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万見
- EMDB-5556: Negative stain electron microscopy structure of Nup192 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5556
タイトルNegative stain electron microscopy structure of Nup192
マップデータReconstruction of full-length Nup192
試料
  • 試料: Full-length Nup192
  • タンパク質・ペプチド: Subunit of the Yeast Nuclear Pore Complex inner ring with weight 192 kDa
キーワードNuclear Pore Complex / nuclear envelope / nuclear transport / nucleoporin
機能・相同性nuclear pore inner ring / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear pore
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Sampathkumar P / Kim SJ / Upla P / Rice W / Phillips J / Pieper U / Bonanno JB / Fernandez-Martinez J / Ketaren NE / Matsui T ...Sampathkumar P / Kim SJ / Upla P / Rice W / Phillips J / Pieper U / Bonanno JB / Fernandez-Martinez J / Ketaren NE / Matsui T / Stokes DL / Sauder JM / Burley SK / Sali A / Rout MP / Almo SC
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure, dynamics, evolution, and function of a major scaffold component in the nuclear pore complex.
著者: Parthasarathy Sampathkumar / Seung Joong Kim / Paula Upla / William J Rice / Jeremy Phillips / Benjamin L Timney / Ursula Pieper / Jeffrey B Bonanno / Javier Fernandez-Martinez / Zhanna ...著者: Parthasarathy Sampathkumar / Seung Joong Kim / Paula Upla / William J Rice / Jeremy Phillips / Benjamin L Timney / Ursula Pieper / Jeffrey B Bonanno / Javier Fernandez-Martinez / Zhanna Hakhverdyan / Natalia E Ketaren / Tsutomu Matsui / Thomas M Weiss / David L Stokes / J Michael Sauder / Stephen K Burley / Andrej Sali / Michael P Rout / Steven C Almo /
要旨: The nuclear pore complex, composed of proteins termed nucleoporins (Nups), is responsible for nucleocytoplasmic transport in eukaryotes. Nuclear pore complexes (NPCs) form an annular structure ...The nuclear pore complex, composed of proteins termed nucleoporins (Nups), is responsible for nucleocytoplasmic transport in eukaryotes. Nuclear pore complexes (NPCs) form an annular structure composed of the nuclear ring, cytoplasmic ring, a membrane ring, and two inner rings. Nup192 is a major component of the NPC's inner ring. We report the crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Nup192 residues 2-960 [ScNup192(2-960)], which adopts an α-helical fold with three domains (i.e., D1, D2, and D3). Small angle X-ray scattering and electron microscopy (EM) studies reveal that ScNup192(2-960) could undergo long-range transition between "open" and "closed" conformations. We obtained a structural model of full-length ScNup192 based on EM, the structure of ScNup192(2-960), and homology modeling. Evolutionary analyses using the ScNup192(2-960) structure suggest that NPCs and vesicle-coating complexes are descended from a common membrane-coating ancestral complex. We show that suppression of Nup192 expression leads to compromised nuclear transport and hypothesize a role for Nup192 in modulating the permeability of the NPC central channel.
履歴
登録2012年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年12月26日-
マップ公開2012年12月26日-
更新2014年3月26日-
現状2014年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0721
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0721
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5556_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of full-length Nup192
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.93 Å/pix.
x 80 pix.
= 234.4 Å		2.93 Å/pix.
x 80 pix.
= 234.4 Å		2.93 Å/pix.
x 80 pix.
= 234.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0721 / ムービー #1: 0.0721
最小 - 最大-0.06163038 - 0.1534311
平均 (標準偏差)0.00213274 (±0.0170568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 234.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.932.932.93
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z234.400234.400234.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0620.1530.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length Nup192

全体名称: Full-length Nup192
要素
  • 試料: Full-length Nup192
  • タンパク質・ペプチド: Subunit of the Yeast Nuclear Pore Complex inner ring with weight 192 kDa

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超分子 #1000: Full-length Nup192

超分子名称: Full-length Nup192 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified using affinity tags then centrifuged on a sucrose gradient. Fractions identified by SDS-PAGE and mass spectrometry.
集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 192 KDa / 理論値: 192 KDa / 手法: SDS-PAGE

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分子 #1: Subunit of the Yeast Nuclear Pore Complex inner ring with weight ...

分子名称: Subunit of the Yeast Nuclear Pore Complex inner ring with weight 192 kDa
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ScNup192 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear membrane
分子量実験値: 192 KDa / 理論値: 192 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列GO: structural constituent of nuclear pore, nuclear pore organization, nucleocytoplasmic transport, nuclear pore, nuclear pore inner ring

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.0035 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.01% Tween 20, 0.01 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 3 ul protein was added to grids. The sample was blotted and 3 uL 1% uranyl formate added. Uranyl formate was blotted and fresh stain added (three times). The sample was allowed to sit 30 ...詳細: 3 ul protein was added to grids. The sample was blotted and 3 uL 1% uranyl formate added. Uranyl formate was blotted and fresh stain added (three times). The sample was allowed to sit 30 seconds before final blot, then air-dried.
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged 20s with Gatan Solarus 20s in H2/O2.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡JEOL 2100F
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
詳細Collected on 2028x2048 CCD, 24 um/pixel
日付2012年5月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 24 µm / 実像数: 400 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81911 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: High tilt / 試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 50

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡JEOL 2100F
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification
詳細Collected on 2028x2048 CCD, 24 um/pixel. 2 sessions are listed; data collected on multiple days between these dates
日付2012年3月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 24 µm / 実像数: 400 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81911 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: High tilt / 試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 50

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画像解析

詳細Particles were selected manually using jweb and boxer
CTF補正詳細: phase flip each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, Sparx, EMAN2, EMAN
詳細: Initial map was calculated by merging 3 maps obtained from random conical tilt. This was then used for 8 rounds of reference-based refinement in SPIDER at a 10-degree angular increment
使用した粒子像数: 3883
最終 角度割当詳細: SPIDER: theta 45 degrees, phi 45 degrees
最終 2次元分類クラス数: 23

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ifq


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. The domains were separately fitted by manual docking followed by "Fit in Map"using Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation 0.754

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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