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- EMDB-54971: Cryo-EM structure of CAK-CDK1-cyclin B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54971
タイトルCryo-EM structure of CAK-CDK1-cyclin B1
マップデータ
試料
  • 複合体: CAK-CDK1-cyclin B1 complex
    • 複合体: CDK-activating kinase (CAK)
      • タンパク質・ペプチド: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-H
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 7
    • 複合体: CDK1-cyclin B1
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 1
      • タンパク質・ペプチド: G2/mitotic-specific cyclin-B1
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードComplex / cell cycle / kinase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / response to DDT / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / regulation of chromosome condensation / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation ...regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / response to DDT / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / regulation of chromosome condensation / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / Golgi disassembly / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / MASTL Facilitates Mitotic Progression / positive regulation of mRNA 3'-end processing / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / mitotic nuclear membrane disassembly / : / Phosphorylation of Emi1 / patched binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / cyclin A2-CDK1 complex / Transcriptional regulation by RUNX2 / ventricular system development / tissue regeneration / Phosphorylation of the APC/C / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / outer kinetochore / protein localization to kinetochore / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / adult heart development / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Polo-like kinase mediated events / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / cellular response to fatty acid / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / chromosome condensation / centrosome cycle / digestive tract development / oocyte maturation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / response to copper ion / mitotic metaphase chromosome alignment / response to amine / MAPK3 (ERK1) activation / cyclin-dependent protein kinase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / G1/S-Specific Transcription / mRNA Capping / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / microtubule organizing center / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin-like protein ligase binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of embryonic development / peptidyl-threonine phosphorylation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / protein deubiquitination / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to mechanical stimulus / response to cadmium ion / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / response to axon injury / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation
類似検索 - 分子機能
: / CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / : ...: / CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 1 / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cyclin-H / CDK-activating kinase assembly factor MAT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Cushing VI / Greber BJ / McGeoch AJS / Feng J / Davey NE / Williams SL
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V009354/1 英国
The Institute of Cancer Research (ICR) 英国
Cancer Research UKC68484/A28159 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of T-loop-independent recognition and activation of CDKs by the CDK-activating kinase
著者: Cushing VI / Greber BJ / McGeoch AJS / Feng J / Williams SL / Roumeliotis TI / Choudhary JS / Dan LM / Davey NE
履歴
登録2025年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54971.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 170 pix.
= 238. Å		1.4 Å/pix.
x 170 pix.
= 238. Å		1.4 Å/pix.
x 170 pix.
= 238. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.07714028 - 0.11765564
平均 (標準偏差)0.00003738335 (±0.004004136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 238.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_54971_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_54971_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_54971_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : CAK-CDK1-cyclin B1 complex

全体名称: CAK-CDK1-cyclin B1 complex
要素
  • 複合体: CAK-CDK1-cyclin B1 complex
    • 複合体: CDK-activating kinase (CAK)
      • タンパク質・ペプチド: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-H
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 7
    • 複合体: CDK1-cyclin B1
      • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 1
      • タンパク質・ペプチド: G2/mitotic-specific cyclin-B1
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: CAK-CDK1-cyclin B1 complex

超分子名称: CAK-CDK1-cyclin B1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: CDK-activating kinase (CAK) in complex with CDK1-cyclin B1 in the presence of nucleotide analogue AMP-PNP
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82 KDa

+
超分子 #2: CDK-activating kinase (CAK)

超分子名称: CDK-activating kinase (CAK) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: CAK complex bound to nucleotide analogue AMP-PNP
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: CDK1-cyclin B1

超分子名称: CDK1-cyclin B1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
詳細: CDK1-cyclin B1 complex bound to nucleotide analogue AMP-PNP
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: CDK-activating kinase assembly factor MAT1

分子名称: CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.13234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGSSHHHHHH ENLYFQSNAM DDQGCPRCKT TKYRNPSLKL MVNVCGHTLC ESCVDLLFVR GAGNCPECGT PLRKSNFRVQ LFEDPTVDK EVEIRKKVLK IYNKREEDFP SLREYNDFLE EVEEIVFNLT NNVDLDNTKK KMEIYQKENK DVIQKNKLKL T REQEELEE ...文字列:
MGSSHHHHHH ENLYFQSNAM DDQGCPRCKT TKYRNPSLKL MVNVCGHTLC ESCVDLLFVR GAGNCPECGT PLRKSNFRVQ LFEDPTVDK EVEIRKKVLK IYNKREEDFP SLREYNDFLE EVEEIVFNLT NNVDLDNTKK KMEIYQKENK DVIQKNKLKL T REQEELEE ALEVERQENE QRRLFIQKEE QLQQILKRKN KQAFLDELES SDLPVALLLA QHKDRSTQLE MQLEKPKPVK PV TFSTGIK MGQHISLAPI HKLEEALYEY QPLQIETYGP HVPELEMLGR LGYLNHVRAA SPQDLAGGYT SSLACHRALQ DAF SGLFWQ PS

