EMDB-54243: Cryo-tomogram of isolated centriole from Tetrahymena cells

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-54243

タイトル

Cryo-tomogram of isolated centriole from Tetrahymena cells

マップデータ

試料

複合体: the isolated centrioles from Tetrahymena thermophila

キーワード

centriole / basal body / centrosomes / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Cai B / Xu J / Luo L / Aarts E / Leitner A / Ishikawa T / Beltro P / Pilhofer M / Wieczorek M

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and assembly of the A-C linker connecting microtubule triplets in centrioles
著者: Cai B / Xu J / Luo L / Aarts E / Leitner A / Ishikawa T / Beltro P / Pilhofer M / Wieczorek M

履歴

登録	2025年7月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月17日	-
マップ公開	2025年9月17日	-
更新	2025年9月17日	-
現状	2025年9月17日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_54243.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_54243.map.gz	574.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-54243-v30.xml emd-54243.xml	11.2 KB 11.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_54243.png	176.9 KB
Filedesc metadata	emd-54243.cif.gz	3.7 KB
その他	emd_54243_additional_1.map.gz	2 GB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54243 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54243	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_54243_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_54243_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	emd_54243_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_54243_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54243 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54243	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	54008C 54241C 54242C 54244C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_54243.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	10.71 Å/pix. x 400 pix. = 4284.8 Å	10.71 Å/pix. x 1440 pix. = 15425.28 Å	10.71 Å/pix. x 1024 pix. = 10969.088 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 10.712 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-528.0 - 487.0
平均 (標準偏差)	2.5491912 (±20.006338)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: denoised tomogram

ファイル

emd_54243_additional_1.map

注釈

denoised tomogram

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : the isolated centrioles from Tetrahymena thermophila

全体	名称: the isolated centrioles from Tetrahymena thermophila
要素	複合体: the isolated centrioles from Tetrahymena thermophila

-
超分子 #1: the isolated centrioles from Tetrahymena thermophila

超分子	名称: the isolated centrioles from Tetrahymena thermophila タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成	その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー	Manufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 平均電子線量: 130.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正	タイプ: NONE

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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