exchange reaction.
履歴
登録2013年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年9月25日-
更新2013年9月25日-
現状2013年9月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5626.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D Cryo-negative EM structure of SWR1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.45 Å/pix.
x 150 pix.
= 517.5 Å		3.45 Å/pix.
x 150 pix.
= 517.5 Å		3.45 Å/pix.
x 150 pix.
= 517.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0126 / ムービー #1: 0.0126
最小 - 最大-0.02071567 - 0.12817264
平均 (標準偏差)-0.00024817 (±0.00364482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 517.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.453.453.45
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z517.500517.500517.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0210.128-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATP-dependent chromatin remodeling complex SWR1

全体名称: ATP-dependent chromatin remodeling complex SWR1
要素
  • 試料: ATP-dependent chromatin remodeling complex SWR1
  • タンパク質・ペプチド: SWR1

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超分子 #1000: ATP-dependent chromatin remodeling complex SWR1

超分子名称: ATP-dependent chromatin remodeling complex SWR1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 14
分子量理論値: 1.0 MDa

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分子 #1: SWR1

分子名称: SWR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W1588C-4C / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 1.0 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 25 mM HEPES-KOH, 1 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 0.01% NP-40, 1 mM DTT, 100 mM KCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sample was adsorbed for 15-30 minutes at 4 degrees C. Grid was rinsed with drops of stain (2% uranyl formate) and then a second layer of thin carbon was floated onto the grid. After blotting, ...詳細: Sample was adsorbed for 15-30 minutes at 4 degrees C. Grid was rinsed with drops of stain (2% uranyl formate) and then a second layer of thin carbon was floated onto the grid. After blotting, the grid was frozen in liquid nitrogen.
グリッド詳細: Cu 200-mesh Quantifoil grids with thin carbon support, glow discharged in air
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER / 手法: Cryo-negative staining with manual freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 100 K
日付2012年5月20日
撮影デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 300 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / カメラ長: 15
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 87000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細In order to extract the molecular images from the micrographs, particles were windowed out in one set of micrographs (-45 degrees) using the Boxer interface in EMAN1. Custom-built SPIDER scripts were used to calculate alignment parameters between the +45 degree and -45 degree micrographs and to extract the tilt mates in the +45 degree micrographs. The Contrast Transfer Function (CTF) was estimated and corrected for using the program CTFTILT and the SPIDER command TF CT. Single particles were binned by 2, resulting in a pixel size of 3.3 Angstrom. The +45 degree and -45 degree datasets were combined into a stack of ~32,000 particles and 2D alignment and classification were performed in IMAGIC. Initial models were computed from classes containing 100-200 members using the Orthogonal Tilt Reconstruction approach as described. For projection-matching refinement, the OTR models were initially refined against 2D class averages of cryo-negative data. To generate the class averages, particles were extracted from the micrographs as described above and CTF estimation and phase flipping were performed using the EMAN2 workflow. The particles were then binned by 2, resulting in a pixel size of 3.45 Angstrom. Approximately 32,000 particles were subjected to reference-free 2D alignment and classification in IMAGIC. In order to minimize heterogeneity, classes were generated with relatively few (15-20) particles. The OTR models were filtered to 80 Angstrom resolution and 15-23 iterations of projection matching refinement were performed using angular steps of 250, 200, 150, 100, and 80-50 against 2D class averages in SPIDER using the AP SH and BP 32F commands. To minimize noise in the reconstructions, a threshold mask calculated for 500% to 150%of the theoretical molecular weight of the sample (1.0 MDa) was applied. The mask was gradually tightened throughout refinement and its filtration was determined by the resolution of the 3D map, computed according to the 0.5 FSC criterion. Refinement results were stable after 15 iterations, and the resolutions of the 3D maps were 50-60 Angstrom. The resulting 3D maps (without additional filtration) were then similarly refined against single cryo-negative particles. For this step, 15 iterations of projection-matching refinement were carried out at angular steps of 250, 210, 180, 150, 130, 110 and 100-40. Threshold masks computed for 500% to 100% of the MW were also utilized.
CTF補正詳細: CTFTILT (Grigorieff) for initial model; EMAN2 for projection-matching refinement
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1, EMAN2, IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 18000
最終 角度割当詳細: SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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