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タイトルStructural basis of T-loop-independent recognition and activation of CDKs by the CDK-activating kinase.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 390, Issue 6776, Page 911-917, Year 2025
掲載日2025年11月27日
著者Victoria I Cushing / Amy J S McGeoch / Sophie L Williams / Theodoros I Roumeliotis / Junjie Feng / Lucy M Dan / Jyoti S Choudhary / Norman E Davey / Basil J Greber /
PubMed 要旨Cyclin-dependent kinases (CDKs) are prototypical regulators of the cell cycle. The CDK-activating kinase (CAK) acts as a master regulator of CDK activity by catalyzing the activating phosphorylation ...Cyclin-dependent kinases (CDKs) are prototypical regulators of the cell cycle. The CDK-activating kinase (CAK) acts as a master regulator of CDK activity by catalyzing the activating phosphorylation of CDKs on a conserved threonine residue within the regulatory T-loop. However, structural data illuminating the mechanism by which the CAK recognizes and activates CDKs have remained elusive. In this study, we determined high-resolution structures of the CAK in complex with CDK2 and CDK2-cyclin A2 by cryogenic electron microscopy. Our structures reveal a T-loop-independent kinase-kinase interface with contributions from both kinase lobes. Computational analysis and structures of the CAK in complex with CDK1-cyclin B1 and CDK11 indicate that these structures represent the general architecture of CAK-CDK complexes. These results advance our mechanistic understanding of cell cycle regulation and kinase signaling cascades.
リンクScience / PubMed:41100585 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.5 Å
構造データ

52758

9i9i

EMDB-52758, PDB-9i9i:
Cryo-EM structure of CAK-CDK11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-52759: Cryo-EM structure of CAK-CDK2-cyclin A2 bound to AMP-PNP (locally refined map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

52760

9i9j

EMDB-52760, PDB-9i9j:
Cryo-EM structure of CAK-CDK2 (determined in the presence of ADP-nitrate)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

52761

9i9k

EMDB-52761, PDB-9i9k:
Cryo-EM structure of CAK-CDK2 (determined in the presence of ADP-AlFx)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

53027

9qcv

EMDB-53027, PDB-9qcv:
Cryo-EM structure of CAK-CDK2-cyclin A2 bound to AMP-PNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

53028

9qcx

EMDB-53028, PDB-9qcx:
Cryo-EM structure of apo-CAK-CDK2-cyclin A2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

54971

9skq

EMDB-54971, PDB-9skq:
Cryo-EM structure of CAK-CDK1-cyclin B1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE / Complex / cell cycle / kinase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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