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- PDB-6lgw: Structure of Rabies virus glycoprotein in complex with neutralizi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lgw
タイトルStructure of Rabies virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody 523-11 at acidic pH
要素
  • Glycoprotein
  • scFv 523-11
キーワードVIRAL PROTEIN / functional class
機能・相同性
機能・相同性情報


viral membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Rhabdovirus glycoprotein G PH domain / : / Rhabdovirus spike glycoprotein G central domain / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein / Glycoprotein / Glycoprotein / Glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lyssavirus rabies (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9037 Å
データ登録者Yang, F.L. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J.X. / Chen, Z.J. / Lin, X. / Wang, J.C. / Yue, D. / Cheng, Y.W. ...Yang, F.L. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J.X. / Chen, Z.J. / Lin, X. / Wang, J.C. / Yue, D. / Cheng, Y.W. / Chen, Z.M. / Chen, H. / You, Y. / Zhang, Z.L. / Yang, Y. / Yang, M. / Sun, H.L. / Li, Y.H. / Cao, Y. / Yang, S.Y. / Wei, Y.Q. / Gao, G.F. / Lu, G.W.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Rabies Virus Glycoprotein Reveals pH-Dependent Conformational Changes and Interactions with a Neutralizing Antibody.
著者: Yang, F. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Wang, J. / Yue, D. / Cheng, Y. / Chen, Z. / Chen, H. / You, Y. / Zhang, Z. / Yang, Y. / Yang, M. / Sun, H. / Li, Y. / ...著者: Yang, F. / Lin, S. / Ye, F. / Yang, J. / Qi, J. / Chen, Z. / Lin, X. / Wang, J. / Yue, D. / Cheng, Y. / Chen, Z. / Chen, H. / You, Y. / Zhang, Z. / Yang, Y. / Yang, M. / Sun, H. / Li, Y. / Cao, Y. / Yang, S. / Wei, Y. / Gao, G.F. / Lu, G.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年3月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr_ncs / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv 523-11
E: Glycoprotein
C: scFv 523-11
F: Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,0224
ポリマ－142,0224
非ポリマー00
水00
1
A: scFv 523-11
E: Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0112
ポリマ－71,0112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area31280 Å2
手法PISA
2
C: scFv 523-11
F: Glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0112
ポリマ－71,0112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area31860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.892, 93.943, 213.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
12(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...
22(chain C and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUVALVAL(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 121 - 12
12PROPROASPASP(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA14 - 3114 - 31
13TYRTYRTYRTYR(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA3232
14GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 1181 - 118
15GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 1181 - 118
16GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 1181 - 118
17GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 1181 - 118
18GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 1181 - 118
19GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 1181 - 118
110GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:12 or resseq 14:31 or (resid...AA1 - 1181 - 118
21GLUGLUGLUGLU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC11
22GLUGLUSERSER(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1191 - 119
23GLUGLUSERSER(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1191 - 119
24GLUGLUSERSER(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1191 - 119
25GLUGLUSERSER(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1191 - 119
26GLUGLUSERSER(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1191 - 119
27GLUGLUSERSER(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1191 - 119
28GLUGLUSERSER(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC1 - 1191 - 119

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 scFv 523-11


分子量: 25196.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質 Glycoprotein


分子量: 45815.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyssavirus rabies (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5JZZ2, UniProt: Q2Z2I1, UniProt: D8VEC1
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 mM Diethylene glycol, 30 mM Triethylene glycol, 30 mM Tetraethylene glycol, 30 mM Pentaethylene glycol, 55.5 mM MES monohydrate, 44.5 mM Imidazole, 20% v/v Ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 37561 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 83.35 Å2 / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 14.76
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 3681 / CC1/2: 0.514 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16-3549精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M43

4m43


解像度: 2.9037→46.9776 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 1863 4.97 %
Rwork0.2176 --
obs0.2202 37497 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.01 Å2 / Biso mean: 96.7358 Å2 / Biso min: 43.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9037→46.9776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9342 0 0 0 9342
残基数----1191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70712993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7225746
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
21A995X-RAY DIFFRACTION13.529TORSIONAL
22C995X-RAY DIFFRACTION13.529TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9037-2.98220.44131340.3592259795
2.9822-3.06990.381350.29632720100
3.0699-3.1690.33611270.27722699100
3.169-3.28220.35121430.2572718100
3.2822-3.41360.32571210.25512727100
3.4136-3.56890.30871670.24232698100
3.5689-3.7570.32741450.21292747100
3.757-3.99220.25851260.19952719100
3.9922-4.30030.26241410.18412751100
4.3003-4.73270.19621560.17152747100
4.7327-5.41670.2371500.18052772100
5.4167-6.82110.28881510.23342812100
6.8211-46.97760.23311670.22512927100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22330.73610.37762.4349-0.09061.5639-0.09320.9574-0.0689-0.29870.39420.44760.1628-0.0774-0.30740.5905-0.0622-0.12971.17380.01720.9674-1.54-45.495-86.688
22.6706-0.09610.11962.02960.56761.3992-0.05570.17470.8779-0.06640.20631.1382-0.5206-0.4579-0.16990.80340.06520.08720.92710.18891.5478-13.702-27.362-81.433
33.42970.3016-0.15222.49510.44921.81170.1684-0.09230.0932-0.0699-0.0442-0.4541-0.3140.3537-0.13680.6236-0.06990.02680.53350.11940.657326.878-26.30238.082
42.84960.1779-0.57212.9822-1.53132.16550.18820.06161.0755-0.1816-0.15750.0538-0.782-0.1421-0.04480.81580.04550.09010.41950.10250.809711.93-9.77836.065
51.19560.0708-0.52380.0221-0.37363.31970.04760.01440.08820.08620.0256-0.070.1047-0.5755-0.08220.6031-0.06090.02480.4815-0.06670.668313.968-36.862-51.358
6-0.12720.1613-0.77680.175-0.82963.0148-0.00020.1279-0.0333-0.06490.16450.0702-0.0332-0.4033-0.17310.6385-0.04440.00080.70450.10230.556512.156-39.0047.626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:118 )A1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 121:224 )A121 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:119 )C1 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 121:224 )C121 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:395 )E1 - 395
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 1:397 )F1 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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