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万見
- EMDB-5563: Electron microscopy of Everglades virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5563
タイトルElectron microscopy of Everglades virus
マップデータReconstruction of wild type everglades virus
試料
  • 試料: Everglades virus
  • ウイルス: Everglades virus (エバーグレーズウイルス)
キーワードelectron microscopy / cryo-electron microscopy / alphavirus / everglades virus
生物種Everglades virus (エバーグレーズウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Sherman MB / Trujillo J / Leahy I / Razmus D / DeHate R / Lorcheim P / Czarneski MA / Zimmerman D / Newton JPM / Haddow AM / Weaver SC
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2013
タイトル: Construction and organization of a BSL-3 cryo-electron microscopy laboratory at UTMB.
著者: Michael B Sherman / Juan Trujillo / Ian Leahy / Dennis Razmus / Robert Dehate / Paul Lorcheim / Mark A Czarneski / Domenica Zimmerman / Je T'aime M Newton / Andrew D Haddow / Scott C Weaver /
要旨: A unique cryo-electron microscopy facility has been designed and constructed at the University of Texas Medical Branch (UTMB) to study the three-dimensional organization of viruses and bacteria ...A unique cryo-electron microscopy facility has been designed and constructed at the University of Texas Medical Branch (UTMB) to study the three-dimensional organization of viruses and bacteria classified as select agents at biological safety level (BSL)-3, and their interactions with host cells. A 200keV high-end cryo-electron microscope was installed inside a BSL-3 containment laboratory and standard operating procedures were developed and implemented to ensure its safe and efficient operation. We also developed a new microscope decontamination protocol based on chlorine dioxide gas with a continuous flow system, which allowed us to expand the facility capabilities to study bacterial agents including spore-forming species. The new unified protocol does not require agent-specific treatment in contrast to the previously used heat decontamination. To optimize the use of the cryo-electron microscope and to improve safety conditions, it can be remotely controlled from a room outside of containment, or through a computer network world-wide. Automated data collection is provided by using JADAS (single particle imaging) and SerialEM (tomography). The facility has successfully operated for more than a year without an incident and was certified as a select agent facility by the Centers for Disease Control.
履歴
登録2013年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年2月13日-
マップ公開2013年2月13日-
更新2013年2月27日-
現状2013年2月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5563_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of wild type everglades virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 200 pix.
= 800. Å		4 Å/pix.
x 200 pix.
= 800. Å		4 Å/pix.
x 200 pix.
= 800. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 13.0 / ムービー #1: 15
最小 - 最大-72.682418819999995 - 68.751846310000005
平均 (標準偏差)0.0 (±9.223706249999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 800.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z800.000800.000800.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-72.68268.7520.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Everglades virus

全体名称: Everglades virus (エバーグレーズウイルス)
要素
  • 試料: Everglades virus
  • ウイルス: Everglades virus (エバーグレーズウイルス)

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超分子 #1000: Everglades virus

超分子名称: Everglades virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse sample / Number unique components: 4

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超分子 #1: Everglades virus

超分子名称: Everglades virus / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Everglades virus / Sci species strain: Fe5-47et / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: unidentified (未定義) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: unidentified (未定義)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: glycoprotein E1/E2 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0.05 M Tris HCl, pH 7.4, 0.1 M NaCl, 0.001 M EDTA
グリッド詳細: C-flat 1.2/1.3 holey film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 87 K / 最高: 90 K / 平均: 88 K
アライメント法Legacy - 非点収差: manual correction at 150,000x
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega
日付2012年2月9日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 80 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 74800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 70 degree holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細particles picked with EMAN2 boxer, reconstructed using IMAGIC-5
CTF補正詳細: micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5
詳細: final maps were calculated from individual particles
使用した粒子像数: 1000
最終 角度割当詳細: icosahedral asymmetric unit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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