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万見
- EMDB-5638: 3D Cryo-negative EM structure of nucleosome-bound SWR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5638
タイトル3D Cryo-negative EM structure of nucleosome-bound SWR1
マップデータCryo-EM structure of SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes
試料
  • 試料: SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes
  • タンパク質・ペプチド: SWR1
キーワードchromatin remodeling / SWR1 / INO80 / nucleosome / Rvb1 / Rvb2 / AAA+ ATPase / histone / dimer exchange / H2A.Z
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Nguyen VQ / Ranjan A / Stengel F / Wei D / Aebersold R / Wu C / Leschziner AE
引用ジャーナル: Cell / 年: 2013
タイトル: Molecular architecture of the ATP-dependent chromatin-remodeling complex SWR1.
著者: Vu Q Nguyen / Anand Ranjan / Florian Stengel / Debbie Wei / Ruedi Aebersold / Carl Wu / Andres E Leschziner /
要旨: The ATP-dependent chromatin-remodeling complex SWR1 exchanges a variant histone H2A.Z/H2B dimer for a canonical H2A/H2B dimer at nucleosomes flanking histone-depleted regions, such as promoters. This ...The ATP-dependent chromatin-remodeling complex SWR1 exchanges a variant histone H2A.Z/H2B dimer for a canonical H2A/H2B dimer at nucleosomes flanking histone-depleted regions, such as promoters. This localization of H2A.Z is conserved throughout eukaryotes. SWR1 is a 1 megadalton complex containing 14 different polypeptides, including the AAA+ ATPases Rvb1 and Rvb2. Using electron microscopy, we obtained the three-dimensional structure of SWR1 and mapped its major functional components. Our data show that SWR1 contains a single heterohexameric Rvb1/Rvb2 ring that, together with the catalytic subunit Swr1, brackets two independently assembled multisubunit modules. We also show that SWR1 undergoes a large conformational change upon engaging a limited region of the nucleosome core particle. Our work suggests an important structural role for the Rvbs and a distinct substrate-handling mode by SWR1, thereby providing a structural framework for understanding the complex dimer-exchange reaction.
履歴
登録2013年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年9月25日-
更新2013年9月25日-
現状2013年9月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5638.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.45 Å/pix.
x 150 pix.
= 517.5 Å		3.45 Å/pix.
x 150 pix.
= 517.5 Å		3.45 Å/pix.
x 150 pix.
= 517.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038 / ムービー #1: 0.038
最小 - 最大-0.04571663 - 0.13555907
平均 (標準偏差)-0.00058935 (±0.00814855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 517.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.453.453.45
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z517.500517.500517.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0460.136-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes

全体名称: SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes
要素
  • 試料: SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes
  • タンパク質・ペプチド: SWR1

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超分子 #1000: SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes

超分子名称: SWR1 (S.c.) bound to recombinant nucleosomes / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 15
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: SWR1

分子名称: SWR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W1588C-4C / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 1.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM HEPES-KOH, pH 7.6, 1 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 0.01% NP-40, 1 mM DTT, 100 mM KCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Cryo-negative staining with 2% uranyl formate followed by freezing in liquid nitrogen
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil with glow-discharged thin carbon support
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER
手法: Cryo-negative stain with 2% uranyl formate. Blotted and frozen in liquid nitrogen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 100 K
詳細Low-dose imaging
日付2012年5月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 300 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 86700 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The dataset was classified using the maximum-likelihood based method in the RELION program. A selected 3D class was then refined against particles assigned to the class using RELION's "Autorefine" function.
CTF補正詳細: EMAN2
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 12000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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