UniProtKB: CDK-activating kinase assembly factor MAT1

+
分子 #2: Cyclin-H

分子名称: Cyclin-H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.721508 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: (ACE)MYHNSSQKR HWTFSSEEQL ARLRADANRK FRCKAVANGK VLPNDPVFLE PHEEMTLCKY YEKRLLEFCS VFKPAM PRS VVGTACMYFK RFYLNNSVME YHPRIIMLTC AFLACKVDEF NVSSPQFVGN LRESPLGQEK ALEQILEYEL LLIQQLN FH ...文字列:
(ACE)MYHNSSQKR HWTFSSEEQL ARLRADANRK FRCKAVANGK VLPNDPVFLE PHEEMTLCKY YEKRLLEFCS VFKPAM PRS VVGTACMYFK RFYLNNSVME YHPRIIMLTC AFLACKVDEF NVSSPQFVGN LRESPLGQEK ALEQILEYEL LLIQQLN FH LIVHNPYRPF EGFLIDLKTR YPILENPEIL RKTADDFLNR IALTDAYLLY TPSQIALTAI LSSASRAGIT MESYLSES L MLKENRTCLS QLLDIMKSMR NLVKKYEPPR SEEVAVLKQK LERCHSAELA LNVITKKRKG YEDDDYVSKK SKHEEEEWT DDDLVESL

UniProtKB: Cyclin-H

+
分子 #3: Cyclin-dependent kinase 7

分子名称: Cyclin-dependent kinase 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclin-dependent kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.65107 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KSGGGSENLY FQSNAMALDV KSRAKRYEKL DFLGEGQFAT VYKARDKNTN QIVAIKKIK LGHRSEAKDG INRTALREIK LLQELSHPNI IGLLDAFGHK SNISLVFDFM ETDLEVIIKD NSLVLTPSHI K AYMLMTLQ ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KSGGGSENLY FQSNAMALDV KSRAKRYEKL DFLGEGQFAT VYKARDKNTN QIVAIKKIK LGHRSEAKDG INRTALREIK LLQELSHPNI IGLLDAFGHK SNISLVFDFM ETDLEVIIKD NSLVLTPSHI K AYMLMTLQ GLEYLHQHWI LHRDLKPNNL LLDENGVLKL ADFGLAKSFG SPNRAYTHQV VTRWYRAPEL LFGARMYGVG VD MWAVGCI LAELLLRVPF LPGDSDLDQL TRIFETLGTP TEEQWPDMCS LPDYVTFKSF PGIPLHHIFS AAGDDLLDLI QGL FLFNPC ARITATQALK MKYFSNRPGP TPGCQLPRPN CPVETLKEQS NPALAIKRKR TEALEQGGLP KKLIF

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 7

+
分子 #4: Cyclin-dependent kinase 1

分子名称: Cyclin-dependent kinase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclin-dependent kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.651902 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPMGSMEDYT KIEKIGEGTY GVVYKGRHKT TGQVVAMKKI RLESEEEGVP STAIREISLL KELRHPNIVS LQDVLMQDSR LYLIFEFLS MDLKKYLDSI PPGQYMDSSL VKSYLYQILQ GIVFCHSRRV LHRDLKPQNL LIDDKGTIKL ADFGLARAFG I PIRVY(TPO) ...文字列:
GPMGSMEDYT KIEKIGEGTY GVVYKGRHKT TGQVVAMKKI RLESEEEGVP STAIREISLL KELRHPNIVS LQDVLMQDSR LYLIFEFLS MDLKKYLDSI PPGQYMDSSL VKSYLYQILQ GIVFCHSRRV LHRDLKPQNL LIDDKGTIKL ADFGLARAFG I PIRVY(TPO)HE VVTLWYRSPE VLLGSARYST PVDIWSIGTI FAELATKKPL FHGDSEIDQL FRIFRALGTP NNEVWPEV E SLQDYKNTFP KWKPGSLASH VKNLDENGLD LLSKMLIYDP AKRISGKMAL NHPYFNDLDN QIKKM

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 1

+
分子 #5: G2/mitotic-specific cyclin-B1

分子名称: G2/mitotic-specific cyclin-B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.800766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAMGSMALRV TRNSKINAEN KAKINMAGAK RVPTAPAATS KPGLRPRTAL GDIGNKVSEQ LQAKMPMKKE AKPSATGKVI DKKLPKPLE KVPMLVPVPV SEPVPEPEPE PEPEPVKEEK LSPEPILVDT ASPSPMETSG CAPAEEDLCQ AFSDVILAVN D VDAEDGAD ...文字列:
GAMGSMALRV TRNSKINAEN KAKINMAGAK RVPTAPAATS KPGLRPRTAL GDIGNKVSEQ LQAKMPMKKE AKPSATGKVI DKKLPKPLE KVPMLVPVPV SEPVPEPEPE PEPEPVKEEK LSPEPILVDT ASPSPMETSG CAPAEEDLCQ AFSDVILAVN D VDAEDGAD PNLCSEYVKD IYAYLRQLEE EQAVRPKYLL GREVTGNMRA ILIDWLVQVQ MKFRLLQETM YMTVSIIDRF MQ NNCVPKK MLQLVGVTAM FIASKYEEMY PPEIGDFAFV TDNTYTKHQI RQMEMKILRA LNFGLGRPLP LHFLRRASKI GEV DVEQHT LAKYLMELTM LDYDMVHFPP SQIAAGAFCL ALKILDNGEW TPTLQHYLSY TEESLLPVMQ HLAKNVVMVN QGLT KHMTV KNKYATSKHA KISTLPQLNS ALVQDLAKAV AKV

UniProtKB: G2/mitotic-specific cyclin-B1

+
分子 #6: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMHEPES
150.0 mMSodium chlorideNaCl
10.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
0.5 mMAMP-PNP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 50 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14030 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION (ver. 5.0)) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

53027

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 68765
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

9qcv

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5hq0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9skq:
Cryo-EM structure of CAK-CDK1-cyclin B1

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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